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轻轻的来

新虫 (小有名气)

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[求助] GROMACS问题求助已有2人参与

求助大神，本人菜鸟，用GROMACS做bulk体系, nvt结束后跑到了盒子的两边，请高手帮忙看看应该怎么设置能让它们算完了在中间呢

GROMACS问题求助

15.jpg

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【求助】有关gromacs得两个问题已经有10人回复
【求助】关于gromacs并行计算的效率问题已经有2人回复

1楼 2016-11-07 16:50:35

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hfxywhy

新虫 (初入文坛)

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这是因为周期性边界条件，请问楼主解决了吗？

2楼2017-01-06 08:19:41

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fangsteel

木虫 (正式写手)

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专业: 原子和分子物理

【答案】应助回帖

体系设置有问题，键长itp文件，原子和键有断裂情况

gromacs

3楼2017-01-06 11:16:31

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柠檬爱苦茶

新虫 (初入文坛)

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专业: 传递过程

trjconv 看这个命令！

发自小木虫Android客户端

4楼2017-02-25 23:46:49

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18655479372

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【答案】应助回帖

nvt有位置限制的，你有没有先限制一下位置啊

5楼2017-03-11 09:35:26

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