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新虫 (初入文坛)

[交流] 未知同源基因克隆,保守序列片段短如何设计引物? 已有2人参与

小白新人一个,请教各位大神。

我想找出乳酸菌中的未报道酶的编码基因。现在知道其他菌的该酶的基因(如金黄色葡萄球菌,枯草芽孢杆菌等),想法是先进行clustal多序列比对,找到保守序列,根据保守序列设计引物并进行RACE找到全长。现在的问题是保守片段比较短,最大的只有十几bp完全相同,请问如何才能设计引物,或者有其他好的找到基因的方法求告知。
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snmrna

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是否能找到跟它亲缘极为接近的菌株的该酶的编码基因?

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2楼2016-10-28 18:13:21
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lnnlnn

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by snmrna at 2016-10-28 18:13:21
是否能找到跟它亲缘极为接近的菌株的该酶的编码基因?

你好,谢谢回复。我的目的菌株是金黄色葡萄球菌,目前NCBI里最近的就是金黄色葡萄球菌,请问有什么好的办法吗?
3楼2016-10-28 19:58:45
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snmrna

铁杆木虫 (著名写手)


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找出所有金黄色葡萄球菌的该酶的基因,分析一下。你是有一株葡萄球菌吗?可以想办法确认下跟ncbi里面哪个菌株极有可能是完全一样的,如果那株菌有基因信息,你只用确认你的菌的那个基因是不是完全一样的

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4楼2016-10-28 20:17:57
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匿名

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5楼2016-10-29 12:24:03
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