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mjl3680

木虫 (小有名气)

[交流] 求助PCR问题

我用一段长约1900bp的已知序列做模板,设计两个引物互补长度约为12-13个bp,两端设计了酶切位点,可就是P不出来,基本上没有任何条带,退火温度从50-58都做了,本来认为这步很简单,不知道是引物出现问题吗?谁能帮我看看,引物1改变了两个碱基,是怕形成二聚体,我这问题在哪啊,帮帮我吧

引物1: 5'-3'  gcgcggatccATGGAGTTATTA    上游引物     正链5'  BamH I   Tm 63.9
引物2: 5'-3'  gccggccgTATTTCTTCTTGA     下游引物     正链3'  Sac I    Tm 64.1


要扩的序列gcgcggatccATGGAGTTATTA
AATAGTTATAATTTTGTTTTATTCGTATTAACTCAAATGATATTAATGTT
TACAATACCAGCTATAATTAGTGGTATTAAGTACAGTAAACTTGATTATT
TTTTCATTATAGGAATTTCGACATTATCGTTATTTCTATTTAAAATGTTT
GATAGCGCGTCCTTAATCATTTTAACTTCATTCATTATTATAATGTATTT
TGTCAAAATCAAATGGTATTCTATTTTGTTGATTATGACTTCACAGATTA
TTCTGTACTGTGCTAACTACATGTATATTGTTATATATGCATATATCACC
AAGATTTCTGATAGTATATTTGTAATATTCCCTAGCTTTTTTGTAGTTTA
TGTGACTATTAGTATACTATTCTCATATATAATAAATAGAGTTCTCAAAA
AAATTAGCACACCATATCTAATACTAAACAAAGGATTTTTAATAGTTATT
TCGACTATCTTACTGCTTACTTTTTCATTATTTTTCTTTTATTCACAAAT
AAACTCGGATGAAGCTAAAGTAATAAGGCAGTATTCTTTTATTTTTATTG
GTATCACTATATTTTTAAGTATATTAACATTTGTTATTTCTCAA TTTCTC
CTTAAAGAGATGAAATATAAACGTAATCAAGAAGAAATTgccggccg

[ Last edited by 350784478 on 2009-11-5 at 14:51 ]
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mjl3680

木虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★ ★
司马诸葛(金币-5,VIP+0):帮你转移了 8-16 16:05
感谢chysx6,虽然有杂带,但毕竟看到我想要的条带了,真是大师啊,以后多向你请教,群主可以的话,把我金币赠与他5个吧,谢谢
7楼2008-12-01 15:01:23
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veronica5129

铜虫 (初入文坛)

引物中与模板互补的12个碱基ATGGAGTTATTA的Tm值好低啊,不到10,建议延长一下引物试试
性格决定命运
2楼2008-11-26 17:52:56
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wangjiasi

木虫 (正式写手)

改变了两个碱基?改变碱基的位置距离3末端至少要有10个以上的碱基,否则难退火,另外看你引物2也不完全互补吧~
3楼2008-11-26 18:08:22
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三磷酸腺苷

铁杆木虫 (职业作家)

一般互补区要有18~22个,再加酶切位点,一般是6,再加保护碱基,一般是3
那么差不多就是有30个碱基了

退火温度我一般设两轮
先50~53度左右,8~10循环
再提高到完全互补配对时的退火,差不多都可以到60了,再根据需要设十几二十个循环
4楼2008-11-26 18:10:00
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