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JASE20铁虫 (初入文坛)
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高分求！请问生物大分子显示软件的二级结构显示原理是什么呢？
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同一个蛋白质，用pymol和vmd显示出来的二级结构竟然不一样。。到底是为什么呢 还有vmd的二级结构着色分别代表啥，在哪里可以看出来呢？ 另外我画出来的dssp图的二级结构显示有一段很稳定的beta-sheet 结构，但为什么无论如何我都不能提取到这个beta-sheet的构象呢。。用vmd看啥也看不到。。。。 另外还有一个问题跟这个差不多，悬赏20金币。。。虽然少。。。但我也只有这写了。。。求大神解答。。。  http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=10655494  pymol显示  vmd显示 |
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3楼2016-09-24 17:37:41
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| 我只用过pymol. 可能那两个软件用的secondary structure assignment的引擎不一样，主要用氢键和主链几何构象来判断。vmd不清楚，有可能是用phi／psi角度来决定。pymol在phi／psi角这块判断比较灵活。我看vmd颜色挺正确的呀，紫色helix，黄色sheet，唯一和pymol不通好像是把helix和turn给区别开来了，turn显示为蓝色啊。至于最后的beta sheet就比较难说了，因为helix是比较容易预测的，因为它是单独存在，而beta sheet是需要在三维结构上看出来的（空间位置相近，但序列上有可能相隔很远），一级序列很难判断，所以应该是依照最后的结构来判定比较好。 |
2楼2016-09-24 00:56:50
闲来小译
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4楼2016-09-24 22:40:23
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5楼2016-09-25 10:07:54