Hmmer search得到的结果怎么分析 - 分子生物 - 生物信息 - 第2页小木虫论坛-学术科研互动平台

11楼2016-12-01 16:42:59

ThistleQ

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4楼: Originally posted by 策马入林 at 2016-09-04 19:57:38
已经解决，有类似问题的可以找我

可不可以请问一下已知拟南芥和水稻中某一基因家族我想鉴定出玉米中该基因家族 blastp后有很多序列我看有文献说利用pfam找到该基因家族的典型结构域然后再用smart再进行评估但是我都不太明白如果您有时间的话能否告诉我具体应该怎样操作呢

12楼2016-12-05 22:51:14

零下一度lj

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4楼: Originally posted by 策马入林 at 2016-09-04 19:57:38
已经解决，有类似问题的可以找我

最近在做核算序列比对，是全基因组比对，很长。刚开始拿一整条去比对，但是速度很慢，而且因为中间有未知序列比对时出现有错误，结果还很多。后来分割成许多小片段批处理比对，结果还是把电脑跑死了。我想找出我要比对序列与数据库中序列不同的片段，跪求解决办法

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13楼2017-04-09 12:04:57

0807ssj

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4楼: Originally posted by 策马入林 at 2016-09-04 19:57:38
已经解决，有类似问题的可以找我

请问您的HMM是Windows版本的吗？我下载到Windows版本，解压后运行程序出现黑色对话框后立刻消失，不知道怎么解决，现在刚接触这方面的东西，请多多赐教。

14楼2017-08-29 12:56:53

Esther_Young

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4楼: Originally posted by 策马入林 at 2016-09-04 19:57:38
已经解决，有类似问题的可以找我

求教楼主
hmmer 如何安装呢？在官网上下载了hmmer3.1 不会安装呢

15楼2017-10-13 09:48:32

LHC1994224

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4楼: Originally posted by 策马入林 at 2016-09-04 19:57:38
已经解决，有类似问题的可以找我

有QQ么我想咨询一下怎么分析我也是出来很多东西不会分析

16楼2018-03-01 20:50:42

葡萄酒泽亚

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4楼: Originally posted by 策马入林 at 2016-09-04 19:57:38
已经解决，有类似问题的可以找我

想请教前辈一个问题，我的目的是找出一个基因家族中所有的基因。首先我在Pfam上下载了一个保守结构域的模型，然后在hmmer中用这个模型搜索了某物种的蛋白质序列，现在出现了很多的结果，不知道该怎么去筛选。如果是比较E-value的话，有关于全长的e值，也有关于保守结构域的e值，我究竟该看哪一个呢？还有这个基因家族在pfam中有2个结构域，我是要分别比较然后找它们的交集吗？拜托前辈赐教。

17楼2018-04-18 11:01:54

Ajuilo

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楼主，我在pfam下载后的hmm文件在hmmsearch中搜索，但是结果出来的不会看……hmmsearch得到的是什么啊

18楼2018-08-15 11:30:25