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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » Hmmer search得到的结果怎么分析
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sherry_wang

木虫 (正式写手)
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你好 请教HMMERsearch问题 交流一下QQ845502344
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11楼2016-12-01 16:42:59
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ThistleQ

新虫 (初入文坛)
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4楼: Originally posted by 策马入林 at 2016-09-04 19:57:38
已经解决，有类似问题的可以找我

可不可以请问一下 已知拟南芥和水稻中某一基因家族 我想鉴定出玉米中该基因家族 blastp后有很多序列 我看有文献说利用pfam找到该基因家族的典型结构域 然后再用smart再进行评估 但是我都不太明白 如果您有时间的话 能否告诉我具体应该怎样操作呢
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12楼2016-12-05 22:51:14
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零下一度lj

新虫 (初入文坛)
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送红花一朵
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4楼: Originally posted by 策马入林 at 2016-09-04 19:57:38
已经解决，有类似问题的可以找我

最近在做核算序列比对，是全基因组比对，很长。刚开始拿一整条去比对，但是速度很慢，而且因为中间有未知序列比对时出现有错误，结果还很多。后来分割成许多小片段批处理比对，结果还是把电脑跑死了。我想找出我要比对序列与数据库中序列不同的片段，跪求解决办法

发自小木虫Android客户端
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13楼2017-04-09 12:04:57
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0807ssj

新虫 (小有名气)
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4楼: Originally posted by 策马入林 at 2016-09-04 19:57:38
已经解决，有类似问题的可以找我

请问您的HMM是Windows版本的吗？我下载到Windows版本，解压后运行程序出现黑色对话框后立刻消失，不知道怎么解决，现在刚接触这方面的东西，请多多赐教。
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14楼2017-08-29 12:56:53
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Esther_Young

铜虫 (小有名气)
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4楼: Originally posted by 策马入林 at 2016-09-04 19:57:38
已经解决，有类似问题的可以找我

求教楼主
hmmer 如何安装呢？在官网上下载了hmmer3.1 不会安装呢
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15楼2017-10-13 09:48:32
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LHC1994224

新虫 (初入文坛)
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4楼: Originally posted by 策马入林 at 2016-09-04 19:57:38
已经解决，有类似问题的可以找我

有QQ么 我想咨询一下怎么分析 我也是出来很多东西 不会分析
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16楼2018-03-01 20:50:42
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葡萄酒泽亚

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4楼: Originally posted by 策马入林 at 2016-09-04 19:57:38
已经解决，有类似问题的可以找我

想请教前辈一个问题，我的目的是找出一个基因家族中所有的基因。首先我在Pfam上下载了一个保守结构域的模型，然后在hmmer中用这个模型搜索了某物种的蛋白质序列，现在出现了很多的结果，不知道该怎么去筛选。如果是比较E-value的话，有关于全长的e值，也有关于保守结构域的e值，我究竟该看哪一个呢？还有这个基因家族在pfam中有2个结构域，我是要分别比较然后找它们的交集吗？拜托前辈赐教。
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17楼2018-04-18 11:01:54
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Ajuilo

新虫 (初入文坛)
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楼主，我在pfam下载后的hmm文件在hmmsearch中搜索，但是结果出来的不会看……hmmsearch得到的是什么啊
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18楼2018-08-15 11:30:25
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