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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » PCR相关 » 各位大神！求助大神们怎么设计简并引物～
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木木木小头

新虫 (初入文坛)

[求助] 各位大神！求助大神们怎么设计简并引物～ 已有1人参与

我设计了好多次简并引物了～都扩不出来～我研究的植物没有序列～只能根据保守区设计简并引物……求各位大神指点～下面是保守区～
.....WAIARDP.......IPFGAGRRICAG…….GLTLQRA......
谢谢啦……

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1楼 2016-08-16 13:34:02
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cyhm082

捐助贵宾 (小有名气)
★
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-17 08:38:03
兼并引物本来就很难扩增，你这序列里兼并碱基太多了，不适合扩增

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2楼2016-08-16 22:43:30
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木木木小头

新虫 (初入文坛)
★
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-17 08:38:10
引用回帖:
2楼: Originally posted by cyhm082 at 2016-08-16 22:43:30
兼并引物本来就很难扩增，你这序列里兼并碱基太多了，不适合扩增

嗯嗯～谢谢大神～我再看看别的保守区呢

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3楼2016-08-16 22:46:59
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点瓣心音

木虫 (小有名气)
实在扩不出来，好像是可以送去公司直接合成基因。

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4楼2016-08-18 10:53:43
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xuweitao

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
引用回帖:
4楼: Originally posted by 点瓣心音 at 2016-08-18 10:53:43
实在扩不出来，好像是可以送去公司直接合成基因。

他连蛋白序列都不知道怎么合成基因呢？LOL

你按照下面这个表来设计引物吧，不过成功的几率很小的。。。
https://en.wikipedia.org/wiki/Codon_degeneracy
你是筛文库吧。。

正向WAIARD---5-'TGGGCNATHGCNCGY(MGR)GAY-3' （共576种可能）
反向IPFGAG----5‘-NCCNGCNCCRAANNGDAT-3‘ （共1536种可能）
正向引物定两条，括号里头的是另外两个编码R的密码子。
祝你好运气吧。。。
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5楼2016-08-19 12:53:51
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xuweitao

铁杆木虫 (著名写手)
看看这个帖子下载的文件，完全按同源性统计数据设计了。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6565918&pid=434&target=1#pid434
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6楼2016-08-19 14:31:16
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木木木小头

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by xuweitao at 2016-08-19 12:53:51
他连蛋白序列都不知道怎么合成基因呢？LOL

你按照下面这个表来设计引物吧，不过成功的几率很小的。。。
https://en.wikipedia.org/wiki/Codon_degeneracy
你是筛文库吧。。

正向WAIARD---5-'TGGGCNATHGCNC ...

感谢大神～感觉好难啊

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7楼2016-08-19 23:04:37
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木木木小头

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
6楼: Originally posted by xuweitao at 2016-08-19 14:31:16
看看这个帖子下载的文件，完全按同源性统计数据设计了。
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=6565918&pid=434&target=1#pid434

我白天了看看～还是很感谢大神呐嘿嘿～

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8楼2016-08-19 23:05:43
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木木木小头

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 点瓣心音 at 2016-08-18 10:53:43
实在扩不出来，好像是可以送去公司直接合成基因。

对哦 我这个是序列都不知道的呢～我再试试吧 感谢大神嘿嘿嘿

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9楼2016-08-19 23:06:34
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山舞银蛇

铁杆木虫 (正式写手)
你先把这些氨基酸序列blast一下，找同源性比较高的核酸序列，然后设计

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核酸提取与Taqman诊断
10楼2016-08-20 09:16:19
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