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leizier

新虫 (初入文坛)

[求助] 测序结果分析 已有1人参与

请教大神:
我用PCR产物直接送测序,测通。测序结果如图,分别是上游引物测序结果和下游引物测序结果。这段该如何分析呢?送了20个样,概率是四分之一。
刚刚接触分子生物学实验,烦请各位大神不吝赐教。

测序结果分析
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测序结果分析-1
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ken19860823

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
leizier: 金币+5, ★★★很有帮助, 谢谢您的回复~ 2016-08-16 21:47:13
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-17 08:39:52
样品是几倍体?你的概率不懂什么意思,如果是PCR样品的话,理论上百分之百都是会出现这种图的,双峰的位点证明存在两个不同的模板,只是他们单碱基不一样,就是所谓SNP,上图跟下图分别两个。比如人的一段片段,因为人是二倍体,一个来至母亲,一个来至父亲,父亲和母亲可能在这个序列有差异,通过PCR扩增特异片段,测序就会出现这种结果。一般出现在调控序列,基因里面比较少。
做基因修饰的老菜鸡
2楼2016-08-16 14:05:40
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ken19860823

木虫 (正式写手)


xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-17 08:39:57
引用回帖:
2楼: Originally posted by ken19860823 at 2016-08-16 14:05:40
样品是几倍体?你的概率不懂什么意思,如果是PCR样品的话,理论上百分之百都是会出现这种图的,双峰的位点证明存在两个不同的模板,只是他们单碱基不一样,就是所谓SNP,上图跟下图分别两个。比如人的一段片段,因为 ...

正反引物测序一致,表示不是测序问题。PCR测序不可能测出其他结果的。
做基因修饰的老菜鸡
3楼2016-08-16 14:11:22
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leizier

新虫 (初入文坛)


xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-08-17 08:40:04
引用回帖:
2楼: Originally posted by ken19860823 at 2016-08-16 14:05:40
样品是几倍体?你的概率不懂什么意思,如果是PCR样品的话,理论上百分之百都是会出现这种图的,双峰的位点证明存在两个不同的模板,只是他们单碱基不一样,就是所谓SNP,上图跟下图分别两个。比如人的一段片段,因为 ...

送了20个样,其中5个样的测序结果在相似的位置出现这种结果,其他位点都非常保守,500bp左右。这种结果对区分种内变异有帮助吗?
4楼2016-08-16 21:46:36
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ken19860823

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by leizier at 2016-08-16 21:46:36
送了20个样,其中5个样的测序结果在相似的位置出现这种结果,其他位点都非常保守,500bp左右。这种结果对区分种内变异有帮助吗?...

二十个样品算频率有点太少,不知道你们要求是什么。基因频率问题得问做统计的了。
做基因修饰的老菜鸡
5楼2016-08-17 09:01:26
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leizier

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
5楼: Originally posted by ken19860823 at 2016-08-17 09:01:26
二十个样品算频率有点太少,不知道你们要求是什么。基因频率问题得问做统计的了。...

嗯嗯,谢谢您的耐心解答~
6楼2016-08-17 09:25:27
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ken19860823

木虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by leizier at 2016-08-17 09:25:27
嗯嗯,谢谢您的耐心解答~...

如果你算频率,不能那么算。按照你的结果,应该是allele总数40做分母,然后概率是你的SNP位点出现的频率。那应该是百分之10。这个只针对一个位点,
做基因修饰的老菜鸡
7楼2016-08-17 14:38:30
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GGhiccup

新虫 (小有名气)

亲,你的问题解决了吗?
8楼2016-12-29 19:38:13
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