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dazhuang509金虫 (小有名气)
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[交流]
cp2k对NaCl的结构优化问题 已有1人参与
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新手使用，求大神们指教，再用cp2k进行NaCl的结构优化过程中出现的问题： 1，Nonbonded section中的 RCUT 好像对结果没什么影响，因为我设定从2.0到20.0之间的数值，结果都相同。 2，输出结果中有个xyz文件，打开后发现面上的键长和键角发生了变化（尤其是键角发生了明显变化180->178度），虽然code里面设定了keep symmetry 和keep angle，但貌似没有什么作用。 3，怎样在输出的out 文件中直接读取键长键角，是否需要加入新的print函数，应该在什么地方加入呢？ 下面是code和xyz输出图片的具体： @SET RCUT_MY 2.0 @SET SPLINE_MY 0.50 @SET ALPHA_MY 0.35 @SET OPTIMIZER LBFGS # BFGS &FORCE_EVAL METHOD Fist &MM &FORCEFIELD &CHARGE ATOM Na CHARGE +1.000 &END CHARGE &CHARGE ATOM Cl CHARGE -1.000 &END CHARGE &NONBONDED &BMHFT map_atoms NA NA atoms NA NA RCUT ${RCUT_MY} &END BMHFT &BMHFT map_atoms NA CL atoms NA CL RCUT ${RCUT_MY} &END BMHFT &BMHFT map_atoms CL CL atoms CL CL RCUT ${RCUT_MY} &END BMHFT &END NONBONDED &SPLINE EMAX_SPLINE ${SPLINE_MY} &END SPLINE &END FORCEFIELD &POISSON &EWALD EWALD_TYPE spme ALPHA ${ALPHA_MY} GMAX 12 O_SPLINE 6 &END EWALD PERIODIC XYZ POISSON_SOLVER PERIODIC &END POISSON &END MM &SUBSYS &CELL ABC 12*5.620 12*5.620 12*5.620 MULTIPLE_UNIT_CELL 1 1 1 &END CELL &TOPOLOGY #&CNETER_COORDINATES .TRUE. #&END COORD_FILE_NAME NaCl27.pdb COORDINATE PDB CONN_FILE_FORMAT OFF MULTIPLE_UNIT_CELL 1 1 1 &END TOPOLOGY &CELL &END CELL &TOPOLOGY_INFO XYZ_INFO .TRUE. &END TOPOLOGY_INFO &END PRINT &END SUBSYS &PROPERTIES &RESP &END RESP &END PROPERTIES &END FORCE_EVAL &GLOBAL PROJECT NaCl27_1 RUN_TYPE GEO_OPT PRINT_LEVEL MEDIUM &END GLOBAL &MOTION &GEO_OPT OPTIMIZER ${OPTIMIZER} &END &CELL_OPT KEEP_ANGLES .TRUE. KEEP_SYMMETRY .TRUE. &END &END MOTION  Screenshot_20160810_103519.png |
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如果是固定键角键长那也就是想固定某些原子吧，你可以在MOTION模块下面的constraint模块fix进行设置，还是需要告诉原子在坐标文件中的序号给出list。 发自小木虫Android客户端 |
5楼2016-08-11 10:29:32
朱全喜
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第一个问题没关系的，只要你测试得到稳定的结果那么用最小的那个RCUT就行；第二个问题是因为你设置的限制对称性和角度只是针对的晶胞参数，并没有涉及到原子之间的距离和角度关系（注意看你那两个参数是在CELL_OPTION）；要输出键长键角你需要指定涉及到的那些原子在坐标文件中的序号然后输出（可以设置在GLOBAL SECTION print输出就行）。 发自小木虫Android客户端 |
3楼2016-08-10 21:59:08
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4楼2016-08-11 09:58:37
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这样相当于要固定一些原子吧。如果我只想让整个优化过程中都保持对称性应该怎样设置呢，因为按照我之前的设置，在27个原子组成的晶胞中，中心Na原子 和第一层Cl原子能够保证对称性和键角，但是在整个晶胞的面上就会有又畸变，角度变化而且不再同一平面上。 6楼2016-08-11 10:51:21
