24小时热门版块排行榜    

查看: 2466  |  回复: 5

dazhuang509

金虫 (小有名气)

[交流] cp2k对NaCl的结构优化问题 已有1人参与

新手使用,求大神们指教,再用cp2k进行NaCl的结构优化过程中出现的问题:
1,Nonbonded section中的 RCUT 好像对结果没什么影响,因为我设定从2.0到20.0之间的数值,结果都相同。
2,输出结果中有个xyz文件,打开后发现面上的键长和键角发生了变化(尤其是键角发生了明显变化180->178度),虽然code里面设定了keep symmetry 和keep angle,但貌似没有什么作用。
3,怎样在输出的out 文件中直接读取键长键角,是否需要加入新的print函数,应该在什么地方加入呢?
下面是code和xyz输出图片的具体:
@SET RCUT_MY 2.0
@SET SPLINE_MY 0.50
@SET ALPHA_MY 0.35
@SET OPTIMIZER LBFGS # BFGS

&FORCE_EVAL
  METHOD Fist
  &MM
    &FORCEFIELD
      &CHARGE
        ATOM Na
        CHARGE +1.000
      &END CHARGE
      &CHARGE
        ATOM Cl
        CHARGE -1.000
      &END CHARGE
      &NONBONDED
        &BMHFT
          map_atoms NA NA
          atoms NA NA
          RCUT ${RCUT_MY}
        &END BMHFT
        &BMHFT
          map_atoms NA CL
          atoms NA CL
          RCUT ${RCUT_MY}
        &END BMHFT
        &BMHFT
          map_atoms CL CL
          atoms CL CL
          RCUT ${RCUT_MY}
        &END BMHFT
      &END NONBONDED
      &SPLINE
        EMAX_SPLINE ${SPLINE_MY}
      &END SPLINE
    &END FORCEFIELD
    &POISSON
      &EWALD
        EWALD_TYPE spme
        ALPHA ${ALPHA_MY}
        GMAX 12
        O_SPLINE 6
      &END EWALD
      PERIODIC XYZ
      POISSON_SOLVER PERIODIC
    &END POISSON
  &END MM
  &SUBSYS
    &CELL
      ABC 12*5.620 12*5.620 12*5.620
      MULTIPLE_UNIT_CELL 1 1 1
    &END CELL
    &TOPOLOGY
      #&CNETER_COORDINATES .TRUE.
      #&END
      COORD_FILE_NAME NaCl27.pdb
      COORDINATE PDB
      CONN_FILE_FORMAT OFF
      MULTIPLE_UNIT_CELL 1 1 1
    &END TOPOLOGY
    &PRINT
      &CELL
      &END CELL
      &TOPOLOGY_INFO
        XYZ_INFO .TRUE.
      &END TOPOLOGY_INFO
    &END PRINT
  &END SUBSYS
  &PROPERTIES
    &RESP
    &END RESP
  &END PROPERTIES
&END FORCE_EVAL

&GLOBAL
  PROJECT NaCl27_1
  RUN_TYPE GEO_OPT
  PRINT_LEVEL MEDIUM
&END GLOBAL

&MOTION
  &GEO_OPT
    OPTIMIZER ${OPTIMIZER}
  &END
  &CELL_OPT
    KEEP_ANGLES .TRUE.
    KEEP_SYMMETRY .TRUE.
  &END
&END MOTION

cp2k对NaCl的结构优化问题
Screenshot_20160810_103519.png
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dazhuang509

金虫 (小有名气)

内容已删除
2楼2016-08-10 11:15:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

朱全喜

新虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
漫天飘雪: 金币+2, 谢谢交流 2016-08-10 23:38:01
引用回帖:
2楼: Originally posted by dazhuang509 at 2016-08-10 11:15:07
没有金币,不能发布求助帖,求大神们光顾啊

第一个问题没关系的,只要你测试得到稳定的结果那么用最小的那个RCUT就行;第二个问题是因为你设置的限制对称性和角度只是针对的晶胞参数,并没有涉及到原子之间的距离和角度关系(注意看你那两个参数是在CELL_OPTION);要输出键长键角你需要指定涉及到的那些原子在坐标文件中的序号然后输出(可以设置在GLOBAL SECTION print输出就行)。

发自小木虫Android客户端
3楼2016-08-10 21:59:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dazhuang509

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 朱全喜 at 2016-08-10 21:59:08
第一个问题没关系的,只要你测试得到稳定的结果那么用最小的那个RCUT就行;第二个问题是因为你设置的限制对称性和角度只是针对的晶胞参数,并没有涉及到原子之间的距离和角度关系(注意看你那两个参数是在CELL_OPT ...

谢谢了,第二个问题如果想设定原子之间的距离或者角度关系应该在哪里呢?
4楼2016-08-11 09:58:37
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

朱全喜

新虫 (小有名气)

★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
蛋蛋小童鞋: 金币+2, 应助指数+1, 谢谢参与,鼓励积极回答问题者 2016-08-11 10:53:40
引用回帖:
4楼: Originally posted by dazhuang509 at 2016-08-11 09:58:37
谢谢了,第二个问题如果想设定原子之间的距离或者角度关系应该在哪里呢?...

如果是固定键角键长那也就是想固定某些原子吧,你可以在MOTION模块下面的constraint模块fix进行设置,还是需要告诉原子在坐标文件中的序号给出list。

发自小木虫Android客户端
5楼2016-08-11 10:29:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dazhuang509

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 朱全喜 at 2016-08-11 10:29:32
如果是固定键角键长那也就是想固定某些原子吧,你可以在MOTION模块下面的constraint模块fix进行设置,还是需要告诉原子在坐标文件中的序号给出list。
...

这样相当于要固定一些原子吧。如果我只想让整个优化过程中都保持对称性应该怎样设置呢,因为按照我之前的设置,在27个原子组成的晶胞中,中心Na原子 和第一层Cl原子能够保证对称性和键角,但是在整个晶胞的面上就会有又畸变,角度变化而且不再同一平面上。
6楼2016-08-11 10:51:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 dazhuang509 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 9/450 2026-08-02 16:32 by jHcrHMhbKCFV
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 15/750 2026-08-02 16:32 by jHcrHMhbKCFV
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 13/650 2026-08-02 16:27 by jHcrHMhbKCFV
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 19/950 2026-08-02 16:24 by jHcrHMhbKCFV
[博后之家] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 19/950 2026-08-02 16:23 by jHcrHMhbKCFV
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 15/750 2026-08-02 16:23 by jHcrHMhbKCFV
[考博] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 19/950 2026-08-02 16:21 by jHcrHMhbKCFV
[基金申请] 面上再次挂了,太难了,躺也躺不了,倦也卷不过,小学校之殇! +18 低垂的野花 2026-07-31 24/1200 2026-08-02 16:03 by swallowwh
[基金申请] 面上提前没消息,有中的吗 +9 archvillain 2026-08-02 11/550 2026-08-02 15:44 by alexon
[找工作] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 12/600 2026-08-02 13:43 by jHcrHMhbKCFV
[找工作] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 cBGhfJFuNMca 2026-08-02 16/800 2026-08-02 13:34 by jHcrHMhbKCFV
[基金申请] 2026年国自然面上资助率 +15 布布和一二 2026-07-30 21/1050 2026-08-02 10:56 by iaeyuan
[教师之家] 基础研究怎么拉横向,学校到款任务越来越多,难以完成 拉横向,都有哪些途径啊 +8 锦衣卫寒战 2026-07-28 10/500 2026-08-02 10:00 by 锦衣卫寒战
[基金申请] 微信指数没变化,科研之友没阅读 +14 wangze12014 2026-07-28 18/900 2026-07-31 18:35 by lzchaihuo
[高分子] HXDI做水性聚氨酯乳液,是不是特别容易出渣 15+3 yuyusuv 2026-07-29 3/150 2026-07-31 09:21 by huizingga
[基金申请] 系统今天又提示维护了,估计离放榜不远了 +11 winnerche 2026-07-29 15/750 2026-07-30 23:08 by jnhyjjm
[基金申请] 你们的时间戳变了吗 +3 archvillain 2026-07-30 4/200 2026-07-30 18:53 by levinzhwen
[有机交流] 产物和副产物价值比较 30+4 小汤02 2026-07-27 5/250 2026-07-30 12:44 by czyzsu
[基金申请] 这种情况还有戏吗 +5 drbart 2026-07-27 11/550 2026-07-29 05:50 by drbart
[基金申请] 同事接到电话了,我却没有 +4 1234567wang 2026-07-27 4/200 2026-07-28 10:11 by GOODLUCKER
信息提示
请填处理意见