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jianjunjiang铁杆木虫 (正式写手)
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分子动力学模拟过程中，任何两个原子的距离都不能超过该方向上边长的一半吗？
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各位大侠： 周期性边界条件下，在某一方向上，分子动力学模拟过程中，任何两个原子的距离都不能超过该方向上边长的一半吗？ 比如说，某一时刻，某一水分子中的两个氢原子，假设他们在水平方向的坐标分别为0.1L和0.8L（L为盒子在水平方向的边长），那么这两个氢原子水平方向的中心坐标是（0.1L+0.8L)/2+0.5L=0.95L或者（0.1L+0.8L)/2-0.5L=-0.05L吗？ 期待您的答复！ |
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那应该先将其中一个原子平移一个盒子长度，例如将0.1平移到1.1，然后与0.8求平均值，得到0.95。这就是两个氢原子的中心。如果你平移另一个原子，那么中心是-0.05，与0.95是等价的。这就是所谓的最小镜像约定。然后，当你计算氧原子与这个中心的位置差矢量时，同样要用最小镜像约定。你画个图就清楚了。 [ 发自手机版 http://muchong.com/3g ] |
4楼2016-07-24 02:10:32
brucefan
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