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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » MS模拟分子动力学NPT系综中压力的设置问题
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J伯爵

金虫 (小有名气)

[求助] MS模拟分子动力学NPT系综中压力的设置问题 已有1人参与

本人目前利用MS模拟计算聚合物的自由体积，主要是想解释关于气体渗透这一方面，但是目前在分子动力学这一步上有个疑问不知如何解决，就是我所计算的聚合物实测密度约1.4，到是我模拟出来的密度只有1.2几，模拟步骤首先是在1个大气压，298K下，进行1000ps的NPT，然后退火，接着再分别进行500ps的NPT和NVT。开始建了几个不通的模型，发现模拟出来的密度都比实测密度要小很多，然后我就尝试了在进行NPT分子动力学计算时，将压力由1个大气压分别提高到0.1Gpa，1Gpa和10Gpa进行尝试，发现模拟出来的密度终于大概接近了实测密度。现在比较纠结我这样的操作是否正确？NPT中这个压力的设置有没有什么硬性的要求，因为看了很多文献都是采用1个大气压进行模拟的。小弟基本是自学，没人带，现在是一脸懵逼，希望各位高手指导下到底如何操作，谢谢大家！

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1楼 2016-07-22 16:17:34
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lujunjing

新虫 (初入文坛)
引用回帖:
3楼: Originally posted by J伯爵 at 2016-07-23 09:25:51
现在看别人的论文，他们最终模拟出来的密度和测试密度误差大部分是百分之一到百分之三，我现在算出来的误差有百分之十几，这样的话得最终得到的结果会不会不准确呢？
...

试试别的力场，看看那个接近？
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4楼2016-07-23 12:51:05
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brucefan

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
有可能是你用的势能本身是不那么准确的。经典分子动力学中的势能都是经验性的，其准确性常常是值得怀疑的。你直接和实验比很难判断是你的模拟出了问题，还是所用势能本身就有问题。可以尝试与前人的模拟结果比较，也可以尝试换用别的势能。当然，你的模型也可能影响结果。至于压强，一个大气压和0.1GPa或者干脆零都不会有什么显著的区别，而10GPa显然是非常高的压强了。除非你研究高压情形，否则不要用那么大的压强。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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2楼2016-07-23 00:37:50
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J伯爵

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by brucefan at 2016-07-23 00:37:50
有可能是你用的势能本身是不那么准确的。经典分子动力学中的势能都是经验性的，其准确性常常是值得怀疑的。你直接和实验比很难判断是你的模拟出了问题，还是所用势能本身就有问题。可以尝试与前人的模拟结果比较，也 ...

现在看别人的论文，他们最终模拟出来的密度和测试密度误差大部分是百分之一到百分之三，我现在算出来的误差有百分之十几，这样的话得最终得到的结果会不会不准确呢？

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3楼2016-07-23 09:25:51
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studentone

新虫 (初入文坛)
您好，我现在进行气体的扩散模拟，在模拟过程中也遇到模拟密度大幅度下降的结果，请问楼主，怎么解决
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学习
5楼2017-03-02 16:51:12
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