| 查看: 4807 | 回复: 6 | ||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||
z631535213木虫 (正式写手)
|
[求助]
关于简并引物的一点疑问，求帮忙。
|
|
|
楼准备设计的简并引物是用来扩增 已知基因序列 。但是由于病毒的亚型比较多，所以用简并引物。第一次接触简并引物，有点疑问想请教下大家： Q1. 兼并碱基能否相邻的连续出现?（比如5-ATCGRRATCGYYATCGATCG-3) Q2.针对于我的这个实验——已知基因序列，简并度一般多少比较合适？还是说没有一个定值。（初步定的一条简并引物序列为 5-AABV AWAAAAABAAAAA-3 其中A是已确定的碱基 。简并度 3*3*2*3=54？ ） Q3.能参考下大家做过的兼并引物的实验数据吗？比如简并度是多少以及对应的引物使用浓度。楼之前接触的都是常规PCR，一般都是30ul体系含有0.75ul 10uM的正（or反）引物。 |
回复此楼» 猜你喜欢
不合理蛙科研实验之重金属检测：精准筛查，守护健康与环境的防线
已经有0人回复
-
不合理蛙科研实验之“蛙测重金属我背锅三千”
已经有0人回复
-
化学工程及工业化学论文润色/翻译怎么收费?
已经有215人回复
-
不合理蛙科研实验之“鼠逃三次我发三篇SCI”
已经有0人回复
-
纳米粒度分析
已经有3人回复
-
林科院林化所招收材料与化工专业硕士，坐标南京
已经有0人回复
-
留学--博士招生
已经有16人回复
-
化学工程，本211，求调剂，ab区不限
已经有4人回复
-
邵阳学院食品与化学工程学院硕士调剂
已经有0人回复
-
湖北师范大学招调剂啦
已经有3人回复
7楼2018-09-25 10:00:14
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰·手有余香，谢谢你的理解与支持。祝您科研顺利，文章多多。 2016-07-18 15:49:42
z631535213: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢 2016-07-18 16:10:58
xn8008: 应助指数+1 2016-07-18 20:42:51
感谢参与，应助指数 +1
myprayer: 金币+1, 赠人玫瑰·手有余香，谢谢你的理解与支持。祝您科研顺利，文章多多。 2016-07-18 15:49:42
z631535213: 金币+20, ★★★很有帮助, 谢谢 2016-07-18 16:10:58
xn8008: 应助指数+1 2016-07-18 20:42:51
|
A1.简并碱基可以连续出现。 A2.简并度一般100以内较好，不过你的这个引物怎么除了简并碱基全是A，扩增效率可能会很不好，建议换引物，注意四种碱基数量平衡。 A3.简并度100以内的引物，使用时和普通引物一样使用，30ul体系上下游引物可各加1ul 10uM。 |
2楼2016-07-18 15:22:04
z631535213
木虫 (正式写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 2458.4
- 红花: 3
- 帖子: 479
- 在线: 113.5小时
- 虫号: 2756319
- 注册: 2013-10-27
- 性别: GG
- 专业: 基因组学
3楼2016-07-18 16:12:48
z631535213
木虫 (正式写手)
- 应助: 9 (幼儿园)
- 金币: 2458.4
- 红花: 3
- 帖子: 479
- 在线: 113.5小时
- 虫号: 2756319
- 注册: 2013-10-27
- 性别: GG
- 专业: 基因组学
★
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-07-18 20:43:19
xn8008: 金币+1, 欢迎发帖交流 2016-07-18 20:43:19
|
A3中你说“30ul体系上下游引物可各加1ul 10uM”，那我平时做常规PCR所用体系中的引物是不是加的过量了。 因为之前和生工联系过，ta那边有提过“ Y/R/K/M 之类的都属于简并碱基，以Y为例，此碱基表示C和T的简并，我们合成的时候，这2个单体都是同时进样的，比例是1:1的，但是产物是随机的。含有简并碱基的这条链，严格来说，相当于几条链的混合物的。” 那简并度为8的引物配成10uM时溶液中个引物浓度 应该是简并度为1的引物配成10uM时溶液的 1/8 ？请问下我这个理解有没有问题啊。 |
4楼2016-07-18 16:17:56
