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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 高斯view或者其他方式，如何让相同分子的顺序一样？
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小范范1989

木虫 (著名写手)

[求助] 高斯view或者其他方式，如何让相同分子的顺序一样？ 已有3人参与

我现在遇到这样的问题，就是相同的分子，他的编号是不对应的，比如说：第一个分子中S是1，N是2.然后在第二分子中S是5，N却是10，按说N因该是6才对。
不知道我这样说的是否明白，就是虽然同一分子内的编号是连续了，但是，相同的分子，他们的顺序是不对应的。
我尝试了这样的方式：
把第一个分子的元素，复制到第二个分子，第三个分子..第12个分子上，然后再用高斯view打开，挨个改元素对应，但是这样又变了。
自己也没想到好的办法，不知道是否有好的方式，让这两个附件分子顺序连续并且相同分子之间也是对应的。谢谢指点。
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    • 2016-06-30 21:15:02, 57.92 K
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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
1楼 2016-06-30 21:15:13
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小范范1989

木虫 (著名写手)
不要沉，大神能否帮忙一下，谢谢了。
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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
9楼2016-07-02 11:06:23
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普通回帖

桑叹

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小范范1989: 金币+5 2016-07-01 07:25:11
小范范1989: 金币+5 2016-07-02 11:04:15
gaussianview里面左上角有一个A标志的，点开可以直接在上面该原子序号。
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无恶无善心之体，有善有恶意之动。
2楼2016-06-30 22:03:38
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小范范1989

木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 桑叹 at 2016-06-30 22:03:38
gaussianview里面左上角有一个A标志的，点开可以直接在上面该原子序号。

谢谢你，我没找到啊？主要是，我这里面有很多相同的分子，这样标号也不简单。
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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
3楼2016-07-01 07:25:02
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桑叹

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 小范范1989 at 2016-07-01 07:25:02
谢谢你，我没找到啊？主要是，我这里面有很多相同的分子，这样标号也不简单。...

其他更好的方法我就不知道了，本来想发截图给你，然而并不知道怎么发
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无恶无善心之体，有善有恶意之动。
4楼2016-07-01 09:19:52
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
小范范1989: 金币+10, ★有帮助 2016-07-02 11:03:25
用molden可以重新编顺序

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5楼2016-07-02 07:24:00
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

其实如果是xyz坐标，自己打开文件改下就好
比用软件快的多

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6楼2016-07-02 07:32:50
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小范范1989

木虫 (著名写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by qchem at 2016-07-02 07:24:00
用molden可以重新编顺序

偶？可以吗？没试过，这是我的pbd文件，不知道可以不可以？谢谢你，能否帮忙看一下。谢谢了
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  • 附件 1 : two.pdb
    • 2016-07-02 11:03:11, 52.77 K
It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
7楼2016-07-02 11:03:14
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小范范1989

木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 桑叹 at 2016-07-01 09:19:52
其他更好的方法我就不知道了，本来想发截图给你，然而并不知道怎么发...

没事的，谢谢了
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It doesn't matter how slow you are, as long as you're determined to get there, you'll get there.
8楼2016-07-02 11:04:06
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qchem

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by 小范范1989 at 2016-07-02 11:03:14
偶？可以吗？没试过，这是我的pbd文件，不知道可以不可以？谢谢你，能否帮忙看一下。谢谢了...

pdb？几百个原子吗？你慢慢改吧
pdb就是xyz坐标

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10楼2016-07-02 16:16:21
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