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g0ngshengming

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[资源] PLATON常用功能1---画图（ORTEP格式）2--计算晶体结构及结果的读取

PLATON常用功能1---画图（ORTEP格式）

常用的有
Graphic里的ORTEP/ADP,点击此选项可以画出类似ORTEP要求的图片，但是比ORTEP-3用起来要方便的多

Incl-H atoms 可以让你选择是否显示H原子

Probability 让您选择椭球度（10%-90%）

ViewOptions 让您选择程序认为的重叠最少的几个视角，如果还是遮挡，则用RotX,RotY,RotZ来调节

LablSize调节标号的大小

Decoration 可以让土周围的那些字去掉（点一下您就知道了）

最后画完了，点击b&w-EPS-col,点击时，偏左即选择黑白，偏右即彩色

这时在您的数据所在的原文件夹中产生一个 .ps各式的文件，用photoshop 等软件打开即可。

Platon常用功能2--计算晶体结构及结果的读取

计算起来比较方便，用calc all 功能即可
结果保存在platon.lis或platon.lst文件中
但是数据读起来非常麻烦
为了方便大家使用，我们列出了最常见的六种结果，给大家提供了搜索词，需要计算这些结果的，只需要在用写字板或记事本打开文件后，用查找功能查找这些词就可以了
1. 元素的热振动因子情况统计：
搜索词：Averages per Element示例：
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
      Non-H C    H    Eu    N    O
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Average  0.0502 0.0528 0.0677 0.0312 0.0410 0.0501
Minimum  0.0282 0.0282 0.0250 0.0312 0.0379 0.0321
Maximum  0.1410 0.1410 0.1692 0.0312 0.0485 0.0909
Ratio 5.0000 5.0000 6.7676 1.0000 1.2797 2.8318
Number    56    32    32    1    7    16
2. 计算3元-24元环平面
搜索词：Nr示例：
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Nr  1    P          Q          R          S    Sigref  0.003    Sigpln  0.006    Chisq    8.2 Pl.Hyp. P<5
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Ring    0.9488(6) -0.1535(17) -0.2760(17)    3.45(2) #O(3) 0.003(2) #N(2) -0.003(3) #N(3) 0.005(4) #C(16)  -0.005(4)
说明：Nr 1代表第一个环
#O(3) 0.003(2) #N(2) -0.003(3) #N(3) 0.005(4) #C(16)代表这个环（或者平面）是由O(3) N(2) C(16)组成的
3.计算二面角：
搜索词：Angles (Degrees) Between Planes示例：
1, 2= 75.1(3) 1, 3= 1.95(19) 1, 4=    3.6(2) 1, 5= 72.0(2) 1, 6= 8.62(14) 1, 7=  57.37(17) 1, 8=  61.32(19)
1, 9=  86.15(17) 1,10=  52.05(18) 1,11=  34.29(19) 1,12= 1.95(15) 1,13= 19.0(2) 1,14= 20.5(2) 1,15= 39.6(2)
1,16= 75.3(2) 1,17= 14.2(2) 1,18=  72.05(19) 2, 3= 74.0(3) 2, 4= 72.0(3) 2, 5=    4.8(3) 2, 6= 73.7(2)
2, 7= 69.6(2) 2, 8= 31.5(3) 2, 9= 19.4(2) 2,10= 58.4(3) 2,11= 80.4(3) 2,12= 73.5(2) 2,13= 83.6(3)
说明：1, 2= 75.1(3)代表由环1、环2平面的二面角为75.1(3)度
4.计算平面Q, T值（每个原子偏离由该组原子构成平面的程度）
搜索词：Ring Puckering Analysis示例：
====================================================================================================================================
6-Membered Ring ( 1) Cu(1)  --> O(3) --> C(21)  --> C(16)  --> C(15)  --> N(3) -->------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
                                       sp3       sp2       sp2       sp2       sp2
Dev. (Ang)             -0.2468    0.1930    -0.0247    -0.0898    0.0361    0.1322
Cs(I)-Asym-Par (Deg)       9.47       17.77       27.11       9.47       17.77       27.11
C2(I)-Asym-Par (Deg)       41.03       38.18       32.23       41.03       38.18       32.23
Ring Bond Angle(Deg)       91.46    125.24    122.00    122.78    127.35    121.97
Tors(I-J) (Deg)                33.15    -26.30       1.64       4.54       12.84    -26.10
Cs(I-J)-Asym-Par (Deg)       38.44       28.94       35.98       38.44       28.94       35.98
C2(I-J)-Asym-Par (Deg)       7.92       31.08       26.11       7.92       31.08       26.11
Ring Bond Distance (Ang)       1.9005    1.3627    1.4050    1.4777    1.2575    2.0189
Weighted Average Ring Bond Distance = 1.5704(999,999) Ang. - NOTE: 1st esd. Internal, 2nd esd External.
Weighted Average Abs. Torsion Angl. =  17.43( 41,528) Deg. see: e.g. Domenicano et al., Acta Cryst.(1975), B31, 221-234.
Cremer & Pople Puckering Parameters  [D. Cremer & J.A. Pople, J.Amer.Chem.Soc., 97, (1975), 1354-1358]
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Q(2)  =       0.2978 Ang.,  Phi(2)       =191.7850 Deg
Q(3)  =       -0.1922 Ang.
:: C & P - Puckering Analysis may be DUBIOUS since %(Bond Distance Range/Average) =  48.5 >  25.0 %

Puckering Amplitude (Q) =       0.3544 Ang, Theta =       122.84 Deg,  Phi       =191.7850 Deg
说明：该六元环由Cu(1)  --> O(3) --> C(21)  --> C(16)  --> C(15)  --> N(3)组成
   计算结果为Puckering Amplitude (Q) =       0.3544 Ang, Theta =       122.84 Deg,  Phi       =191.7850 Deg
   但有时程序不能计算Puckering，如果计算的话就会给出数值。
5.pi-pi等弱相互作用
搜索词：Short Ring-Interactions示例：
====================================================================================================================================
Analysis of Short Ring-Interactions with Cg-Cg Distances < 6.0 Angstrom and Beta < 60.0 Deg.
====================================================================================================================================
- Cg(I) = Plane number I (= ring number in () above)
- Alpha = Dihedral Angle between Planes I and J (Deg)
- Beta    = Angle Cg(I)-->Cg(J) or Cg(I)-->Me vector and normal to plane I (Deg)
- Gamma = Angle Cg(I)-->Cg(J) vector and normal to plane J (Deg)
- Cg-Cg = Distance between ring Centroids (Ang.)
- CgI_Perp = Perpendicular distance of Cg(I) on ring J (Ang.)
- CgJ_Perp = Perpendicular distance of Cg(J) on ring I (Ang.)
- Slippage = Distance between Cg(I) and Perpendicular Projection of Cg(J) on Ring I (Ang).
- P,Q,R,S  = J-Plane Parameters for Carth. Coord. (Xo, Yo, Zo)

Cg(I) Res(I) Cg(J)  [ ARU(J)]    Cg-Cg Transformed J-Plane P, Q, R, S Alpha Beta Gamma CgI_Perp CgJ_Perp Slippage

Cg(1)  [ 1] -> Cg(1)  [  3665.01] 4.282(2)  -0.9488 0.1535 0.2760 -0.0349 0.00 37.10 37.10 3.415 3.415 2.583
Cg(1)  [ 1] -> Cg(1)  [  3765.01] 4.299(2)  -0.9488 0.1535 0.2760 -6.9128 0.00 36.35 36.35 3.463 3.463 2.548
Cg(1)  [ 1] -> Cg(2)  [  1455.01] 5.489(3)  -0.0914-0.4701 0.8779 -1.6886 75.12 51.28 56.49 3.030 3.433
Cg(1)  [ 1] -> Cg(2)  [  1555.01] 5.099(3)  -0.0914-0.4701 0.8779 -2.3511 75.12 47.51 62.33 2.368 3.445
Cg(1)  [ 1] -> Cg(3)  [  3665.01] 4.267(2)  -0.9528 0.1199 0.2790 -0.4655 1.95 37.13 38.43 3.342 3.402
Cg(1)  [ 1] -> Cg(3)  [  3765.01] 5.939(2)  -0.9528 0.1199 0.2790 -7.3721 1.95 54.17 53.12 3.565 3.476
Cg(1)  [ 1] -> Cg(4)  [  3665.01] 5.891(2)  -0.9462 0.0999 0.3079 -0.6473 3.58 55.13 55.82 3.309 3.367
Cg(1)  [ 1] -> Cg(4)  [  3765.01] 4.357(2)  -0
里面的符号如Cg-Cg等在数据前面都有解释：
Cg-Cg环重心间的距离
CgI_Perp环I到环J的垂直距离
6.氢键作用分析
搜索词：Potential Hydrogen Bonds示例：
====================================================================================================================================
Analysis of Potential Hydrogen Bonds and Schemes with d(D...A) < R(D)+R(A)+0.50, d(H...A) < R(H)+R(A)-0.12 Ang., D-H...A > 100.0 Deg
====================================================================================================================================
Note: - ARU codes in [] are with reference to the Coordinates printed above (Possibly transformed, when MOVE .NE. 1.555)
====================================================================================================================================

Nr Typ Res Donor --- H....Acceptor [ ARU  ]    D - H    H...A    D...A  D - H...A A..H..A* A'..H..A" Sum(XY,YZ)  Sum(XZ)
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
1 Intra 1 O(3)  --H(37)  ..O(4) [       ]    0.91    2.24    2.6084       104
2    1 O(3)  --H(37)  ..O(5) [  2755.01]    0.91    2.11    2.9767       161'       85'             350.00
3 Intra 1 O(6)  --H(38)  ..O(7) [       ]    0.89    2.18    2.6027       108
4    1 O(6)  --H(38)  ..O(10)  [  2665.01]    0.89    2.09    2.9482       163'       88'             359.00
5    1 O(5)  --H(39)  ..O(1) [  2755.01]    0.90    2.14    2.8616       137
6    1 O(5)  --H(39)  ..O(2) [  2755.01]    0.90    2.24    3.0557       150'       72'             359.00
7    1 O(5)  --H(40)  ..O(3) [  2755.01]    0.89    2.40    2.9767       122
8    1 O(5)  --H(40)  ..O(4) [  2755.01]    0.89    2.12    2.9481       153'       70'             345.00
9    1 O(10) --H(41)  ..O(6) [  2665.01]    0.89    2.52    2.9482       110
10    1 O(10) --H(41)  ..O(7) [  2665.01]    0.89    2.08    2.9566       166'       68'             344.00
11    1 O(10) --H(42)  ..O(8) [  2665.01]    0.90    2.21    2.9609       141
12    1 O(10) --H(42)  ..O(9) [  2665.01]    0.90    2.20    2.9627       143'       72'             356.00
      3>O(15) --H(44)  .. ?                      0.90

13    1 C(1)  --H(1) ..N(7) [  2655.01]    0.93    2.40    3.3012       163
14 Intra 1 C(36) --H(36A) ..O(3) [       ]    0.97    2.50    3.3334       144
15    1 C(36) --H(36B) ..O(11)  [  2665.02]    0.97    2.49    3.3706       151

Translation of ARU-code to Equivalent Position Code
===================================================
[  2755. ]  = 2-x,-y,-z
[  2665. ]  = 1-x,1-y,-z
[  2655. ]  = 1-x,-y,-z
说明：分析出分子内氢键（intra）和分子间氢键（标有对称性代码的如2755.01，对称操作见底部的注释：[  2755. ]  = 2-x,-y,-z）
   需要指出，platon有时计算的值是错误的，最好用mercury检查一下，相差太大肯定就有问题。

platon结果查看帮助文件.txt http://www.namipan.com/d/a039a5b ... bb94ee677aa9c250000

转载自晶体论坛。

[ Last edited by g0ngshengming on 2008-11-9 at 09:47 ]

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