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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 高斯输入周期性矿物晶体cif文件出现异常
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zs806750658

铜虫 (正式写手)

[交流] 高斯输入周期性矿物晶体cif文件出现异常

想用高斯计算高岭石矿物表面和有机物之间的相互作用能。首先建立高岭石和有机物的复合模型：将Material Studio自带的高岭石晶体文件输出为cif文件，然后用Gaussian View直接打开高岭石cif文件，模型显示出来与Material Studio不同，图中显示好多三角，而且有的键断裂了。请问各位大神这种情况如何处理。

高斯输入周期性矿物晶体cif文件出现异常
kaolinite-cif.jpg
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1楼 2016-06-21 05:24:55
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zhou2009

版主 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
没有看见你的输入文件，推想你的问题出在：从晶体中取出的部分周期性矿物晶体，没有对晶体截断处用原子（如H）进行封头，以致有大量的断键自由基、单电子，从而引起分子重构。晶体截断的各处一定要选择合适的原子封头，这个封头要对这个晶体片段的电性质影响不大。
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5楼2016-06-22 09:17:49
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上帝的小神

新虫 (初入文坛)
请教如何封头

发自小木虫IOS客户端
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6楼2016-11-21 23:26:43
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上帝的小神

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
楼主，问题解决了吗？

发自小木虫IOS客户端
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7楼2016-11-21 23:27:46
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