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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » Amber Tools安装问题 求助！感谢大家！！！
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ycqzl

木虫 (正式写手)

[求助] Amber Tools安装问题 求助！感谢大家！！！ 已有1人参与

第一次接触linux，请大家指教，感谢大家！
下载了Amber Tools15，在安装中发现如下情况，不知该如何操作：
在输入./configure gnu后
显示如下：
If you use a Bourne shell (e.g., bash, sh, zsh, etc.), source the
/usr/local/amber16/amber.sh file in your shell. Consider adding the line
  test -f /usr/local/amber16/amber.sh && source /usr/local/amber16/amber.sh
to your startup file (e.g., ~/.bashrc)
Amber 2015 Reference Manual中对应的部分是这样写的
The configure step will create two resource files in the AMBERHOME directory: amber.sh and amber.csh.
These sourceable scripts will set up your shell environment correctly for Amber:
source /home/myname/amber14/amber.sh # for bash, zsh, ksh, etc.
source /home/myname/amber14/amber.csh # for csh, tcsh
Of course, /home/myname/amber14 should be adjusted for your AMBERHOME. Adding these commands
to your login resource file (e.g., ~/.bashrc, ~/.cshrc, ~/.zshrc, etc.) will set up your environment every time
you start a new shell. Note, this step is absolutely necessary to run any of the Python modules included with
Amber.
自己认为的是在terminal（终端）中输入 test -f /usr/local/amber16/amber.sh && source /usr/local/amber16/
amber.sh to your startup file 就可以吗？还是要修改~/.bashrc？如果是修改.bashrc，里面应该加什么呢，是
test -f /usr/local/amber16/amber.sh && source /usr/local/amber16/amber.sh？然后修改的时候应该是
vi ~/.bashrc还是vi .bashrc，二者是否一样，有什么区别吗？修改/etc/profile是否可以？
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1楼 2016-05-04 11:37:23
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lily_wyx

铜虫 (初入文坛)
引用回帖:
5楼: Originally posted by ycqzl at 2016-05-04 12:01:16
还有个问题想请教一下
输入make test后
显示
make: Leaving directory `/usr/local/amber15/test/sanderlesapi'
make: Leaving directory `/usr/local/amber15/test'
make: Entering directory `/usr/local/a ...

我在安装时也出现了这个问题，
make[2]: Leaving directory `/usr/local/amber16/AmberTools/test'
1860 file comparisons passed
6 file comparisons failed
0 tests experienced errors
请问楼主如何解决的，谢谢
赞一下 回复此楼
6楼2017-01-04 11:24:24
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查看全部 7 个回答

ycqzl

木虫 (正式写手)
对了，我安装的linux系统是CentOS 6.5。谢谢！！！
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2楼2016-05-04 11:46:57
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殷赋科技

捐助贵宾 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
ycqzl: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2016-05-04 11:57:55
在~/.bashrc文件中添加source /usr/local/amber16/amber.sh，然后source ~/.bashrc。
或者每次用的时候，source /usr/local/amber16/amber.sh也行。
赞一下(1人) 回复此楼
3楼2016-05-04 11:49:31
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ycqzl

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by 殷赋科技 at 2016-05-04 11:49:31
在~/.bashrc文件中添加source /usr/local/amber16/amber.sh，然后source ~/.bashrc。
或者每次用的时候，source /usr/local/amber16/amber.sh也行。

我去试下，谢谢您的帮助！
赞一下 回复此楼
4楼2016-05-04 11:58:15
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