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daixiuru

新虫 (初入文坛)

[求助] 生物信息perl脚本求助 已有1人参与

实验室建的RNA-Seq的库,测序发现有rRNA的污染,需要把数据中rRNA的reads去除再进行下一步分析。
现在已经把原始数据与rRNA的数据库进行blast,下一步我要怎么样在原始数据中去掉这些blast上的rRNA呢?

生信小白,万分感谢。

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清风小瓜

新虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

脚本提取出没有hit上的序列就行了,blast后不是有#0 hits found 吗,写个脚本提取一下
2楼2016-05-08 23:08:33
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jackyoung

新虫 (正式写手)

blast太慢,直接mapping rRNA多快,然后提取unmapped

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CestLaVie
3楼2016-05-08 23:36:17
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