24小时热门版块排行榜    

查看: 1835  |  回复: 6
当前只显示满足指定条件的回帖,点击这里查看本话题的所有回帖

jackjiejl

木虫 (小有名气)

[求助] VASP在深圳超算上如何做计算前 ,截断能,K点,晶格常数等测试 已有3人参与

#!/bin/sh

rm WAVECAR
for i in 400 450 500 550 600 650 700 750 800
do
cat > INCAR << !
SYSTEM=job_name
ENCUT=$i
ISTART=0; ICHARG=2
ISMEAR=-5
GGA=91
VOSKOWN=1
PREC=High
!
echo "ENCUT= $i eV"; time vasp
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f\n",$5}'`
echo $i $E >> comment
done
这是在网上下载的脚本,大概应该是侯博士的教程里面的,但是我不清楚这个脚本如何使用,我是在深圳超算上使用,需要对这个脚本添加什么呢,自己对程序这块不懂,希望大家能指点一下,
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

加油
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

cahndengbin

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你要看下深圳超算系统里的一些命令。
例如我是在天河超算,就要把倒数第四行的time vasp改成
yhrun -N 1 -n 12 -p TH_NET1 vasp
其中-N表示指定节点数,-n表示指定进程数,-p表示在哪个分区上算。
然后提交任务的时候用
yhbatch -N 1 -n 12 -p TH_NET1 ./run_encut.sh
大致是这个意思,你要仔细去看深圳超算系统的用户手册,那样比在小木虫上问清楚多了。
3楼2016-03-15 18:50:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
查看全部 7 个回答

jackjiejl

木虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by cahndengbin at 2016-03-15 18:50:48
你要看下深圳超算系统里的一些命令。
例如我是在天河超算,就要把倒数第四行的time vasp改成
yhrun -N 1 -n 12 -p TH_NET1 vasp
其中-N表示指定节点数,-n表示指定进程数,-p表示在哪个分区上算。
然后提交任务 ...

谢谢您的回复,我刚看了深圳的使用手册,改了相应的部分,但是还是有点问题,您能吧这个完整的脚本贴上来看看么? 谢谢您
加油
4楼2016-03-16 11:11:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

抖抖豆豆

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

这个例子只是一个测试截断能的脚本,可以用类似的脚本来测试截断能,k点,还有晶格参数,等等。在这个脚本后面需要加入你的vasp绝对运行路径,然后在提交任务脚本里指向这个测试脚本,输出不同的测试值对应的能量,选择合适的截断能。可以模仿一个例子来试一下

发自小木虫IOS客户端
work doesn't work without play
6楼2016-03-24 20:52:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
信息提示
请填处理意见