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prthefu

木虫 (著名写手)

[求助] 跑胶条带中,marker清晰但目的条带不够亮已有4人参与

把PCR产物进行电泳后,对1%Agarose和1.5%Agarose两个浓度下的条带图谱有小疑惑。
希望能有人帮忙解答:
    下面电泳图谱中,左、右边分别为1%和1.5%Agarose的电泳图,其中1%的目的条带很亮,右边的Marker条带较为模糊;但是在1.5%Agarose的电泳图中,Marker条带清晰,目的条带却不如之前的亮,所以我现在不太确定,到底是选择哪个浓度做。
    再说明一下,我后面对PCR产物进行连接转化,所以,我是选择目的条带亮的还是Marker条带清晰的呢?

跑胶条带中,marker清晰但目的条带不够亮
1%和1.5%Agarose电泳图.jpg.JPG
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原海亮

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
20楼: Originally posted by prthefu at 2016-03-01 08:19:34
做连接时需要高浓度的产物,但是,怎样获得高浓度呢?我昨晚胶回收后,再次跑胶检测时,发现纯度可以,但是不是特别亮,这就代表浓度不是很高吗?亮度和浓度是对应的吗?...

亮度和浓度是有一定的参考价值的(相同上样量),获得高浓度的目的条带进行连接,不一定就可以获得较高正确率的转化子,连接的关键在于片段的酶切处理是否完全,如果酶切没有问题,片段浓度较低的话,可以适当调整连接体系,比如20微升,目的是可以多加入一些低浓度的片段,这样基本上可以满足普通克隆转化的(建库转化建议尽量获得高质量片段),,

发自小木虫Android客户端
天空才是极限,我有信心飞的更高!
21楼2016-03-01 11:53:15
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mr.clutch

新虫 (小有名气)

★ ★
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2016-02-28 10:09:14
胶浓度并不能给你后续实验造成实质性影响啊!1%或1.5%都可以进行胶回收,关键是你的目的产物要达到足够的量才能保证你胶回收或者PCR纯化之后得到足够浓度的目的产物以满足后续连接之需

发自小木虫Android客户端
2楼2016-02-26 00:39:22
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管昌红

新虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by mr.clutch at 2016-02-26 00:39:22
胶浓度并不能给你后续实验造成实质性影响啊!1%或1.5%都可以进行胶回收,关键是你的目的产物要达到足够的量才能保证你胶回收或者PCR纯化之后得到足够浓度的目的产物以满足后续连接之需
...

我回收前很亮 回收后为啥不亮了呢!洗脱了两次

发自小木虫IOS客户端
3楼2016-02-26 01:36:26
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prthefu

木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by mr.clutch at 2016-02-26 00:39:22
胶浓度并不能给你后续实验造成实质性影响啊!1%或1.5%都可以进行胶回收,关键是你的目的产物要达到足够的量才能保证你胶回收或者PCR纯化之后得到足够浓度的目的产物以满足后续连接之需
...

再重复做1%Agarose跑胶,发现同样的条件,目的条带跑出的比如之前的亮,如果做胶回收,是不是要求目的条带要足够亮,而且,我还想问,做胶用的是那种大孔胶,上样量应该是多少啊,还有,在切胶时,都需要注意上么啊
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4楼2016-02-26 09:19:46
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