应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 求DFTB+中的输入文件问题No input file found.
151/2返回列表12下一页
查看: 2173  |  回复: 14
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

herarysara

木虫 (小有名气)

[求助] 求DFTB+中的输入文件问题No input file found.

自己按照例子编译的运行总是找不到输入文件，例子也运行不了。现将文件贴出来请大家帮忙看看问题。
输入文件：
168 S
C H
    1    1        9.28356667        6.74030387        0.79011088
    2    1       11.42496667        3.55180387        0.79611088
    3    1        9.28486667        2.11520387        0.79021088
    4    1       11.42326667        8.17750387        0.79601088
    5    1        8.78306667        0.56960387        0.78851088
    6    1       10.91076667        6.62930387        0.79431088
    7    1       13.05006667        3.43800387        0.79931088
    8    1        8.78246667        5.19430387        0.78841088
    9    1       10.91196667        2.00380387        0.79441088
   10    1       13.04836667        8.06380387        0.79931088
   11    1        9.28166667       15.99290387        0.79011088
   12    1       11.42176667       12.80330387        0.79601088
   13    1        9.28166667       11.36630387        0.79011088
   14    1       11.42266667       17.42920387        0.79611088
   15    1        8.78056667        9.81990387        0.78841088
   16    1       10.90876667       15.88130387        0.79431088
   17    1       13.04676667       12.68950387        0.79931088
   18    1        8.77966667       14.44660387        0.78841088
   19    1       10.90886667       11.25520387        0.79431088
   20    1       13.04766667       17.31500387        0.79931088
   21    1        9.28746667       25.24480387        0.79021088
   22    1       11.42566667       22.05510387        0.79611088
   23    1        9.28426667       20.61930387        0.79021088
   24    1       11.42846667       26.68070387        0.79611088
   25    1        8.78146667       19.07340387        0.78841088
   26    1       10.91456667       25.13300387        0.79441088
   27    1       13.05066667       21.94070387        0.79941088
   28    1        8.78476667       23.69930387        0.78851088
   29    1       10.91136667       20.50730387        0.79441088
   30    1       13.05346667       26.56650387        0.79941088
   31    1       13.56336667        0.36010387        0.80111088
   32    1       15.69116667        6.42140387        0.80701088
   33    1       13.56286667        4.98620387        0.80101088
   34    1       15.69226667        1.79480387        0.80701088
   35    1       15.19046667        0.24850387        0.80531088
   36    1       15.19006667        4.87510387        0.80531088
   37    1       13.56086667        9.61200387        0.80101088
   38    1       15.68916667       15.67140387        0.80691088
   39    1       13.55996667       14.23740387        0.80101088
   40    1       15.68926667       11.04690387        0.80691088
   41    1       15.18806667        9.50100387        0.80521088
   42    1       15.18706667       14.12590387        0.80521088
   43    1       13.56176667       18.86270387        0.80101088
   44    1       15.69476667       24.92240387        0.80701088
   45    1       13.56506667       23.48850387        0.80111088
   46    1       15.69166667       20.29640387        0.80701088
   47    1       15.18886667       18.75080387        0.80521088
   48    1       15.19216667       23.37640387        0.80531088
   49    2        7.61036667        0.66460387        0.78521088
   50    2       16.86196667       10.95240387        0.81021088
   51    2        7.61216667       23.79500387        0.78521088
   52    2        7.60886667       19.16930387        0.78511088
   53    2        7.60706667       14.54180387        0.78511088
   54    2        7.60776667        9.91430387        0.78511088
   55    2        7.60976667        5.28860387        0.78511088
   56    2       16.86746667       24.82670387        0.81031088
   57    2       16.86176667       15.57630387        0.81021088
   58    2       16.86386667        6.32710387        0.81031088
   59    2       16.86496667        1.69990387        0.81031088
   60    1        9.28106667        4.42790387        1.99821088
   61    1       11.42176667        1.23930387        2.00411088
   62    1        9.27906667        9.05340387        1.99811088
   63    1       11.42086667        5.86490387        2.00411088
   64    1        8.77966667        2.88220387        1.99641088
   65    1       10.90626667        8.94250387        2.00231088
   66    1       13.04586667        5.75120387        2.00731088
   67    1        8.77806667        7.50720387        1.99641088
   68    1       10.90816667        4.31680387        2.00241088
   69    1       13.04676667        1.12530387        2.00731088
   70    1        9.27786667       13.67990387        1.99811088
   71    1       11.41886667       10.49070387        2.00401088
   72    1        9.27926667       18.30650387        1.99821088
   73    1       11.41846667       15.11660387        2.00401088
   74    1        8.77636667       12.13350387        1.99641088
   75    1       10.90636667       18.19460387        2.00241088
   76    1       13.04346667       15.00250387        2.00731088
   77    1        8.77686667       16.76040387        1.99641088
   78    1       10.90506667       13.56850387        2.00231088
   79    1       13.04396667       10.37700387        2.00731088
   80    1        9.28256667       22.93250387        1.99821088
   81    1       11.42056667       19.74250387        2.00411088
   82    1        9.28496667       27.55750387        1.99821088
   83    1       11.42386667       24.36820387        2.00411088
   84    1        8.77966667       21.38680387        1.99651088
   85    1       10.91206667       27.44590387        2.00241088
   86    1       13.04876667       24.25380387        2.00741088
   87    1        8.78266667       26.01210387        1.99651088
   88    1       10.90956667       22.82050387        2.00241088
   89    1       13.04556667       19.62810387        2.00731088
   90    1       13.55846667        7.29940387        2.00901088
   91    1       15.68856667        4.10850387        2.01501088
   92    1       13.55996667        2.67340387        2.00911088
   93    1       15.68666667        8.73460387        2.01501088
   94    1       15.18716667        2.56210387        2.01331088
   95    1       15.18566667        7.18840387        2.01321088
   96    1       13.55706667       16.55030387        2.00901088
   97    1       15.68536667       13.35950387        2.01491088
   98    1       13.55666667       11.92500387        2.00901088
   99    1       15.68666667       17.98400387        2.01501088
  100    1       15.18386667       11.81380387        2.01321088
  101    1       15.18416667       16.43860387        2.01321088
  102    1       13.56296667       25.80180387        2.00911088
  103    1       15.68986667       22.60950387        2.01501088
  104    1       13.55996667       21.17580387        2.00911088
  105    1       15.69236667       27.23610387        2.01501088
  106    1       15.18696667       21.06380387        2.01321088
  107    1       15.19006667       25.68990387        2.01331088
  108    2       16.86506667       27.14070387        2.01831088
  109    2        7.61006667       26.10750387        1.99321088
  110    2        7.60706667       21.48270387        1.99321088
  111    2        7.60416667       16.85590387        1.99311088
  112    2        7.60366667       12.22810387        1.99311088
  113    2        7.60536667        7.60150387        1.99311088
  114    2        7.60696667        2.97680387        1.99321088
  115    2       16.85806667       13.26470387        2.01821088
  116    2       16.86246667       22.51360387        2.01831088
  117    2       16.86126667        4.01400387        2.01831088
  118    2       16.85926667       17.88850387        2.01821088
  119    1       17.78601339        9.03387851        0.88429636
  120    1       19.27771339        9.32137851        0.88369636
  121    1       21.82751339       10.11037851        0.88289636
  122    1       23.26471339       10.59527851        0.88239636
  123    1       25.82991339       11.32907851        0.88109636
  124    1       27.31951339       11.60997851        0.88059636
  125    1       29.97161339       11.87847851        0.87959636
  126    1       31.48461339       11.96287851        0.87919636
  127    1       34.14791339       12.08007851        0.87859636
  128    1       35.66241339       12.14547851        0.87839636
  129    1       17.18298992       19.95571322        0.77798853
  130    1       19.78098992       19.35101322        0.77688853
  131    1       21.22478992       18.88381322        0.77648853
  132    1       23.76838992       18.07151322        0.77538853
  133    1       25.24438992       17.72131322        0.77478853
  134    1       27.89398992       17.41801322        0.77368853
  135    1       29.40978992       17.40631322        0.77328853
  136    1       32.07378992       17.53031322        0.77268853
  137    1       33.58668992       17.62281322        0.77218853
  138    1       36.24798992       17.77881322        0.77168853
  139    1       17.74968992       19.86371322        2.21718853
  140    1       19.22958992       19.51781322        2.21658853
  141    1       21.77008992       18.69661322        2.21578853
  142    1       23.21508992       18.23451322        2.21518853
  143    1       25.81198992       17.61931322        2.21398853
  144    1       27.31858992       17.44751322        2.21338853
  145    1       29.98528992       17.42451322        2.21258853
  146    1       31.49938992       17.49531322        2.21228853
  147    1       34.16078992       17.65841322        2.21158853
  148    1       35.67418992       17.74671322        2.21128853
  149    1       17.21261339        8.97447851        2.03923636
  150    1       19.83341339        9.47347851        2.03803636
  151    1       21.28271339        9.92237851        2.03773636
  152    1       23.81221339       10.77517851        2.03663636
  153    1       25.27011339       11.19297851        2.03603636
  154    1       27.88981339       11.68807851        2.03493636
  155    1       29.39761339       11.83927851        2.03453636
  156    1       32.05931339       11.98847851        2.03363636
  157    1       33.57331339       12.05527851        2.03333636
  158    1       36.23671339       12.16997851        2.03283636
  159    1       37.77311964       17.87877511        0.77080495
  160    1       37.76420957       12.24018727        2.03250593
  161    1       38.66264251       17.86870022        2.02788393
  162    1       38.40864843       12.27740933        0.63432387
  163    1       40.19563667       17.90879030        1.88673968
  164    1       39.94195226       12.30574470        0.49369503
  165    1       40.83910795       17.95895528        0.48851645
  166    1       40.83081723       12.29685800        1.75124825
  167    2       41.90424026       17.98681007        0.39044869
  168    2       41.89616470       12.31654555        1.65353860
   0.0000000000E+00    0.0000000000E+00    0.0000000000E+00
     0.1000000000E+03    0.0000000000E+00    0.0000000000E+00
     0.0000000000E+00    0.2775400000E+02    0.0000000000E+00
     0.0000000000E+00    0.0000000000E+00    0.2416000000E+01

执行文件：
Geometry = GenFormat {
<<< "6on.gen"
}

Driver = ConjugateGradient{
  MaxForceComponent = 1e-5
  MaxSteps = 2000
  OutputPrefix = "geo_end"
  AppendGeometries = No
  Constraints = {}
}

Hamiltonian = DFTB{
  Eigensolver = Standard {}
  Charge = 0
   SpinPolarisation{}
   KPointsAndWeights = SupercellFolding {
      1 0 0
      0 1 0
      0 0 1
      0.0 0.0 0.0
   }
  SCC = Yes
  SCCTolerance = 1e-5
  MaxSCCIterations = 100
  Mixer = Broyden{}
  MaxAngularMomentum = {
     C = "p"
     H = "s"
  }
   #  Filling = Fermi {                   # Electronic temperature is 2000K
    #    Temperature [Kelvin] = 5000.0
    # }
  SlaterKosterFiles = {
     C-C = "/home/xuzp/WORK/lliu/bin/parameter/mio-0-1/C-C.skf"
     C-H = "/home/xuzp/WORK/lliu/bin/parameter/mio-0-1/C-H.skf"
     H-C = "/home/xuzp/WORK/lliu/bin/parameter/mio-0-1/H-C.skf"
     H-H = "/home/xuzp/WORK/lliu/bin/parameter/mio-0-1/H-H.skf"
}
Dispersion = SlaterKirkwood {
    PolarRadiusCharge = HybridDependentPol {
      C = {
        CovalentRadius [Angstrom] = 0.8
        HybridPolarisations [Angstrom^3,Angstrom,] = {
          1.382 1.382 1.382 1.064 1.064 1.064 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8 3.8  2.50
        }
      }
      H = {
        CovalentRadius [Angstrom] = 0.6
        HybridPolarisations [Angstrom^3,Angstrom,] = {
          0.386 0.386 0.000 0.000 0.000 0.000  3.5 3.5 3.5 3.5 3.5 3.5  0.8
        }
      }
  }
}
}
回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

greatqi

» 猜你喜欢
1楼 2012-11-14 20:10:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
herarysara: 金币+5, ★有帮助 2012-11-15 11:52:20
你的”执行文件“名字是dftb_in.hsd 吗？
你是怎么运行的呢？
赞一下 回复此楼
2楼2012-11-15 10:21:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

herarysara

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-15 10:21:12
你的”执行文件“名字是dftb_in.hsd 吗？
你是怎么运行的呢？

谢谢你，原来执行文件必须是dftb_in.hsd;再问下老是出现IO error in SK-file '/public/AMD-IO/home/LiuLM/hezhh/dftb/bin/parameter/mio-0-1/H-C.skf' (Unable to read 1st data line)，我已检查过参数的路径没有问题，难道参数路径或者命名也有特殊规定？
赞一下 回复此楼
3楼2012-11-15 11:23:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
jiaoyixiong: 金币+2, 鼓励交流 2012-11-15 14:15:52
引用回帖:
3楼: Originally posted by herarysara at 2012-11-15 11:23:03
谢谢你，原来执行文件必须是dftb_in.hsd;再问下老是出现IO error in SK-file '/public/AMD-IO/home/LiuLM/hezhh/dftb/bin/parameter/mio-0-1/H-C.skf' (Unable to read 1st data line)，我已检查过参数的路径没有问 ...

你打开skf文件，看有没有问题。或者你试着把skf放到工作目录下。
赞一下 回复此楼
4楼2012-11-15 11:59:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

herarysara

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-15 11:59:11
你打开skf文件，看有没有问题。或者你试着把skf放到工作目录下。...

问题以解决，下载的那个skf文件有问题，谢谢。
赞一下 回复此楼

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

ouyangyulou
5楼2012-11-15 15:07:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

herarysara

木虫 (小有名气)
请问输入文件中的
0.0000000000E+00    0.0000000000E+00    0.0000000000E+00
     0.1000000000E+03    0.0000000000E+00    0.0000000000E+00
     0.0000000000E+00    0.2775400000E+02    0.0000000000E+00
     0.0000000000E+00    0.0000000000E+00    0.2416000000E+01
表示什么意思 "lattice vector"具体指什么，还有对于3d周期边界的，应该在哪块体现他的盒子大小？
赞一下 回复此楼
6楼2012-11-15 20:12:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

herarysara

木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-15 11:59:11
你打开skf文件，看有没有问题。或者你试着把skf放到工作目录下。...

求问周期边界模型，盒子的大小在输入文件的哪儿体现？还有就是
0.0000000000E+00    0.0000000000E+00    0.0000000000E+00
     0.1000000000E+03    0.0000000000E+00    0.0000000000E+00
     0.0000000000E+00    0.2775400000E+02    0.0000000000E+00
     0.0000000000E+00    0.0000000000E+00    0.2416000000E+01
代表什么意思？谢谢
赞一下 回复此楼
7楼2012-11-15 20:14:28
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
herarysara: 金币+5, ★★★很有帮助 2012-11-16 09:40:43
chaizhm: 金币+2, 谢谢~ 2012-11-16 09:53:27
引用回帖:
7楼: Originally posted by herarysara at 2012-11-15 20:14:28
求问周期边界模型，盒子的大小在输入文件的哪儿体现？还有就是
0.0000000000E+00    0.0000000000E+00    0.0000000000E+00
     0.1000000000E+03    0.0000000000E+00    0.0000000000E+00
     0.000000000 ...

这就是盒子大小的定义。
第一行是盒子的原点坐标，后面三行是盒子大小定义，用矩阵表示。你的例子是100*27.754*2.416的正交盒子。具体参见它的手册附录部分。

ps：既然帮你解决了问题，为咩不给金币呢？要不以后不帮了
赞一下 回复此楼
8楼2012-11-15 21:36:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

herarysara

木虫 (小有名气)
引用回帖:
8楼: Originally posted by 043114076 at 2012-11-15 21:36:02
这就是盒子大小的定义。
第一行是盒子的原点坐标，后面三行是盒子大小定义，用矩阵表示。你的例子是100*27.754*2.416的正交盒子。具体参见它的手册附录部分。

ps：既然帮你解决了问题，为咩不给金币呢？要不以 ...

谢了，小弟错了，金币奉上。
赞一下 回复此楼
9楼2012-11-16 09:40:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

greatqi

木虫 (正式写手)
送红花一朵
蛮好的。
回复此楼
10楼2013-07-09 16:19:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 herarysara 的主题更新
151/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭