帖子
小木虫论坛-学术科研互动平台 » 站内搜索
显示全部
分类 共搜索到 9 个相关话题(最多显示前5000个) 作者 最后发表
分子模拟 分子动力学模拟及其LAMMPS实现
（课程尚未完成，持续更新中）（三万字超长文预警）前言1.分子动力学基础1.1原理.1.2势能1.3温度、压强2.linux系统常见命令和操作3.lammps介绍和并行版安装（linux版）4.lammps模拟基本流程...
 luyaobao 2022-05-22 06:58
分子模拟 用Charmm-GUI搭了一个体系，并进行了扩充，在能量最小化时出现了...
各位大神，求解决，重谢！...扩充之后就不可以了，我对Charmm-GUI不太了解，GROMACS也才接触，也不太清楚我的错误rank和手册上的nodes有什么差别，希望懂的人给我一些建议
 戍角悲丶丶 2018-08-14 11:29
分子模拟 搭体系出现了一些问题希望有人能解答
用Charmm-GUI搭了一个体系，并进行了扩充，在...扩充之后就不可以了，我对Charmm-GUI不太了解，GROMACS也才接触，也不太清楚我的错误rank和手册上的nodes有什么差别，希望懂的人给我一些建议
 罗艺青 2018-08-14 08:40
文献求助 求助英文文献1篇（2016-3-23）
[info2]MolecularDynamicsSimulationbyGROMACSUsingGUIPluginforPyMOLinfo'.2.'][info3]J.Chem.Inf.Model.,info'.3.'][info4]2013,info'.4.'][info5]53(5),pp1229–1234...
 nnxqwei 2016-03-23 08:23
文献求助 求助文献一篇
[info2]MolecularDynamicsSimulationbyGROMACSUsingGUIPluginforPyMOLinfo'.2.'][info3]J.Chem.Inf.Model.info'.3.'][info4]2013info'.4.'][info5]53(5),pp1229–1234...
 speculiar 2015-09-25 03:04
分子模拟 有没有人将charmm-gui和gromacs联用
本人是新手，现在我已经用charmm-gui给我的受体配体复合物加了磷脂双分子层了，然后我想将得到的PDB文件导入gromacs中做直接做动力学模拟，即直接进行优化平?，不知道有没有人这么做过，这...
 200618530201 2012-02-11 07:00
分子模拟 Gromacs GUI
GromacsGUIisagraphicaluserinterfaceforpopularmoleculardynamicspackage,GROMACS.GromacsGUIenablesyoutoeditMDPfilesvisually,saveyourmostlyusedcommandsandthenexecutethemvisually....
 cavediger 2011-07-15 10:49
分子模拟 【转帖】一些计算化学相关的免费的在线数据库、分子结构库及工具
在线版PDB2PQR：'http://nbcr.sdsc.edu/pdb2pqr'Prodrg2.5：'http://davapc1.bioch.dundee.ac.uk/cgi-bin/prodrg_beta'简介：输入结构或者在线绘制结构，生成gromacs等软件的拓扑文件，以及...
 gxhfly 2010-08-05 09:04