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笑河居士

新虫 (初入文坛)

[求助] 这个PCA分析得到的loading plot正常么?

最近在做NMR代谢组学的数据分析,得到binning results后用PCA分析了对照组和两个处理组,scatter plot里面不同组之间基本可以分开,但是得到的loading plot确很奇怪。PC1的loading大部分是正值,只有极少数的负值,而且负值的绝对值也很小,直接导致图看上去点都分布在(0,0)右侧。PC2的loading很正常。图在附件里面。请问大神们,这个结果正常吗?PS: PCA分析前做了mean centering和pareto scaling。

这个PCA分析得到的loading plot正常么?
loading plot.jpg
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当陌路放歌

铜虫 (小有名气)

loading投影出来的应该是变量吧 score投影出来是样本点而且不同组不同颜色

发自小木虫IOS客户端
2楼2015-11-26 21:03:32
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笑河居士

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 当陌路放歌 at 2015-11-26 21:03:32
loading投影出来的应该是变量吧 score投影出来是样本点而且不同组不同颜色

是的,这里的变量是binning后的0.02ppm宽的小柱。ls对我的问题有没有什么高见?
3楼2015-11-26 23:40:19
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当陌路放歌

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 笑河居士 at 2015-11-26 23:40:19
是的,这里的变量是binning后的0.02ppm宽的小柱。ls对我的问题有没有什么高见?...

能用pls吗 最好用opls

发自小木虫IOS客户端
4楼2015-11-27 00:09:12
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脱缰的野马

新虫 (小有名气)

5楼2015-11-27 00:26:53
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丹丹爱吃葡萄

新虫 (初入文坛)

您好,请问一下你有用过NMR数据做过loading plot 吗??最近这个问题困扰我太久了,如果您有空的话方便教我一下吗?
6楼2018-05-21 10:53:15
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