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关于用MS建立水盒子的问题已有1人参与
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我先画出了一个水分子，把它的键长调为0.9572，键角调为104.52度（tip4p模型）， 然后用两种方法建立含有1000个水分子的盒子，分别是AC模块里的construction和calculation， 但是两种方法建立后，每个水分子的键长键角都会发生改变，请问怎样才能保持键长键角不变？ 还有用calculation建立的时候，会出现个别键很长的情况。 请大神帮忙解答一下，感激不尽！  1.jpg  2.jpg |
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pigrass
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4楼2015-05-25 15:02:02
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我觉得水分子构型在MD过程中应该是会因为力场的选择变化的 DISCOVER中有限制的办法，好像是rattle功能，不过我没试过 The rattle command is used before the dynamics command to set up constraints in bonds, angles, or water molecules in a molecular dynamics simulation. It can be used to constrain bonds or any atom pairs to user-defined distances. It can be used to constrain angles spanned by two constrained bonds. In addition, it can be used to fix the geometry of water molecules so that the fixed-geometry water models SPC and TIP3P can be used in a simulation |
5楼2015-05-25 16:13:22
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请问我用AC模块里的calcution 建立煤盒子的时候出现如下错误 Unable to load the requested number of molecules in 30000 steps. Requested loading = 10 Actual loading = 7 The incomplete structure has been added to a study table. 该如何解决呢 发自小木虫Android客户端 |
10楼2022-03-02 08:31:08
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