| 查看: 3636 | 回复: 5 | |||
| 【悬赏金币】回答本帖问题，作者Mayerss将赠送您 20 个金币 | |||
[求助]
关于Green-Kubo方法模拟水的粘度已有3人参与
|
|||
|
求问有没有大神用lammps做过水的模拟？ 我现在改编了一下manual里面计算液氩粘度的那个算例，来模拟水的粘度，300k下得到的结果是0.2mPa.s，查得的标准值是0.8mPa.s，请路过的大神帮忙看一下是哪里出了问题，多谢！ in文件贴在下面，data文件和log文件在附件中。 # LAMMPS input script for viscosity of purewater units real variable T equal 300 variable V equal vol variable dt equal 0.4 variable p equal 400 # correlation length variable s equal 5 # sample interval variable d equal $p*$s # dump interval # convert from LAMMPS real units to SI variable kB equal 1.3806504e-23 # [J/K/ Boltzmann variable atm2Pa equal 101325.0 variable A2m equal 1.0e-10 variable fs2s equal 1.0e-15 variable convert equal ${atm2Pa}*${atm2Pa}*${fs2s}*${A2m}*${A2m}*${A2m} # setup problem dimension 3 boundary p p p atom_style full bond_style harmonic angle_style harmonic pair_style lj/cut/tip4p/long 1 2 1 1 0.125 12 15 kspace_style pppm/tip4p 1e-6 read_data sketch.data pair_coeff 1 2 0.0 0.0 # O-H pair_coeff 2 2 0.0 0.0 # H-H pair_coeff 1 1 0.16275 3.16435 # O-O timestep ${dt} thermo $d # equilibration and thermalization velocity all create $T 102486 mom yes rot yes dist gaussian fix NVT all nvt temp $T $T 40 drag 0.2 run 100000 # viscosity calculation, switch to NVE if desired #unfix NVT #fix NVE all nve reset_timestep 0 variable pxy equal pxy variable pxz equal pxz variable pyz equal pyz fix SS all ave/correlate $s $p $d & v_pxy v_pxz v_pyz type auto file S0St.dat ave running variable scale equal ${convert}/(${kB}*$T)*$V*$s*${dt} variable v11 equal trap(f_SS[3])*${scale} variable v22 equal trap(f_SS[4])*${scale} variable v33 equal trap(f_SS[5])*${scale} thermo_style custom step temp press v_pxy v_pxz v_pyz v_v11 v_v22 v_v33 run 200000 variable v equal (v_v11+v_v22+v_v33)/3.0 variable ndens equal count(all)/vol print "average viscosity: $v [Pa.s/ @ $T K, ${ndens} /A^3" |
回复此楼» 本帖附件资源列表
-
欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：libolin3@tal.com - 附件 1 : log.lammps
- 附件 2 : sketch.data
2015-05-23 19:35:01, 21.42 K
2015-05-23 19:35:02, 361.88 K
» 猜你喜欢
想问一下有没有需要文章但是没时间带学生的研究生导师。
已经有22人回复
-
院士建议：对勇于提出解决卡脖子问题新解决方案的学者加大资助力度
已经有11人回复
-
兄弟们帮我看看这两个结构怎么合成
已经有6人回复
-
前同事拿我以前未中的国自然标书申请今年的国自然，现在基金委发来调查函
已经有19人回复
-
東京大学 应用化学专业柳田研究室 招收修士/博士生
已经有3人回复
-
无under review，直接DIP，咋么办。
已经有10人回复
-
估计今年青基又没戏
已经有10人回复
-
特别资助审核状态
已经有8人回复
-
小孩7岁，上一年级，不自信，学习较差
已经有37人回复
-
刚博士毕业，入职普通一本高校
已经有4人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 请教平衡分子动力学模拟和非平衡分子动力学模拟的区别
已经有11人回复
- 25°水蒸气粘度
已经有4人回复
- Green-Kubo公式计算热导率，自相关函数问题
已经有18人回复
- 液体粘度的计算
已经有14人回复
- Green一Kubo公式的应用
已经有5人回复
- Green-Kubo线性响应理论应该是在平衡态用还是非平衡态？
已经有5人回复
- 1stopt能进行隐函数非线性拟合吗？谁能帮拟合一下新型液体的粘度混合计算公式
已经有5人回复
- 各位大侠请问用fluent仿真液固两相流时固相的粘度需要设置吗?
已经有12人回复
- 湍流粘度的意义
已经有10人回复
- MD计算粘度，结果分析不稳定
已经有17人回复
- 计算精度不高，且出现湍流粘度限制怎么办
已经有8人回复
- 海水的动力粘度u是多少？哪位大侠知道，，，十分感谢
已经有10人回复
- 请问：剪切粘度（shear viscosity）和容积粘度（bulk viscosity）的区别
已经有5人回复
- 【求助】在计算的时候出现湍流粘度比受到限制
已经有12人回复
- 【资源】关于圆管内气体流场中雷诺数与气流速度及动力粘度的问题
已经有9人回复
- 【讨论】Green-Kubo公式是基于第一性原理的吗？ ？
已经有4人回复
kakaxicheng
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 26.3
- 帖子: 20
- 在线: 45.8小时
- 虫号: 3523181
- 注册: 2014-11-06
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
2楼2016-10-04 15:58:53
brucefan
专家顾问 (著名写手)
-
专家经验: +218 - 模拟EPI: 4
- 应助: 422 (硕士)
- 金币: 2294.8
- 散金: 1715
- 红花: 88
- 帖子: 1423
- 在线: 670.2小时
- 虫号: 3048965
- 注册: 2014-03-14
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性 II ：电子结构
- 管辖: 分子模拟
3楼2016-10-05 01:10:05
kakaxicheng
新虫 (初入文坛)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 26.3
- 帖子: 20
- 在线: 45.8小时
- 虫号: 3523181
- 注册: 2014-11-06
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
4楼2016-10-25 09:56:35
5楼2017-08-28 09:13:22
|
你好，方便把您的data文件和input文件给我传一份吗？我也在做这个模拟，数据都来在6.8 TIP4P water mode，但是最终的结果却对不上，谢谢您啦 我的邮箱是 1178408727@qq.com 非常感谢 |
6楼2018-03-14 04:04:02
15