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chemozhang

木虫 (正式写手)

[交流] [交流]关于AutoDock输出结果中的能量值

下面是autodock运行 打分值最好的输出结果
Rank: 1_1
Binding Energy:             -15.1
kI :                        8.58pM
Intermolecular Energy :     -14.39
Internal Energy :           -5.38
Torsional Energy :          3.84
Unbound Extended Energy:    -0.83
Cluster RMS:                 0.0
Ref RMS:                     6.79

tutorial中说Dock Energy=intermolecular energy+internal energy
那么在此例中Dock Energy=-14.39+(-5.38)=-19.77,而Binding Energy=-15.1,两者并不相等,
但两者是平行的,按这两个能量值进行排序都得到相同的排序结果

我很困惑的是 如果Binding Energy就是我们关心的Binding Free Energy(结合自由能△G),那么Dock Energy又是什么含义?
Dock Energy and Binding Energy有什么不同,他们都是怎么定义的?
还有这里Binding Energy的单位是kcal/mol还是kJ/mol或是其它?
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故地如重游月圆更寂寞
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luai071

木虫 (著名写手)


csfn(金币+1,VIP+0):3q
引用回帖:
Originally posted by weishenme at 2008-7-2 04:37:
Binding Energy=Intermolecular Energy +Internal Energy +Torsional Energy- Unbound Extended Energy,单位是kcal/mol。
internal energy可能是指配体结合前后内能的差值,不是内能的绝对值。

[ Last edite ...

不错,是这回事,楼主手里有没有徐莜杰编的书,翻一下就是了。
5楼2008-07-02 07:15:13
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