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youkiwang

新虫 (初入文坛)

[求助] 活性中心含金属的酶的参数设置

按照生物分子模拟论坛中版主的教程http://bioms.org/forum.php?mod=viewthread&tid=381,使用autodock4.2进行含钼酶1FIQ和Febuxostat的对接,对接很成功,但是有一个疑惑,手工修改pdbqt文件中金属的电荷,这个电荷怎样确定呢?我改成了原电荷,就是把Mo设置成了6.00,这样设置对吗?我是个新手不太懂,但是看别的电荷并不是这个原子的原电荷,还有我的dlg中Ki值竟达到了am级别,报道中这个化合物的ki的单位为nm,深深的忧虑,不知道怎样确定电荷,查别人对接的文章里又都不提及这一问题,向大家求助,帮帮我吧,金币不多,感激不禁。
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奋斗吧青年
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youkiwang

新虫 (初入文坛)

没有人来,我还有问题autodock vina,做活性中心有金属的蛋白酶的效果如何?另如果用vina做,需要哪些前处理?
奋斗吧青年
2楼2015-03-03 22:42:28
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youkiwang

新虫 (初入文坛)

没有人来回答咩
奋斗吧青年
3楼2015-03-05 09:05:09
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╰☆╮sun

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by youkiwang at 2015-03-05 09:05:09
没有人来回答咩

您好!请问您还有生物分子模拟论坛中版主的使用autodock4.2进行含钼酶1FIQ和Febuxostat的对接教程吗?原链接已看不到,谢谢!
harderworking
4楼2018-10-12 08:07:12
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