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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
c。然后进行表面结构的弛豫，固定中间几层原子，观察层间距的变化，若固定的层数之间有较大的位移（原子既然固定了，固定原子层之间还会有有位移嘛？），就增加弛豫原子层数（是固定原子的层数还是没固定原子的层数），在观察层间距的变化，知道变化很小为止（这里是做静态计算吗？然后从OUTcar里读取原子位置，看层之间的变化？这里有一个什么标准吗？）；

> 看不懂你 c 主要是想問什麼....

   1.原子固定的方向，是一定不會產生位移
   2."静态计算"?你指的是什麼?
      是 NSW=0 or 1 這種計算嗎?
   3."然后从OUTcar里读取原子位置，看层之间的变化？这里有一个什么标准吗？"
       你句子中間有一個 "問號"
       所以前面是問句，問句後面再接著問問句裡面的東西的標準?
       ...............
       嗯...........不知要回答什麼.............
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菲顶顶
21楼2017-02-19 17:08:43
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菲顶顶

铜虫 (正式写手)
送红花一朵
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21楼: Originally posted by jpchou at 2017-02-19 17:08:43
c。然后进行表面结构的弛豫，固定中间几层原子，观察层间距的变化，若固定的层数之间有较大的位移（原子既然固定了，固定原子层之间还会有有位移嘛？），就增加弛豫原子层数（是固定原子的层数还是没固定原子的层数 ...

就是这个意思，比如想做带空位的某一个表面的一些性质，首先要测试一些参数，例如阶段能，K点，真空层等，然后还需要测试需要的原子层厚度以及底端需要固定的原子的厚度。然后问题就来了，确定这个固定多少需要测试，网上看到大部分有说的是固定原子，然后查看固定的原子的层间距的变化。
我的疑问就是，既然已经固定原子了怎么回有层间距的变化呢？还是说其实看的是胃固定的原子顶层的那些层间在固定不同层数的变化？还是所有优化的那些层在固定不同原子层数后的间距变化？
就是这个固定的测试到底是怎么做的呢？

非常感谢
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22楼2017-02-19 17:44:58
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
网上看到大部分有说的是固定原子，然后查看固定的原子的层间距的变化。
我的疑问就是，既然已经固定原子了怎么回有层间距的变化呢？
> 你的疑惑是正確的
   照你講的~ 網路上的敘述~若真的是 "固定原子，然后查看固定的原子的层间距的变化"
   這中文上本身就有矛盾
   某個地方一定弄錯了
   也許是他沒有正確表達他意思，也許是你誤會他意思
   如果你能貼出你看到的?碓�
   也許問題會更清楚

还是说其实看的是胃固定的原子顶层的那些层间在固定不同层数的变化？还是所有优化的那些层在固定不同原子层数后的间距变化？
> 這是比較合理的講法

在建立表面模型時，所有的結構參數 (原子間距離與角度)
都是?� bulk 結構取得
所以在一開始還沒有做 structure optimization
表面模型的表面，一定會有受力 (因為它目前是在 ideal bulk structure)
透過 structure optimization，表面模型的表面原子就會 relax 到表面模型的最佳位置
你要看的當然就是這些表面上 "可以動" 的原子
那些被固定的沒什麼好看的，都被固定了，你算的再久，他也還是跟原本一樣
變化率都是零
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23楼2017-02-19 18:52:50
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菲顶顶

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
23楼: Originally posted by jpchou at 2017-02-19 18:52:50
网上看到大部分有说的是固定原子，然后查看固定的原子的层间距的变化。
我的疑问就是，既然已经固定原子了怎么回有层间距的变化呢？
> 你的疑惑是正確的
   照你講的~ 網路上的敘述~若真的是 "固定原子， ...

原文是这样的：
3、表面体系的结构优化  ［参见P32］
在这个优化之前，还要对K－mesh进行优化。
表面体系的优化，主要是对原子位置进行优化，而对超原胞不再优化。一般采用的是Selective Dynamic。
这是在POSCAR中设置的。
怎样确定该驰豫哪些原子？  ！！！！！！！！！！！！！！！！！
一般是应该将表面的几层放开，固定中间的几层，可以只是放开表面的两层，观察层间距变化，如果固定的层之间还有较大的移位，说明弛豫的层数太少，需要增大弛豫的层数。
这样继续作下去。直到 层间距变化不大 。
再层间距变化不大的前提下，尽量减少层数，以节约时间。
即便是再固定的层内的原子在固定方向上的受很大的力，但是受限于 F 的限制，被强制的规定在某一层上。
下面以Al(100)-p(1*1)为例，给出相应的输入文件：
####INCAR：  !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!  没有ISIF  !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
SYSTEM = Al(100)-p(1x1)
ENCUT = 200
ISMEAR = 1; SIGMA = 0.20
ISTART = 0; ICHARG = 2
EDIFF = 1E-5; EDIFFG = -1.0E-3
NSW = 60; IBRION = 2
POTIM = 0.1
PREC= Accurate
####KPOINTS:  !!!!!!!!!!!!!!!  注意1  !!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!
auto
0
Monkhorst-Pack
1 11 11
0.0 0.0 0.0
#####POSCAR:  !!!!!!!!!!!!!!!!!!!! 比Bulk的多了个Selective dynamics
Al(100)-p(1x1)
1.00000
0.0000000000  2.0247500000  -2.0247500000
0.0000000000  2.0247500000  2.0247500000
22.1485000000  0.0000000000  0.0000000000
7
Selective dynamics
Direct
0.0000000000  0.0000000000  0.0000000000  F  F  T
0.0000000000  0.0000000000  0.1828340520  F  F  F
0.0000000000  0.0000000000  0.3656681039  F  F  F
0.0000000000  0.0000000000  0.5485021559  F  F  T
0.5000000000  0.5000000000  0.0914170260  F  F  T
0.5000000000  0.5000000000  0.2742510780  F  F  F
0.5000000000  0.5000000000  0.4570851299  F  F  T
优化后的结构在CONTCAR中。

网上很多都菏泽个说法一样。而且他这个里面之固定了xy，只优化z，不太明白什么意思。

另外就是，看上层弛豫的原子的变化，是看他们的层间距是否收敛？这个收敛标准又是什么呢？比如能量手链是10meV，那么对于这个就是层间距小于多少？有一个这样的参考值吗？
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24楼2017-02-19 19:03:33
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
我是覺得這篇原文的作者交代的不是很清楚

我猜你之所以會說
"固定中间几层原子，观察层间距的变化，若固定的层数之间有较大的位移
（原子既然固定了，固定原子层之间还会有有位移嘛？），就增加弛豫原子层数"

是因為你看到這篇原文上提到說
"一般是应该将表面的几层放开，固定中间的几层，可以只是放开表面的两层，
观察层间距变化，如果固定的层之间还有较大的移位，说明弛豫的层数太少，需要增大弛豫的层数。"

合理的解釋是
這篇原文講的   "如果固定的層之間還有較大的位移"
指的是 "如果在   週期性結構的兩個固定層    之間還有較大的位移"

DFT 計算大多是在週期性系統內
在做表面計算時
會用真空層去隔開兩個週期表面間的作用力
以達到 "模擬表面" 的結果

所以我猜，上面我貼出?淼哪且欢危e面的 "若固定的层数之间有较大的位移"
這句裡面的 "固定的層數" 指的是週期性的兩個表面
這樣子整段文章才完整


不過整段文章有不少內容，我不太能同意就是了....嗯...
包括向是他在選 F F T or F F F
這個 POSCAR 本身就很  ....   "不直覺"
他選用的 lattice vectors 是

  0.0000000000  2.0247500000  -2.0247500000
  0.0000000000  2.0247500000   2.0247500000
22.1485000000   0.0000000000   0.0000000000

第三個 vector 給定了真空的方向
而他選的的是用 22.1485000000   0.0000000000   0.0000000000
也就是 x 方向 (第一個數字一般的定義都是 x，然後才是 y，接著是 z)
也就是這個表面是 yz 方向的表面，真空是落在 x
可是他用  F  F  T  根本就是錯誤的做法
若是只想讓原子做層與層間方向的 relaxation
那應該是要給  T  F  F
我也不知該說什麼了...................
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25楼2017-02-20 00:34:11
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
24楼: Originally posted by 菲顶顶 at 2017-02-19 19:03:33
原文是这样的：
3、表面体系的结构优化  ［参见P32］
在这个优化之前，还要对K－mesh进行优化。
表面体系的优化，主要是对原子位置进行优化，而对超原胞不再优化。一般采用的是Selective Dynamic。
这是在P ...

网上很多都菏泽个说法一样。

我猜就是全部都貼?碣N去
?K沒有仔細看內容.....
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26楼2017-02-20 00:35:08
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jpchou

专家顾问 (著名写手)
引用回帖:
24楼: Originally posted by 菲顶顶 at 2017-02-19 19:03:33
原文是这样的：
3、表面体系的结构优化  ［参见P32］
在这个优化之前，还要对K－mesh进行优化。
表面体系的优化，主要是对原子位置进行优化，而对超原胞不再优化。一般采用的是Selective Dynamic。
这是在P ...

这个收敛标准又是什么呢？
> 收斂標準沒有  "一定" 的標準
   不同系統會有些許變化

比如能量手链是10meV，那么对于这个就是层间距小于多少？有一个这样的参考值吗？
> 什麼是  "能量手链"   ?  還是你是想講 "收斂" ?
   能量收斂 10 meV，那要看你講的是 total energy 還是  energy per atom
   若是講 total energy convergence is 10 meV，那還是要看你系統裡原子總數是多少
   
   其�?也就是說，一般看的會是 energy per atom
   energy per atom 若是 10 meV
   那還是得要考慮你想要做的計算的能量變化允許範圍是到多少
   也就是說，在這些條件都不清楚的情況，沒辦法回答任何問題
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27楼2017-02-20 00:39:03
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菲顶顶

铜虫 (正式写手)
引用回帖:
27楼: Originally posted by jpchou at 2017-02-20 00:39:03
这个收敛标准又是什么呢？
> 收斂標準沒有  "一定" 的標準
   不同系統會有些許變化

比如能量手链是10meV，那么对于这个就是层间距小于多少？有一个这样的参考值吗？
> 什麼是  "能量手 ...

好吧，那我再看看吧，多谢

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28楼2017-02-20 04:44:06
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zhangfrank

金虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jpchou at 2014-08-26 15:49:21
a。先建立一个表面超胞模型(可以加入对称性吗？因为如果引入对称性，就变成超胞的两边是真空层了)；
> 可加入，也可不加入，看計算題目需求
   "週期" 性系統的計算，不管你加不加對稱，超胞的兩邊永 ...

jpchou老师的回答很精彩。
谢谢您，从您的很多帖子中都有学习到知识
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计算顺利点吧
29楼2017-02-27 09:33:15
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zxzdai

铁虫 (初入文坛)
引用回帖:
10楼: Originally posted by jpchou at 2014-08-26 19:45:11
是地
若你計算的系統
表面原子數與塊材原子數剛好成比例
那只能說~這是福氣呀
很多合金表面
計算用的 slab model 總是不會也無法與 bulk model 原子數成比例

合金用的slab model和bulk model原子数不成比例该怎么办呢？
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30楼2018-12-12 14:00:01
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