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卡开发发

木虫 (著名写手)

Ab Initio Amateur

[求助] 求助Dmol3的格点文件grd格式说明已有1人参与

鄙人不才,看了一下MS的help文档中对grd文件的介绍和例子:
DMol3 total electron density            
(1p,e12.5)  
   9.000   8.200   9.400  90.000  90.000  90.000
   45   41   47
    1  -23   22  -20   21  -22   25
0.00000E+00
0.00000E+00
2.57683E-13
1.43774E-12
2.01988E-10
8.71334E-10
1.28986E-09
1.11599E-09
4.72026E-10
1.59762E-11
2.83878E-12
前五行我大致知道什么意思了,不过第五行所谓的"The fastest varying index "是什么意思啊?
另外下面的第六行开始的列数据是按照怎样的顺序排列?到底是怎样与三维空间对应?
非立方格点有没有办法或是程序转换成cube或CHGCAR这样的格式?
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhou2009: 金币+5 2014-06-16 14:18:30
卡开发发: 金币+10, ★★★★★最佳答案 2014-06-16 15:01:38
The fastest varying index通常为1,代表x方向的指数变化是最快的,也就是说,读取下面格点数据值时最内层循环的是x序号,例如这样读取
do k=1,nz
        do j=1,ny
                do i=1,nx
                        read(10,*) cubmat(i,j,k)
                end do
        end do
end do

Multiwfn程序的fileIO.f90里subroutine readgrd就是读取.grd文件的代码,可供参考

非立方格点情况的.grd文件原则上可以转换为.cub,只要适当定义平移矢量即可
2楼2014-06-16 11:57:46
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卡开发发

木虫 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
2楼: Originally posted by sobereva at 2014-06-16 11:57:46
The fastest varying index通常为1,代表x方向的指数变化是最快的,也就是说,读取下面格点数据值时最内层循环的是x序号,例如这样读取
do k=1,nz
        do j=1,ny
                do i=1,nx
                        read(10,*) cubmat(i,j,k)
                end  ...

前辈,现在multiwfn处理grd文件的AIM是不是
还不能支持PBC啊?

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3楼2014-06-16 12:38:50
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


引用回帖:
3楼: Originally posted by 卡开发发 at 2014-06-16 12:38:50
前辈,现在multiwfn处理grd文件的AIM是不是
还不能支持PBC啊?
...

Multiwfn载入grd后可以做AIM盆分析(也包括寻找(3,-3)或(3,+3)临界点),但是不能做拓扑分析。
目前并没有尝试过对周期性体系的grd文件做盆分析,虽然可能能做
4楼2014-06-16 14:27:22
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卡开发发

木虫 (著名写手)

Ab Initio Amateur

引用回帖:
4楼: Originally posted by sobereva at 2014-06-16 14:27:22
Multiwfn载入grd后可以做AIM盆分析(也包括寻找(3,-3)或(3,+3)临界点),但是不能做拓扑分析。
目前并没有尝试过对周期性体系的grd文件做盆分析,虽然可能能做...

前辈,之前我试了一下grd做盆分析,非pbc倒是没啥问题,pbc盆积分得到的总电荷总数不太对。我先看看我自己有没有办法处理。

多谢前辈指导。

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5楼2014-06-16 15:01:14
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xiaoxiaodian

新虫 (初入文坛)

前辈你好!请问这些数据你是将grd文件用写字板打开才得到的吗?具体每行数字都代表了什么?怎样做电荷密度图?还请前辈赐教呢!感激不尽
6楼2018-03-13 14:50:40
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卡开发发

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引用回帖:
6楼: Originally posted by xiaoxiaodian at 2018-03-13 14:50:40
前辈你好!请问这些数据你是将grd文件用写字板打开才得到的吗?具体每行数字都代表了什么?怎样做电荷密度图?还请前辈赐教呢!感激不尽

这个在MS的help里面应该有,很具体的隔得时间有点久想不起来了。电荷密度程序直接可以画。电荷密度差需要把整个体系、不同片段用完全相同的计算参数(截断半径的值、k点,格子大小、网格密度等要完全一致)计算密度得到grd文件,这样前6行的内容几乎一样,需要对第6行的数据一一对应进行做差,并且存入新的文件,新的文件前6行也要与那些文件相同,后面的值就是前面的一一做差得到的。之后将这个命名成密度(或形变电荷密度)的grd文件替换原来的密度grd文件,做密度(或形变电荷密度)就能得到电荷密度差。数据做差可以通过origin,用其他语言编程做也行,都很简单。
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7楼2018-03-13 18:03:14
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xiaoxiaodian

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
7楼: Originally posted by 卡开发发 at 2018-03-13 18:03:14
这个在MS的help里面应该有,很具体的隔得时间有点久想不起来了。电荷密度程序直接可以画。电荷密度差需要把整个体系、不同片段用完全相同的计算参数(截断半径的值、k点,格子大小、网格密度等要完全一致)计算密度 ...

前辈,请问做差后的差分密度数据为什么还要命名成密度(或形变电荷密度)的grd文件,不是直接把这些数据导入到ORIGIN作图就可以了出来图了吗?还是说我只有把做差后的差分密度数据命名成密度(或形变电荷密度)的grd文件(DMOL3仅识别密度和形变电荷的密度?),然后才能再MS界面中打开?前辈谢谢谢啦
还有一个问题麻烦前辈了,需要把GRD文件里的三围坐标数据导入ORigin里作电荷密度图吗?
8楼2018-03-14 09:57:29
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卡开发发

木虫 (著名写手)

Ab Initio Amateur

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8楼: Originally posted by xiaoxiaodian at 2018-03-14 09:57:29
前辈,请问做差后的差分密度数据为什么还要命名成密度(或形变电荷密度)的grd文件,不是直接把这些数据导入到ORIGIN作图就可以了出来图了吗?还是说我只有把做差后的差分密度数据命名成密度(或形变电荷密度)的g ...

“还是说我只有把做差后的差分密度数据命名成密度(或形变电荷密度)的grd文件(DMOL3仅识别密度和形变电荷的密度?),然后才能再MS界面中打开?”就是这个意思。
导入Origin也好,自己写程序也罢,这里的目的是把三个文件的数据转化成数组并做差。至于Slice图你可以用MS直接做,没必要捣腾到Origin。
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9楼2018-03-14 18:53:05
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