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量子化学计算

1楼2013-10-16 10:50:50

枪下游魂

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scx235: 金币+2 2013-10-16 14:37:21

基态下计算频率速度还行，看你分子多大了。
根据你的CPU和内存，如果是单机，可通过手动设定内存大小和CPU核数来加快计算

2楼2013-10-16 11:00:48

scx235

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%chk=luohewu.chk
%mem=4gb
%NPROC=4
# opt=(loose) ub3lyp/gen pseudo=read
机子是单机LINUX系统，4核8G内存，体系一个金属原子，20个C原子左右，内存大小和CPU数设为4G，4核。

量子化学计算

3楼2013-10-16 14:36:54

lihb734

铁杆木虫 (职业作家)

站在计算化学入门的门槛上

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scx235: 金币+2 2013-10-16 17:46:16

你怎么定义快慢的了？一个小时，半个小时？

前途光明，出路难觅！

4楼2013-10-16 16:20:32

forestwolf9291

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scx235: 金币+2 2013-10-16 17:46:33
gkf高: 金币+2 2013-10-17 09:22:44

频率分析，耗资源是必须的，从gaussian看
只有多用资源，或降低方法、减小基组。

5楼2013-10-16 16:27:12

scx235

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机子是单机LINUX系统，4核8G内存，体系一个金属原子，20个C原子左右，内存大小和CPU数设为4G，4核。
金属原子用Stuttgart赝势，C,H用6-311+g*，做个频率最少得3天的时间，不知道算不算慢？？

量子化学计算

6楼2013-10-16 17:46:00

yjcmwgk

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引用回帖:

6楼: Originally posted by scx235 at 2013-10-16 17:46:00
机子是单机LINUX系统，4核8G内存，体系一个金属原子，20个C原子左右，内存大小和CPU数设为4G，4核。
金属原子用Stuttgart赝势，C,H用6-311+g*，做个频率最少得3天的时间，不知道算不算慢？？

我觉得慢很慢

7楼2013-10-17 10:53:17

hairan

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scx235: 金币+2 2013-10-17 17:18:14

引用回帖:

有点太慢了，需要看看哪里出了问题

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]

据权威报纸调查，84%的青少年犯罪者有玩电子游戏的经历，故应该禁止经营电子游戏。据我们所知，100%的青少年犯罪者有穿鞋的经历，故制鞋厂应该停业。

8楼2013-10-17 14:32:19

scx235

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%chk=luohewu.chk
%mem=4gb
%NPROC=4
# opt=(loose)  ub3lyp/gen pseudo=read  scf=qc scfcon=6 iop(4/15=2)  nosym freq
电脑系统：
CentOS
版本6.3
内核：linux 2.6 32-279.el6.x86-64
硬件：
内存：7.5G
处理器0,1,2,3:intel core(TM)2  QUAD CPU Q9650 3.00GHz
可用磁盘空间：406.5GB

连同优化已经8天了，优化作了5天，现在还在频率分析。部分log文件如下
...
....
Rotational constants (GHZ):    0.1386722    0.0235716    0.0208011
Basis read from chk: luohewu.chk (5D, 7F)
Pseudo-potential data read from chk file.
Integral buffers will be 131072 words long.
Raffenetti 2 integral format.
Two-electron integral symmetry is turned off.
  1079 basis functions,  1776 primitive gaussians,  1129 cartesian basis functions
168 alpha electrons    167 beta electrons
   nuclear repulsion energy    5556.4337714589 Hartrees.
NAtoms= 65 NActive= 65 NUniq= 65 SFac= 7.50D-01 NAtFMM= 80 NAOKFM=F Big=T
One-electron integrals computed using PRISM.
1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT= 60031 NPrTT=  250445 LenC2= 39240 LenP2D= 94915.
LDataN:  DoStor=F MaxTD1= 6 Len=  172
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 6 Len=  172
NBasis=  1079 RedAO= T  NBF=  1079
NBsUse=  1067 1.00D-06 NBFU=  1067
Initial guess read from the checkpoint file:
luohewu.chk
<S**2> of initial guess= 1.7470
SCF Done:  E(UB+HF-LYP) =  -2681.09435883    a.u. after 1 cycles
         Convg  = 0.3607D-03                   1 Fock formations.
            S**2 =  1.7470                -V/T =  2.0195
Annihilation of the first spin contaminant:
S**2 before annihilation    1.7470, after    0.7718
Range of M.O.s used for correlation:    1  1067
NBasis=  1079 NAE= 168 NBE= 167 NFC=    0 NFV=    0
NROrb= 1067 NOA= 168 NOB= 167 NVA= 899 NVB= 900

**** Warning!!: The largest alpha MO coefficient is  0.15973494D+03

**** Warning!!: The largest beta MO coefficient is  0.15591673D+03

1 Symmetry operations used in ECPInt.
ECPInt:  NShTT= 60031 NPrTT=  250445 LenC2= 39240 LenP2D= 94915.
LDataN:  DoStor=F MaxTD1= 7 Len=  274
LDataN:  DoStor=T MaxTD1= 7 Len=  274
Number of processors reduced to 2 by ecpmxn.
Symmetrizing basis deriv contribution to polar:
IMax=3 JMax=2 DiffMx= 0.00D+00
G2DrvN: will do 22 centers at a time, making 3 passes doing MaxLOS=3.
Calling FoFCou, ICntrl=  3107 FMM=T I1Cent= 0.
Calling FoFCou, ICntrl=  3107 FMM=T I1Cent= 0.
Calling FoFCou, ICntrl=  3107 FMM=T I1Cent= 0.
FoFDir/FoFCou used for L=0 through L=3.
DoAtom=TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT
DoAtom=TTTTTTTTTTTTTTT
      Differentiating once with respect to electric field.
            with respect to dipole field.
      Differentiating once with respect to nuclear coordinates.
FoFCou: FMM=T IPFlag=          0 FMFlag=    100000 FMFlg1=          1
NFxFlg=          0 DoJE=F BraDBF=F KetDBF=F FulRan=T.
Symmetry not used in FoFCou.
FMM levels:  10  Number of levels for PrismC: 9
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
      There are 198 degrees of freedom in the 1st order CPHF.
198 vectors were produced by pass  0.
AX will form  66 AO Fock derivatives at one time.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
198 vectors were produced by pass  1.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
198 vectors were produced by pass  2.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
198 vectors were produced by pass  3.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
PrismC:  NFx=    2048 NFxT=       8 NFxU=       8.
.......

量子化学计算

9楼2013-10-17 17:42:53

hairan

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QC强帖: 3
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在线: 732小时
虫号: 432069
注册: 2007-08-12
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专业: 理论和计算化学

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
scx235: 金币+3 2013-10-17 20:19:48
gkf高: 金币+2 2013-10-17 21:54:34

这是G03算的
如果有条件，用g09来算，在输入文件中加上int=acc2e=11，频率部分应该算的比这个快得多

10楼2013-10-17 17:50:38