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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] vasp.5.3 错误 forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred已有2人参与

以前不知安装过多少的vasp 自己觉得对vasp的安装时很了解很熟悉的。现在到了一个新的组,老师给了一个vasp.5.3,结果始终弄不好,虽然说编译于vasp.5.2几乎没有区别,也能编译出来vasp,但是运行总是得到这个错误:
POSCAR, INCAR and KPOINTS ok, starting setup
WARNING: small aliasing (wrap around) errors must be expected
FFT: planning ...
WAVECAR not read
forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred
Image              PC                Routine            Line        Source            
vasp               0000000001316B56  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000012E4D0E  Unknown               Unknown  Unknown
vasp               00000000012E4CC6  Unknown               Unknown  Unknown

以前遇到这种错误有两种方法可以解决其一就是用 ulimit -s unlimited
另外一种就是在编译的时候加上 -heap-arrays  64
但对于我这个错误,这两个方法都行不通,有谁知道还有其他的方法吗?

我用的intel 的fortran编译器和mkl,试过2011 和2013两个版本的,二mpi试过intel和mpich的。最后都是一样的结果。
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嘟啦啦嘟啦啦嘟
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duxiu727

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
identation: 金币+1, 谢谢回帖交流! 2013-09-07 09:03:05
贺仪: 金币+2, 谢谢支持! 2013-09-12 15:03:57
看看你的fortran是哪个版本的?貌似makefile里面已经推荐了最好的ifort版本,之前遇到过这个问题,后来换ifort版本解决问题了
4楼2013-09-05 12:16:32
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HSE06

铁虫 (小有名气)


identation: 金币+1, 谢谢回帖交流 2013-09-08 09:44:49
FFLAGS 后面加上-heap-arrays就可以搞定了
10楼2013-09-08 09:42:14
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hybren

木虫 (正式写手)

我安装遇到和你一样的问题,换用各种mpi都一样。最后发现将-O2改为-O1以后一切顺畅了!
37楼2014-12-20 11:01:11
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liancsh

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

同样的问题我最近在我们组新机器上也遇到了, 用 ulimit -s unlimited, 或-heap-arrays  64, 或换FFT库均告失败.
最后尝试将OFLAG中的-O2改成-O1, 上面的问题迎刃而解. 看来新机器得用新办法!
40楼2015-10-05 10:34:59
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普通回帖

emilyoyang

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
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identation: 金币+1, 谢谢回帖交流! 2013-09-07 09:02:41
贺仪: 金币+2, 谢谢MM支持! 2013-09-12 15:03:37
大牛也会遇到这种问题啦。。。。
make clean 以后再试试呗
跟库文件应该没什么关系,可能是makefile的问题
是pc机上编还是服务器上?
2楼2013-09-05 08:19:10
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by emilyoyang at 2013-09-05 08:19:10
大牛也会遇到这种问题啦。。。。
make clean 以后再试试呗
跟库文件应该没什么关系,可能是makefile的问题
是pc机上编还是服务器上?

敢称牛就不来问了
makefile 里面最关键的就是mkl,其他的设置几乎没有。
在服务器上编的
嘟啦啦嘟啦啦嘟
3楼2013-09-05 08:30:08
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souledge

专家顾问 (著名写手)

没有VASP 5.3的表示no idea~~~~~
思想重于技巧,内涵重于表象
5楼2013-09-05 13:13:28
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chuanghua304

金虫 (正式写手)


identation: 金币+1, 谢谢回帖交流! 2013-09-07 09:03:41
我用的是OPENMPI  MKL 也出现跟你相似的问题,单核好像能跑,多核并行就不行了。最后用ulimit -s unlimited
-heap-arrays  64 办法搞定了。
6楼2013-09-05 14:01:53
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chuanghua304

金虫 (正式写手)

★ ★
identation: 金币+2, 谢谢提供帮助! 2013-09-07 09:04:03
要不然,你先把ulimit -s unlimited
ulimit -m unlimited
ulimit -c unlimited
ulimit -d unlimited
加到"/etc/profile"试试吧!
7楼2013-09-05 14:03:48
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bluewhale

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
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identation: 金币+1, 谢谢回帖交流! 2013-09-07 09:04:37
贺仪: 金币+5, 谢谢支持! 2013-09-12 15:04:32
对于VASP 5.3.3,在我们的集群上也发现了这一问题,mpich2, mvapich2能编译,但运行出错,
intel impi 4.1.0和openmpi没有问题,用intel impi 编译的程序,用mpich2运行一切正常。
intel compilers 11.1 和 12.1都试过。低版的VASP一切正常。不知是什么原因。
8楼2013-09-07 00:09:11
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liliangfang

荣誉版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
identation: 金币+1, 谢谢回帖交流! 2013-09-08 08:34:59
贺仪: 金币+2, 谢谢支持! 2013-09-12 15:04:42
这个可能是数学库的问题,我之前也尝试过,没成功。我用的gotoblas2在64位处理器上面可以编译,但在32位的机器上面不行
9楼2013-09-08 08:28:56
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