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wuhen116

木虫 (正式写手)

[求助] 求教：重组能（reorganization energy）怎么算？

请教各位一下：重组能具体的怎么算？
the reorganization energy is determined by four energies, (the Nelson four-point method):31,32
reorganization energy=（E+ *）-（E+） +（E*）-E
where E+ and E are the optimized energies of the cationic and neutral forms of a single monomer, E+ * is the energy of the monomer cation at the neutral geometry, and E* is the energy of the neutral monomer at the cation geometry.
文献这么说的，但没看懂，请各位指教一下，具体的怎么算？有什么需要注意的地方没等等，我这是第一次算重组能，所以不太懂。多谢！
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1楼2013-04-02 09:53:58
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医无止境

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wuhen116: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-04-03 16:12:43
就是优化一下中性分子和离子，得到E和E+。然后在优化的中性分子的构型下计算离子时的单点能（就是把中性分子优化的gaussian输入文件中的电荷改为1，把“opt”去掉）得到E*，在优化的离子的构型下计算中性分子时的单点能（就是把离子优化的gaussian输入文件中的电荷改为0，把“opt”去掉）得到E+*。再用上面的式子算出来就是了
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2楼2013-04-03 14:37:39
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wuhen116

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 医无止境 at 2013-04-03 14:37:39
就是优化一下中性分子和离子，得到E和E+。然后在优化的中性分子的构型下计算离子时的单点能（就是把中性分子优化的gaussian输入文件中的电荷改为1，把“opt”去掉）得到E*，在优化的离子的构型下计算中性分子时的单 ...

你好，非常感谢你的回复，你的意思，我都明白了，只是还有一点我想问一下：对于具体的蒽（anthracene）来说，它的正离子（cationic form）形态是什么样的？是某一个C上面吸一个质子吗？还是什么样的？
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3楼2013-04-03 15:31:13
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ggdh

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
wuhen116: 金币+10, ★★★很有帮助 2013-04-04 10:29:34
正离子就是减去一个电子。
负离子就是加上一个电子。
不要动元素组成
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4楼2013-04-04 01:29:57
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wuhen116

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ggdh at 2013-04-04 01:29:57
正离子就是减去一个电子。
负离子就是加上一个电子。
不要动元素组成

好的，多谢你的建议。我试试。
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5楼2013-04-04 10:29:49
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懒懒散散哎

新虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by ggdh at 2013-04-04 01:29:57
正离子就是减去一个电子。
负离子就是加上一个电子。
不要动元素组成

师兄你好，是这样的。我最近是刚接触gaussian软件，对这个软件不太熟悉。我最近要计算一下一种聚噻吩类材料的重整能（完全需要我自己搞定，没有实验室老师和师兄师姐教我），看了一点密度泛函理论的基本概念，对于用软件计算它的重整能目前没有什么头绪，我的设计材料分子目前正在跑amber分子动力学模拟。目前我的大概思路是这样的，amber跑完之后输出pdb文件，我用Gview打开之后，输出一个gif文件，我再用UltraEdit打开这个gjf文件，然后我对这个文件进行编辑，编辑成计算重整能的格式。目前的问题是我不知道要把这个文件编辑成什么样子，gaussian软件的说明书里面也没有提到过计算重整能的关键词和代码案例，我之前也没有编辑gaussian输入文件的经验。如果我目前的整体思路有问题，我希望师兄能够指出来。同时我也很希望师兄能够指导一下我怎么用高斯来计算重整能，也希望师兄能够给我发一份类似材料重整能计算的代码，非常感谢。深夜打扰非常抱歉。
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6楼2016-04-23 02:59:01
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懒懒散散哎

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 医无止境 at 2013-04-03 14:37:39
就是优化一下中性分子和离子，得到E和E+。然后在优化的中性分子的构型下计算离子时的单点能（就是把中性分子优化的gaussian输入文件中的电荷改为1，把“opt”去掉）得到E*，在优化的离子的构型下计算中性分子时的单 ...

师兄您好，作为一个刚刚接触计算的小白，我想问问您怎么优化中性分子和离子呢？能具体说一下吗？非常感谢。
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7楼2016-04-23 14:13:56
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