查看: 800  |  回复: 16

星愿9997

银虫 (小有名气)

[求助] 求助用siesta计算COHP

因为我一直用vasp计算的,只是想用siesta补算COHP性质,所以对siesta这个软件不太了解,诚恳希望大家能够帮忙!
我现在设置基本按照例子中的基本设置设的,COHP是用siesta算完再用mprop这个程序算的。可做出的COHP图和用vasp做的DOS图差太多,根本对不上。。想问问是什么原因。我的输入文件是否有问题。
我的输入文件fdf是:
SystemName       I4/mcm K3ZnH5 GGA   # Descriptive name of the system
SystemLabel            K3ZnH5

# Species and atoms

NumberOfSpecies        3      
NumberOfAtoms          36      
%block ChemicalSpeciesLabel
    1    1  H
    2   19  K
    3   30  Zn
%endblock ChemicalSpeciesLabel

COOP.Write T
#WFS.EnergyMax 10.0 eV
####Diag.ParallelOverK T

# Basis

PAO.EnergyShift        0.137 eV
PAO.BasisSize          DZP
#PAO.BasisType          split
#PAO.SplitNorm         0.150000

LatticeConstant       1.0 Ang  

%block LatticeVectors         
7.612020   0.000000   0.000000
0.000000   7.612020   0.000000
0.000000   0.000000  11.213250
%endblock LatticeVectors

MeshCutoff          100.000000 Ry

xc.functional         GGA           # Exchange-correlation functional
xc.authors            PBE           # Exchange-correlation version

SpinPolarized         False          # Logical parameters are: yes or no

MeshCutoff           150. Ry        # Mesh cutoff. real space mesh

# SCF options
MaxSCFIterations       40           # Maximum number of SCF iter
DM.MixingWeight       0.1           # New DM amount for next SCF cycle
DM.Tolerance          1.d-3         # Tolerance in maximum difference
                                    # between input and output DM
DM.UseSaveDM          true          # to use continuation files
DM.NumberBroyden        3           # Broyden mixing

SolutionMethod        diagon        # OrderN or Diagon
#ElectronicTemperature  25meV       # Temp. for Fermi smearing

# MD options

MD.TypeOfRun           cg           # Type of dynamics:
MD.NumCGsteps           0           # Number of CG steps for

AtomicCoordinatesFormat     Fractional   
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
  0.1242926376500364  0.6242926376500364  0.1617964752489627  1
  0.8757073623499636  0.3757073623499636  0.1617964752489627  1
  0.3757073623499636  0.1242926376500364  0.1617964752489627  1
  0.8757073623499636  0.6242926376500364  0.6617964752489627  1
  0.6242926376500364  0.8757073623499636  0.1617964752489627  1
  0.8757073623499636  0.6242926376500364  0.3382035247510373  1
  0.1242926376500364  0.3757073623499636  0.3382035247510373  1
  0.6242926376500364  0.1242926376500364  0.3382035247510373  1
  0.3757073623499636  0.8757073623499636  0.3382035247510373  1
  0.8757073623499636  0.3757073623499636  0.8382035247510373  1
  0.1242926376500364  0.6242926376500364  0.8382035247510373  1
  0.6242926376500364  0.8757073623499636  0.8382035247510373  1
  0.3757073623499636  0.1242926376500364  0.8382035247510373  1
  0.1242926376500364  0.3757073623499636  0.6617964752489627  1
  0.3757073623499636  0.8757073623499636  0.6617964752489627  1
  0.6242926376500364  0.1242926376500364  0.6617964752489627  1
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000  1
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000  1
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.5000000000000000  1
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.0000000000000000  1
  0.6809470143038610  0.1809470143038610  0.0000000000000000  2
  0.3190529856961390  0.8190529856961390  0.0000000000000000  2
  0.8190529856961390  0.6809470143038610  0.0000000000000000  2
  0.1809470143038610  0.3190529856961390  0.0000000000000000  2
  0.6809470143038610  0.8190529856961390  0.5000000000000000  2
  0.3190529856961390  0.1809470143038610  0.5000000000000000  2
  0.1809470143038610  0.6809470143038610  0.5000000000000000  2
  0.8190529856961390  0.3190529856961390  0.5000000000000000  2
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.2500000000000000  2
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.7500000000000000  2
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.7500000000000000  2
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.2500000000000000  2
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.2500000000000000  3
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.2500000000000000  3
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.7500000000000000  3
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.7500000000000000  3
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
下面是用siesta做的COHP和vasp做的DOS图。

COHP



DOS
回复此楼

» 收录本帖的淘贴专辑推荐

材料相关(第一性vasp等)

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-13 10:25:14
没用过siesta,既然既然能做COHP,一定是原子轨道做基,而VASP是平面波,有差异很正常,主要是能量位置对不上......
建议你DOS也拿SIESTA做,这样就应该对上了
5楼2012-09-12 10:04:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

xyzzz986

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 谢谢提示 2012-09-13 10:25:01
能量0点是否对齐了?
2楼2012-09-11 15:34:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

星愿9997

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xyzzz986 at 2012-09-11 15:34:46
能量0点是否对齐了?

额,可能没有。。怎么设置对齐呢?
3楼2012-09-11 15:45:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

星愿9997

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xyzzz986 at 2012-09-11 15:34:46
能量0点是否对齐了?

还想问一下,我的输入文件其他设置可以吗?
4楼2012-09-11 15:51:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

星愿9997

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by hakuna at 2012-09-12 10:04:59
没用过siesta,既然既然能做COHP,一定是原子轨道做基,而VASP是平面波,有差异很正常,主要是能量位置对不上......
建议你DOS也拿SIESTA做,这样就应该对上了

主要是我文章都是用vasp做的,是审稿人让我补算cohp。我还是想用我原来的数据呢
6楼2012-09-12 10:43:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 星愿9997 at 2012-09-12 10:43:44
主要是我文章都是用vasp做的,是审稿人让我补算cohp。我还是想用我原来的数据呢...

难道审稿人不知道VASP不能算COHP吗?
7楼2012-09-12 10:54:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 星愿9997 at 2012-09-12 10:43:44
主要是我文章都是用vasp做的,是审稿人让我补算cohp。我还是想用我原来的数据呢...

此前德国有个组在弄VASP的COHP,发了一篇文章,将平面波投影到原子轨道上,然后COHP,但结果也不十分理想。
参见:http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp202489s
8楼2012-09-12 10:58:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)

储氢的怎么都喜欢COOP/COHP?有什么特别吗?用VASP的大多就是优化一下结构,然后用其他软件算电子结构
9楼2012-09-12 11:03:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

星愿9997

银虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by hakuna at 2012-09-12 11:03:43
储氢的怎么都喜欢COOP/COHP?有什么特别吗?用VASP的大多就是优化一下结构,然后用其他软件算电子结构

对呀, 我也很郁闷,以前都没听过COHP图的,可是审稿人让做,估计他是做这方面的吧,唉,才只好现学siesta。COHP可能显示成键比较清晰吧。
    用siesta的人太少了,想问一下都没人可以问。
10楼2012-09-12 11:52:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 星愿9997 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 研究生如何快速写出论文,有哪些技巧 +12 friends11231 2018-05-22 12/600 2018-05-26 22:55 by 忽略名字
[公派出国] 合作渠道的现在合作学校那边是不是已经知道csc评审结果了? +11 ann925 2018-05-25 14/700 2018-05-26 21:04 by victory23
[论文投稿] 祈求SCI毕业前接收 +22 西丽mm 2018-05-24 34/1700 2018-05-26 20:59 by frankie1988
[找工作] 北京企业还是上海事业单位 +10 meina2017 2018-05-24 14/700 2018-05-26 20:39 by bys02201
[硕博家园] 提前多久投简历比较好? +5 haxiaohao 2018-05-26 5/250 2018-05-26 18:52 by TY_Xing
[硕博家园] 求自己的科研定位 +6 枫叶qq 2018-05-26 6/300 2018-05-26 16:18 by 坤啊
[论文投稿] 想被推荐几个合适的中文核心期刊 +3 Brising1 2018-05-26 7/350 2018-05-26 15:55 by 15500534066
[基金申请] 预计2018基金公示时间 +9 Cheerfuldeer 2018-05-22 29/1450 2018-05-26 15:23 by honey2016
[硕博家园] 小木虫中英文普刊发表中介靠谱不? +5 小石头KJY 2018-05-25 7/350 2018-05-26 08:52 by filtration
[公派出国] CSC博士联培结果等待中 论坛中所有人都在说V值 不知道大家说的V值是怎么查的 +6 小熊伊人 2018-05-24 13/650 2018-05-25 15:07 by 托尼斯塔克
[公派出国] 小白求问 申请了北美学校的学费现在还没有收到面试通知 是不是凉了? +4 gingerbee 2018-05-25 6/300 2018-05-25 13:47 by llx405
[硕博家园] 明天硕士答辩 +10 ghxbob 2018-05-22 15/750 2018-05-25 10:18 by 中国好学生
[博后之家] 大家是如何协调体育运动和学习的关系的? +7 月有夕 2018-05-23 9/450 2018-05-24 13:31 by 糊涂虫虫+
[基金申请] 有一篇10以上文章的第一通讯 +18 gerald198709 2018-05-20 22/1100 2018-05-24 12:10 by 胡大仙
[考研] 小木虫我要告诉你 +7 二营长是我啊 2018-05-22 7/350 2018-05-24 09:33 by 耿乐乐
[找工作] 被这个学校坑了 +22 zqg4266721 2018-05-20 29/1450 2018-05-24 09:11 by 繁夏
[论文投稿] 投稿到BITE的文章直接被拒 +4 chenx-y 2018-05-23 4/200 2018-05-23 23:12 by 逝水无痕1990
[考博] 考博士别报考南农做生物质的老师 +4 张晓腾58 2018-05-22 5/250 2018-05-22 19:33 by guo854639263
[考博] 社科院在职博士不错 +13 夏天来啦? 2018-05-22 21/1050 2018-05-22 15:47 by 夏天来啦?
[硕博家园] 专硕读博后找工作 +4 sheena.z 2018-05-22 5/250 2018-05-22 10:38 by 15208328714
信息提示
请填处理意见