24小时热门版块排行榜     先丰纳米 买纳米材料就点这里

查看: 800  |  回复: 16

星愿9997

银虫 (小有名气)

[求助] 求助用siesta计算COHP

因为我一直用vasp计算的,只是想用siesta补算COHP性质,所以对siesta这个软件不太了解,诚恳希望大家能够帮忙!
我现在设置基本按照例子中的基本设置设的,COHP是用siesta算完再用mprop这个程序算的。可做出的COHP图和用vasp做的DOS图差太多,根本对不上。。想问问是什么原因。我的输入文件是否有问题。
我的输入文件fdf是:
SystemName       I4/mcm K3ZnH5 GGA   # Descriptive name of the system
SystemLabel            K3ZnH5

# Species and atoms

NumberOfSpecies        3      
NumberOfAtoms          36      
%block ChemicalSpeciesLabel
    1    1  H
    2   19  K
    3   30  Zn
%endblock ChemicalSpeciesLabel

COOP.Write T
#WFS.EnergyMax 10.0 eV
####Diag.ParallelOverK T

# Basis

PAO.EnergyShift        0.137 eV
PAO.BasisSize          DZP
#PAO.BasisType          split
#PAO.SplitNorm         0.150000

LatticeConstant       1.0 Ang  

%block LatticeVectors         
7.612020   0.000000   0.000000
0.000000   7.612020   0.000000
0.000000   0.000000  11.213250
%endblock LatticeVectors

MeshCutoff          100.000000 Ry

xc.functional         GGA           # Exchange-correlation functional
xc.authors            PBE           # Exchange-correlation version

SpinPolarized         False          # Logical parameters are: yes or no

MeshCutoff           150. Ry        # Mesh cutoff. real space mesh

# SCF options
MaxSCFIterations       40           # Maximum number of SCF iter
DM.MixingWeight       0.1           # New DM amount for next SCF cycle
DM.Tolerance          1.d-3         # Tolerance in maximum difference
                                    # between input and output DM
DM.UseSaveDM          true          # to use continuation files
DM.NumberBroyden        3           # Broyden mixing

SolutionMethod        diagon        # OrderN or Diagon
#ElectronicTemperature  25meV       # Temp. for Fermi smearing

# MD options

MD.TypeOfRun           cg           # Type of dynamics:
MD.NumCGsteps           0           # Number of CG steps for

AtomicCoordinatesFormat     Fractional   
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
  0.1242926376500364  0.6242926376500364  0.1617964752489627  1
  0.8757073623499636  0.3757073623499636  0.1617964752489627  1
  0.3757073623499636  0.1242926376500364  0.1617964752489627  1
  0.8757073623499636  0.6242926376500364  0.6617964752489627  1
  0.6242926376500364  0.8757073623499636  0.1617964752489627  1
  0.8757073623499636  0.6242926376500364  0.3382035247510373  1
  0.1242926376500364  0.3757073623499636  0.3382035247510373  1
  0.6242926376500364  0.1242926376500364  0.3382035247510373  1
  0.3757073623499636  0.8757073623499636  0.3382035247510373  1
  0.8757073623499636  0.3757073623499636  0.8382035247510373  1
  0.1242926376500364  0.6242926376500364  0.8382035247510373  1
  0.6242926376500364  0.8757073623499636  0.8382035247510373  1
  0.3757073623499636  0.1242926376500364  0.8382035247510373  1
  0.1242926376500364  0.3757073623499636  0.6617964752489627  1
  0.3757073623499636  0.8757073623499636  0.6617964752489627  1
  0.6242926376500364  0.1242926376500364  0.6617964752489627  1
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.0000000000000000  1
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.5000000000000000  1
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.5000000000000000  1
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.0000000000000000  1
  0.6809470143038610  0.1809470143038610  0.0000000000000000  2
  0.3190529856961390  0.8190529856961390  0.0000000000000000  2
  0.8190529856961390  0.6809470143038610  0.0000000000000000  2
  0.1809470143038610  0.3190529856961390  0.0000000000000000  2
  0.6809470143038610  0.8190529856961390  0.5000000000000000  2
  0.3190529856961390  0.1809470143038610  0.5000000000000000  2
  0.1809470143038610  0.6809470143038610  0.5000000000000000  2
  0.8190529856961390  0.3190529856961390  0.5000000000000000  2
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.2500000000000000  2
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.7500000000000000  2
  0.0000000000000000  0.0000000000000000  0.7500000000000000  2
  0.5000000000000000  0.5000000000000000  0.2500000000000000  2
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.2500000000000000  3
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.2500000000000000  3
  0.0000000000000000  0.5000000000000000  0.7500000000000000  3
  0.5000000000000000  0.0000000000000000  0.7500000000000000  3
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
下面是用siesta做的COHP和vasp做的DOS图。

COHP



DOS
回复此楼

» 收录本帖的淘贴专辑推荐

材料相关(第一性vasp等)

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

hakuna

木虫 (知名作家)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 谢谢交流 2012-09-13 10:25:14
没用过siesta,既然既然能做COHP,一定是原子轨道做基,而VASP是平面波,有差异很正常,主要是能量位置对不上......
建议你DOS也拿SIESTA做,这样就应该对上了
5楼2012-09-12 10:04:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

xyzzz986

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
sunyang1988: 金币+1, 谢谢提示 2012-09-13 10:25:01
能量0点是否对齐了?
2楼2012-09-11 15:34:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

星愿9997

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xyzzz986 at 2012-09-11 15:34:46
能量0点是否对齐了?

额,可能没有。。怎么设置对齐呢?
3楼2012-09-11 15:45:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

星愿9997

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by xyzzz986 at 2012-09-11 15:34:46
能量0点是否对齐了?

还想问一下,我的输入文件其他设置可以吗?
4楼2012-09-11 15:51:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

星愿9997

银虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by hakuna at 2012-09-12 10:04:59
没用过siesta,既然既然能做COHP,一定是原子轨道做基,而VASP是平面波,有差异很正常,主要是能量位置对不上......
建议你DOS也拿SIESTA做,这样就应该对上了

主要是我文章都是用vasp做的,是审稿人让我补算cohp。我还是想用我原来的数据呢
6楼2012-09-12 10:43:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 星愿9997 at 2012-09-12 10:43:44
主要是我文章都是用vasp做的,是审稿人让我补算cohp。我还是想用我原来的数据呢...

难道审稿人不知道VASP不能算COHP吗?
7楼2012-09-12 10:54:45
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 星愿9997 at 2012-09-12 10:43:44
主要是我文章都是用vasp做的,是审稿人让我补算cohp。我还是想用我原来的数据呢...

此前德国有个组在弄VASP的COHP,发了一篇文章,将平面波投影到原子轨道上,然后COHP,但结果也不十分理想。
参见:http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jp202489s
8楼2012-09-12 10:58:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

hakuna

木虫 (知名作家)

储氢的怎么都喜欢COOP/COHP?有什么特别吗?用VASP的大多就是优化一下结构,然后用其他软件算电子结构
9楼2012-09-12 11:03:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

星愿9997

银虫 (小有名气)

引用回帖:
9楼: Originally posted by hakuna at 2012-09-12 11:03:43
储氢的怎么都喜欢COOP/COHP?有什么特别吗?用VASP的大多就是优化一下结构,然后用其他软件算电子结构

对呀, 我也很郁闷,以前都没听过COHP图的,可是审稿人让做,估计他是做这方面的吧,唉,才只好现学siesta。COHP可能显示成键比较清晰吧。
    用siesta的人太少了,想问一下都没人可以问。
10楼2012-09-12 11:52:26
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 星愿9997 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 吐槽一下吧(心平气和地) +19 十九大 2018-08-18 28/1400 2018-08-18 21:10 by shengda1302
[考博] 发邮件给博导,要求到他实验室当面聊下,求支招 +7 jun_ma 2018-08-16 15/750 2018-08-18 20:50 by jun_ma
[教师之家] 西部偏远211or海外博士后 +16 星垂野沃 2018-08-17 28/1400 2018-08-18 10:03 by 星垂野沃
[硕博家园] 怎样委婉地告诉老板不去visit study了 +6 Alessio_Dr 2018-08-17 8/400 2018-08-18 08:11 by meier8
[基金申请] 再也不会把自科基金看的如此神圣了 +7 ymrc 2018-08-17 9/450 2018-08-18 05:54 by 天天向上3035
[基金申请] 没中的,看不见意见吗 +4 54879344 2018-08-17 4/200 2018-08-17 18:55 by hahagirl
[基金申请] 基金委如何挑选评审专家及申请代码、研究方向和关键词的作用 +12 jackyzhai 2018-08-17 15/750 2018-08-17 17:59 by jackyzhai
[考研] 考研想换学校,求助? +4 yw愿望 2018-08-16 5/250 2018-08-17 14:39 by yw愿望
[基金申请] 面上已挂 +22 kaiven52 2018-08-16 38/1900 2018-08-17 09:16 by kaiven52
[基金申请] 系统没变化的,确定没中吧 +13 老地方 2018-08-16 13/650 2018-08-16 20:31 by chenwenlong
[论文投稿] 十几天时间,写一篇一万字的综述,英文的,得怎么写 +24 kellysjdym 2018-08-13 27/1350 2018-08-16 17:53 by 598878157
[基金申请] 漏洞探讨 +52 wildwind168 2018-08-15 85/4250 2018-08-16 16:18 by lengze007
[考研] 普通工作狗,资质平平如果用五年准备考研能考啥学校 +18 萧帅哥 2018-08-12 20/1000 2018-08-16 15:58 by 20707311
[分析] 蒸发光检测器基线不平 +3 小魔女★ 2018-08-15 5/250 2018-08-16 13:58 by zinfly
[基金申请] 明后天将是丰收,还是秋天,秋天是丰收的季节 +4 wangtom 2018-08-15 4/200 2018-08-16 06:37 by sdaucf
[考博] 想去香港读土木工程的博士,求助。 +5 钟小继 2018-08-15 8/400 2018-08-16 02:21 by 木一雪雪
[环境] 活性炭上重金属 (金币+1) +3 xzl2018 2018-08-13 3/150 2018-08-15 21:32 by haoshuoshuo
[复合材料] 怎样把PBT 拉伸强度提高? 5+3 乐随游zjw 2018-08-14 3/150 2018-08-15 14:50 by 多命剪刀角
[基金申请] 今年中基金的国际合作交流有基金项目了么? +32 xmxiaoming 2018-08-14 62/3100 2018-08-14 11:48 by dingdongxiu
[版块工场] 【早起签到贴】2018年8月14日(q q 48626260 进群申请:小木虫——您个人ID) +61 8475 2018-08-14 61/3050 2018-08-14 10:51 by chenhao420
信息提示
请填处理意见