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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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daniell251

木虫 (著名写手)

[求助] 如何做Kohn-Sham orbital energy diagram

请问各位如何能做出如下的图 用Gaussian得到MO的数据后需要自己分析吗 还是有专门的软件来完成这个任务？另外图中 24%Au 之类的代表什么呢 从哪里得来的
图出自Angew. Chem. Int. Ed 2012, 51, 5924
谢谢大家了
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1楼2012-08-25 05:18:15
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
daniell251: 金币+20, ★★★★★最佳答案, Thx. so can you explain more details about threshold 阈值? Thank you again. 2012-08-26 09:54:15
gmy1990: 金币+3 2012-08-26 15:49:23
24%表明整体分子的LUMO轨道有24%是由Me3PAu片段的分子轨道构成的。
可以用收费的AOMix结合Origin做这种图。
不过，使用其它免费的电荷转移分解(CDA)程序，稍加修改，应该也能得到整体分子轨道中片段分子轨道的成份。这样，根据能量高低，把整体分子轨道画在中间位置（画条短横线），把Me3PAu片段的分子轨道画在左边，吲哚的画在右边。若整体分子轨道中片段分子轨道的成份大于一定阈值，就把相应的横线连上。之后再自行标上文字之类，就得到这样的图了
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2楼2012-08-26 05:53:57
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫
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zhou2009: 金币+10 2012-08-26 14:42:29
整体分子轨道对应的图中的横杠，只与对它贡献较大（高于阈值）的片段分子轨道对应的横杠画上连线（有时在连线上直接标出贡献值）。以便于从图上直接看出整体分子轨道是主要由哪些片段分子轨道所贡献的。
由于对整体分子轨道贡献较高的片段分子轨道的数目较少，因此如果阈值设得高，连线数目就会较少。如果阈值低，连线数目自然就会多。如果阈值设成0，那么无论片段分子轨道对整体分子轨道有多少贡献，都会被连上，这样的话图上就会有一大堆连线，非常混乱，根本都看不清主次了。

至于你问Multiwfn能不能做，目前2.5版还不支持，预计会在2.7版支持CDA功能并能直接做这种图。
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3楼2012-08-26 14:34:47
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daniell251

木虫 (著名写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by sobereva at 2012-08-25 18:34:47
整体分子轨道对应的图中的横杠，只与对它贡献较大（高于阈值）的片段分子轨道对应的横杠画上连线（有时在连线上直接标出贡献值）。以便于从图上直接看出整体分子轨道是主要由哪些片段分子轨道所贡献的。
由于对整体 ...

能透露一下什么时候出2.7版吗 很期待啊
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4楼2012-08-27 21:26:31
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sobereva

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4楼: Originally posted by daniell251 at 2012-08-27 21:26:31
能透露一下什么时候出2.7版吗 很期待啊...

这真不好说，我只能说今年内有较多可能能出2.6版，2.7版应该是在2.6版发布后的三个月内出。
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5楼2012-08-27 22:33:32
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daniell251

木虫 (著名写手)
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2楼: Originally posted by sobereva at 2012-08-25 09:53:57
24%表明整体分子的LUMO轨道有24%是由Me3PAu片段的分子轨道构成的。
可以用收费的AOMix结合Origin做这种图。
不过，使用其它免费的电荷转移分解(CDA)程序，稍加修改，应该也能得到整体分子轨道中片段分子轨道的成份 ...

应该是这个帖子的最后一个问题了 这个24% 是从哪个文件里读出呢 是Gaussian的输出文件吗 还是得用AOMix来计算？ 谢谢了
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6楼2012-08-28 10:52:15
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sobereva

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6楼: Originally posted by daniell251 at 2012-08-28 10:52:15
应该是这个帖子的最后一个问题了 这个24% 是从哪个文件里读出呢 是Gaussian的输出文件吗 还是得用AOMix来计算？ 谢谢了...

Gaussian直接输出不了。AOMix可以算，你得提供整体分子的高斯计算输出和片段的高斯计算输出。看看AOMix手册就明白了。
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7楼2012-08-28 14:46:46
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daniell251

木虫 (著名写手)
引用回帖:
7楼: Originally posted by sobereva at 2012-08-27 18:46:46
Gaussian直接输出不了。AOMix可以算，你得提供整体分子的高斯计算输出和片段的高斯计算输出。看看AOMix手册就明白了。...

我从论坛里下了一个AOMix 自己算了一下手册上的例子 BH3CO 在AOMix-FO运行后的输出文件AOMix-MO-FO-alpha.txt中有一些百分数类似于
LUMO+0[#12, 3.161   eV]=  Fr 1: 7.2%L+1 3.0%H-0 1.8%L+2  
Fr 2: 48.6%L+0 S(-0.319 0.242 0.085 ) OP(0.08 -0.10 -0.01 )
       38.0%L+1 S(0.085 -0.061 0.319 ) OP(0.02 -0.02 0.03 )
这是不是指 在BH3CO的LUMO上 片段1贡献了7.2+3.0+1.8=12% 然后片段2贡献了48.6+38=86.6% 是这么理解吧？谢谢啦
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8楼2012-08-28 21:36:57
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sobereva

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8楼: Originally posted by daniell251 at 2012-08-28 21:36:57
我从论坛里下了一个AOMix 自己算了一下手册上的例子 BH3CO 在AOMix-FO运行后的输出文件AOMix-MO-FO-alpha.txt中有一些百分数类似于
LUMO+0=  Fr 1: 7.2%L+1 3.0%H-0 1.8%L+2  
Fr 2: 48.6%L+0 S(-0.319 0.242 0 ...

很久没用AOMix了，细节想不起来了，应该是你说的这样
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9楼2012-08-29 03:58:39
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