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ydxia

铁虫 (小有名气)

[求助] 请教关于materials studio建模和OPLS力场

我打算用Lammps做一些MD模拟,用materials studio建好分子链后,点击cvff力场,MS就会自动为分子链分配势能函数,很方便。但是,我想重复一下别人的文献结果,他们用的是OPLS力场,这个力场在MS里面是没有的,请问我该怎么办呢?先查好相关的力场参数,然后手动输入到data file里面吗?但问题的关键是,我比较了一下cvff和文献中的OPLS对这条分子链的处理,比如atom type,发现OPLS区分得更细致,atom type的个数多,而cvff区分得则比较粗,atom type的个数少,还有像二面角之类的....还有人说需要我自己手动把OPLS的力场加入到MS中,但是这个过程貌似很复杂的样子....
归结一下我的问题:
在MS建模的前提下,如何使用OPLS力场?具体过程是怎么的呢?

谢谢!

[ Last edited by ydxia on 2011-10-21 at 05:20 ]
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043114076

木虫 (正式写手)

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-10-21 18:42:54
你不是用lammps模拟吗, 力场是自己手动输入的. 这个看一下lammps 教程.
MS只是得到初始结构, 不需要指定力场. 而且你指定了力场在lammps 中也不能识别.
2楼2011-10-21 08:33:19
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ydxia

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 043114076 at 2011-10-21 08:33:19:
你不是用lammps模拟吗, 力场是自己手动输入的. 这个看一下lammps 教程.
MS只是得到初始结构, 不需要指定力场. 而且你指定了力场在lammps 中也不能识别.

谢谢你的回复!如果体系中有10000个粒子,那我至少要给每个原子加电荷吧,我要手动加10000次吗,有没有简单些的方法呢?我是菜鸟,别见笑~
3楼2011-10-21 10:40:58
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043114076

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-10-21 18:43:01
ydxia(金币+20): thank you~ 2011-10-21 21:16:28
当然不是了
你有10000个粒子但是原子类型不会有这么多, 一般只要给原子类型定义电荷就行了
我本人使用dlploy的 不过原理都是一样的. 具体的定义看软件手册
4楼2011-10-21 15:58:58
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ydxia

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 043114076 at 2011-10-21 15:58:58:
当然不是了
你有10000个粒子但是原子类型不会有这么多, 一般只要给原子类型定义电荷就行了
我本人使用dlploy的 不过原理都是一样的. 具体的定义看软件手册

非常感谢,我试试
5楼2011-10-21 21:16:47
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ydxia

铁虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 043114076 at 2011-10-21 15:58:58:
当然不是了
你有10000个粒子但是原子类型不会有这么多, 一般只要给原子类型定义电荷就行了
我本人使用dlploy的 不过原理都是一样的. 具体的定义看软件手册

你好,我再问一下,你说的"一般只要给原子类型定义电荷就行了",这个怎么实现的?在lammps下实现还是要自己编程序实现啊?
6楼2011-10-21 22:30:18
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geniusew

金虫 (小有名气)

你好,我也刚学ms,我想问一下,你有没有用ms搞模拟c=s键过,这种c=s键是怎么处理的,好像我原来用compass力场,也要换力场~~谢谢
7楼2011-10-22 13:12:02
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043114076

木虫 (正式写手)


ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-10-23 14:46:47
引用回帖:
6楼: Originally posted by ydxia at 2011-10-21 22:30:18:
你好,我再问一下,你说的"一般只要给原子类型定义电荷就行了",这个怎么实现的?在lammps下实现还是要自己编程序实现啊?

lammps 程序我不熟, 你最好看一下它的manual
8楼2011-10-22 19:25:44
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