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plafalines

捐助贵宾 (小有名气)

[求助] 用tinker的amoeba09力场模拟~~总是提示参数未定义~~~怎么办啊~热切求助

用tinker的amoeba09模拟一个NaCl水溶液体系 总是提示:

Random Number Generator Initialized with SEED :      123456789

MECHANIC  --  Some Required Potential Energy Parameters are Undefined

TINKER is Unable to Continue; Terminating the Current Calculation

xyz文件和key文件见附件

求助各位高手

[ Last edited by plafalines on 2011-5-3 at 22:55 ]
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piaoma

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
plafalines(金币+2): 2011-05-04 22:50:18
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-05-05 12:11:01
据我所知,amoeba是ponder开发的针对水的力场,考虑极化的;这个力场里定义了Na和Cl吗?
2楼2011-05-04 22:20:27
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plafalines

捐助贵宾 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by plafalines at 2011-05-03 13:40:17:
用tinker的amoeba09模拟一个NaCl水溶液体系 总是提示:

Random Number Generator Initialized with SEED :      123456789

MECHANIC  --  Some Required Potential Energy Parameters are Undefined

T ...

定义了啊
3楼2011-05-04 22:47:56
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fcenf

木虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
御剑江湖(金币+5, 模拟EPI+1): 感谢无私回答 2011-07-14 19:57:56
引用回帖:
Originally posted by plafalines at 2011-05-03 13:40:17:
用tinker的amoeba09模拟一个NaCl水溶液体系 总是提示:

Random Number Generator Initialized with SEED :      123456789

MECHANIC  --  Some Required Potential Energy Parameters are Undefined

T ...

你的key文件里只有力场参数,没有动力学计算需要的参数,当然会提示有些参数没有定义啦~
这里有我测试用的key文件。你用时把parameters这行后面的改成你自己装的Tinker中amoeba09力场参数文件的位置。其他参数你改成适合你体系的就行了。


parameters       /opt/tinker/params/amoeba09
verbose
save-velocity
archive


polar-eps        0.01

cutoff           9.0
neighbor-list
list-buffer      0.5

ewald
ewald-cutoff     9.0
pme-grid         19 19 19
pme-order        5
fft-package      fftw

a-axis           19.8647
integrate        verlet
thermostat       berendsen
tau-temperature  0.2
barostat         berendsen
tau-pressure     1.0
compress         0.000046
http://home.ustc.edu.cn/~fucf
4楼2011-07-14 00:00:02
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


★ ★ ★ ★ ★
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-07-23 09:24:51
你这key文件定义了PME,但是4.2版手册67页上说:
EWALD SUMMATION METHODS
TINKER contains a versions of the Ewald summation technique for inclusion of long
range electrostatic interactions via periodic boundaries. The particle mesh Ewald (PME)
method is available for simple charge-charge potentials, while regular Ewald is provided for
polarizable atomic multipole interactions.
即TINKER中PME方法不用于极化力场的静电计算,它只适于固定电荷模型。
5楼2011-07-23 03:43:35
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fcenf

木虫 (初入文坛)

★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+5): 鼓励讨论 2011-07-24 13:21:24
引用回帖:
Originally posted by ChemiAndy at 2011-07-23 03:43:35:
你这key文件定义了PME,但是4.2版手册67页上说:
EWALD SUMMATION METHODS
TINKER contains a versions of the Ewald summation technique for inclusion of long
range electrostatic interactions via perio ...

这个设置PME参数,计算时程序也会根据体系实际的力场形式选择计算方法的,如果对于多偶极势采用Ewald算法,那设置PME参数的参数应该会自动忽略掉~
另外我用的tinker版本是5.0的。我看了下源码,mpole的Ewald算法,其虚空间也是用PME算法处理了,不知道是不是新版本改了~可以看下源码里的 empole1.f 和 pmepol.f
http://home.ustc.edu.cn/~fucf
6楼2011-07-23 20:22:55
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fcenf

木虫 (初入文坛)

★ ★ ★
御剑江湖(金币+3): 谢谢 2011-08-06 09:37:42
引用回帖:
Originally posted by fcenf at 2011-07-23 20:22:55:
这个设置PME参数,计算时程序也会根据体系实际的力场形式选择计算方法的,如果对于多偶极势采用Ewald算法,那设置PME参数的参数应该会自动忽略掉~
另外我用的tinker版本是5.0的。我看了下源码,mpole的Ewald ...

上面的写错了,源码文件应该是 empole.f, induce.f 和 pmepol.f ~~
http://home.ustc.edu.cn/~fucf
7楼2011-07-23 20:29:19
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ChemiAndy

木虫 (正式写手)


恩,你是对的,PME用于从所有点电荷计算当前盒子的周期势场;当有极化的时候,就用Ewald计算多极矩的那部分作用;
8楼2011-08-05 05:04:20
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