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【讨论】请教大家几个问题，一直理解不透
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我想模拟不同温度下ｃｕ 的密度，应该怎么办？ １、边界条件都模拟成 p p p？ 如果那样的话，模拟的box大小是不变的，盒子里的原子个数也是不变的，那密度就应该没什么变化。 2、 这个跟熔化是一样的，但我看见他们用的也是 p p p 3、设成周期性边界后，应该说一个原子超出了一边的边界后就会从另一边进入box，怎么还会lost atom？怎么理解？ 4、我设的 dump 1 all xyz 5 c100.xyz 怎么运行中出现了 ERROR: Atom IDs must be consecutive for dump xyz 什么原因？ 5、在并行计算的时候，怎么知道一个任务适合多少个核才运行最好最有效率？？ 6、怎么设置才能在丢失原子的情况下，能正常运行完模拟的步数。 用 thermo_modify lost ignor ?? 那有的也用了 flush yes 这个flush 有什么用，看说明没看明白 |
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黄随便(金币+4): 2010-12-06 09:46:41
ghcacj(金币+10):谢谢 2010-12-06 12:10:00
黄随便(金币+4): 2010-12-06 09:46:41
ghcacj(金币+10):谢谢 2010-12-06 12:10:00
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字里行间..... 我想模拟不同温度下ｃｕ 的密度，应该怎么办？ １、边界条件都模拟成 p p p？ 如果那样的话，模拟的box大小是不变的，盒子里的原子个数也是不变的，那密度就应该没什么变化。 盒子的大小, 盒子里面原子数目的多少与你的周期性边界条件不冲突的. 盒子是不是可变, 最终模拟盒子里面的原子数目有多少, 和你的系综有关. 2、 这个跟熔化是一样的，但我看见他们用的也是 p p p 同(1), 这个不矛盾. 3、设成周期性边界后，应该说一个原子超出了一边的边界后就会从另一边进入box，怎么还会lost atom？怎么理解？ 如果你的timestep设置得不合适, 或者温度,压力的控制方法不合适, 那么这个是可能的. 4、我设的 dump 1 all xyz 5 c100.xyz 怎么运行中出现了 ERROR: Atom IDs must be consecutive for dump xyz 什么原因？ 这个也是和参数有关, 我也遇到过这个问题. 如果你用NVT, 尝试调节 Tdamp这个参数. 将那个参数调小一些. 5、在并行计算的时候，怎么知道一个任务适合多少个核才运行最好最有效率？？ 这就是为什么有这个单词: benchmark. 在你自己的机器上, 你需要自己找到这个最优并行效率. 6、怎么设置才能在丢失原子的情况下，能正常运行完模拟的步数。 用 thermo_modify lost ignor ?? 那有的也用了 flush yes 这个flush 有什么用，看说明没看明白 丢失原子, 本来就不是很合理了. 还是尽量解决丢失的问题吧. 至于flush, 手册上说得很明白, 很直白了. "The flush keyword invokes a flush operation after thermodynamic info is written to the log file. This insures the output in that file is current (no buffering by the OS), even if LAMMPS halts before the simulation completes." |
2楼2010-12-05 03:17:57
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