荣誉版主 (知名作家)
老和山猥琐派九段
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占位
Vasp做分子动力学的好处,由于vasp是近些年开发的比较成熟的软件,在做电子scf速度方面有较好的优势。
缺点:可选系综太少。
尽管如此,对于大多数有关分子动力学的任务还是可以胜任的。
主要使用的系综是 NVT 和 NVE。
下面我将对主要参数进行介绍!
一般做分子动力学的时候都需要较多原子,一般都超过100个。
当原子数多的时候,k点实际就需要较少了。有的时候用一个k点就行,不过这都需要严格的测试。通常超过200个原子的时候,用一个k点,即Gamma点就可以了。
INCAR:
EDIFF 一般来说,用1E-4 或者1E-5都可以,这个参数只是对第一个离子步的自洽影响大一些,对于长时间的分子动力学的模拟,精度小一点也无所谓,但不能太小。
IBRION=0 分子动力学模拟
IALGO=48 一般用48,对于原子数较多,这个优化方式较好。
NSW=1000 多少个时间步长。
POTIM=3 时间步长,单位fs, 通常1到3.
ISIF=2 计算外界的压力.
NBLOCK= 1 多少个时间步长,写一次CONTCAR,CHG和CHGCAR,PCDAT.
KBLOCK=50 NBLOCK*KBLOCK 个步长写一次 XDATCAR.
ISMEAR=-1 费米迪拉克分布.
SIGMA =0.05 单位:电子伏
NELMIN=8 一般用6到8, 最小的电子scf数.太少的话,收敛的不好.
LREAL=A
APACO=10 径向分布函数距离, 单位是埃.
NPACO=200 径向分布函数插的点数.
LCHARG=F 尽量不写电荷密度,否则CHG文件太大.
TEBEG=300 初始温度.
TEEND=300 终态温度。 不设的话,等于TEBEG.
SMASS -3 NVE ensemble;-1 用来做模拟退火。大于0 NVT 系综。
作者:chuzhaonan
这个要认真学习
作者:wuchenwf
感谢分享
分子动力学模拟的参数可选择性也不小,不要完全被某个INCAR所局限,要明白每个参数是什么意思
作者:study163
这个要看看,不错
作者:spur
感谢分享。问一下楼主:有办法得到体系在某一个方向上(e.g. x, y, z)的径向分布函数吗?另外楼主能不能给大家讲讲SMASS=1,2,3的区别?
[ Last edited by spur on 2009-12-21 at 13:00 ]
作者:xiaowandouer
楼主太无私了,感动ing。。。。。。。。
收藏起来,以备不时之需
作者:wuchenwf
QUOTE:
Originally posted by spur at 2009-12-21 12:58:
感谢分享。问一下楼主:有办法得到体系在某一个方向上(e.g. x, y, z)的径向分布函数吗?另外楼主能不能给大家讲讲SMASS=1,2,3的区别?
[ Last edited by spur on 2009-12-21 at 13:00 ]
这个还真没有听说过,有一个问题是径向分布函数其本身就是一维的物理量
作者:aylayl08
作者:xbelinda
QUOTE:
Originally posted by spur at 2009-12-21 12:58:
感谢分享。问一下楼主:有办法得到体系在某一个方向上(e.g. x, y, z)的径向分布函数吗?另外楼主能不能给大家讲讲SMASS=1,2,3的区别?
[ Last edited by spur on 2009-12-21 at 13:00 ]
SMASS=1,2,3 是没有区别的。都是NVT ensemble。
SMASS只要是大于0就是NVT系综。
另一个问题,我也不会。没用到过。
作者:gavinliu7390
it is worth to learn.
作者:csfn
楼主能否考虑简单介绍下vasp做了md后的主要输出文件(主要结果)分析
[ Last edited by cenwanglai on 2011-2-24 at 10:51 ]
学习了,但是要指出你的一点小错误。
NBLOCK= 1 指的是多少个离子步(时间步长只是对于MD而言,对于其它的计算,NBLOCK也是起控制作用的)写一次XDATCAR
KBLOCK=50 NBLOCK*KBLOCK 个离子步写一次PCDAT.
CONTCAR是每个离子步之后都会写出来的,但是会用新的把老的覆盖
CHG是在每10个离子步写一次,不会覆盖
CHGCAR是在任务正常结束之后才写的。
[ Last edited by cenwanglai on 2011-2-24 at 10:55 ]
原文链接:
感谢xbelinda
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1744011&fpage=0&view=&highlight=&page=1
[ Last edited by cenwanglai on 2011-2-24 at 10:57 ] |
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