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xiaowu787木虫 (正式写手)
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【讨论】lammps-怪异的group温度已有4人参与
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说明一下，双金属体系，时间设为1fs，体系整体从0.05到300K升温，发现group的温度与体系的温度对不上，并且处于模型最外端的group的温度更是异常，比其他group的温度高几十度。 原来不小心把时间步长取为10fs，进行模拟同样的模拟也没有出现类似的问题。并且可以认定的是势函数是可靠的。不知是哪里的问题？ 下面是数据： 时间步长为0.001 单位为metal fix 2 all nvt temp 0.05 300.0 0.05 第一个数是整个体系的温度，后面五个数据分别是五个group的温度（把长方体模型均分为9个部分,取的五个group分别是从模型中心到模型一边的边界---相当于中心对称） 体系温度 group1 group2 group3 group4 group5 0.32223265 0.35672397 0.35130176 0.43155934 0.49054604 0.59470303 14.681225 17.707719 18.038659 19.401222 18.578224 23.696852 17.908917 22.595134 22.381331 22.859198 22.735383 29.888281 21.236465 26.594786 27.373716 27.549981 25.78319 33.537153 24.658653 32.005349 29.70771 29.110636 29.385247 40.579523 28.866911 35.896002 36.528466 36.668734 37.459447 45.291189 33.150806 40.469357 40.669588 40.651187 42.624405 55.096068 38.69363 47.161347 47.656391 48.248048 49.56008 65.557493 43.565413 57.637558 52.837027 55.77367 52.481708 71.654626 295.43779 314.76351 305.85202 324.41969 308.7731 386.26485 299.80219 313.80556 316.32717 320.05518 311.6842 389.04083 [ Last edited by xiaowu787 on 2010-10-31 at 09:16 ] |
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2楼2010-10-30 19:31:54
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3楼2010-10-31 09:28:07
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你的九个部分原子数相等么？ A 如果原子数相等，且温度是对称的，那就意味着九个部分的平均温度都高于总平均温度。这个情况应是不可能出现的。所以温度可能不是对称的。 B 假如你九个部分原子数不相等，则情况比较复杂。 实际上，你在MD当中，分成九个部分，即使原子数相等，且初始结构对称，但你的初速度的方向和大小都是随机的，尤其是元胞中的中间部分经过运动变化后，也不会是完全不偏不倚的，所以温度一般不会完全对称。一边高一边低的可能性不能排除，这与你的边界条件也有关系。 [ Last edited by 老虎大王 on 2010-10-31 at 12:16 ] |
4楼2010-10-31 12:12:26
xiaowu787
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group temp0 region temp0 47528 atoms in group temp0 group temp1 region temp1 47534 atoms in group temp1 group temp2 region temp2 47525 atoms in group temp2 group temp3 region temp3 47518 atoms in group temp3 group temp4 region temp4 48582 atoms in group temp4 谢谢您的答复，现在还有一点不明白，温度不是统计平均值吗？为什么还与group原子数目有关？希望您能再指点一下？ |
5楼2010-11-02 17:44:29
老虎大王
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我的意思不是说温度与原子数目有关，而是当你考虑总平均温度（即所有原子的总动能对总原子数的商 Ek(tot)/N），与各部分平均温度的平均（1/9*(Ek1/N1+Ek2/N2+...)），它们两个之间的关系时，这个关系（是相等，还是大于，还是小于，这个应该是与各部分原子数是否相等有关的 （上述两式是个大致的意思，不是温度的确切表达，没有写上有关的系数） 总之我基本上断定你两边的温度不会是对称的。 [ Last edited by 老虎大王 on 2010-11-2 at 19:32 ] |
6楼2010-11-02 19:23:22
xiaowu787
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模型结构本来是均匀的，不过分成九个部分时人为造成group原子数目的不同，原来想当然的认为各部分动能平均是一样，那么温度也应该一样。 下面是分为7个部分（模型小了一些）的结果（注：时间步长不小心设成了10fs--主要区别) group temp0 region temp0 55180 atoms in group temp group temp1 region temp1 55177 atoms in group temp1 group temp2 region temp2 55124 atoms in group temp2 group temp3 region temp3 56290 atoms in group temp3 可惜没有记录之前的，第一行数据是在300K下驰豫后的结果，温度倒是没有表现出很大的波动 体系温度 group1 group2 group3 group4 300.69665 302.18029 301.84022 301.07516 298.5104 313.3621 393.59714 302.1085 300.1085 297.70397 334.20323 497.64952 306.07788 300.52586 298.067 359.62189 603.66492 316.23812 303.46189 298.99988 387.76138 707.79523 330.64041 304.5327 299.22969 417.99158 816.07707 349.605 311.21851 301.95479 450.30771 918.12848 372.49825 318.89365 306.08764 483.03501 1026.523 397.37457 328.27153 307.04527 517.06064 1128.7104 426.83542 338.56959 311.56416 553.46222 1235.7885 455.4556 352.70137 320.88119 590.08605 1335.7681 488.29725 366.44313 327.79355 627.75478 1448.4179 520.09948 386.86076 336.64048 667.25754 1549.6889 551.42325 402.66075 347.6617 707.2067 1653.0293 578.8763 420.80881 360.50564 748.4945 1769.3749 617.00291 442.83465 374.4264 788.56642 1877.2389 658.98013 461.85488 390.24975 [ Last edited by xiaowu787 on 2010-11-2 at 22:32 ] |
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