应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜     石溪大学接受考研调剂申请>

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】分子对接，却找不到对接位点，为何呢？
【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
241/3返回列表123下一页
查看: 4104  |  回复: 23
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

arong9368

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】分子对接，却找不到对接位点，为何呢？已有2人参与

有没有人用DS的 CDOCKER模块分子对接呢？最近我在实验的一些黄酮类小分子与一种酶进行分子对接，却怎么也找不到对接位点，请问高人，这问题出在哪呢？
回复此楼

» 收录本帖的淘贴专辑推荐

分子对接问题锦集 蛋白模拟与改造

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
想自己所想，做自己该做！知道满足，学会放弃！不再拖延……
1楼2010-09-22 09:47:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

笨笨春夏秋冬

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★
arong9368(金币+1): 谢谢参与
zh1987hs: 金币+2, 谢谢 2013-03-03 09:21:14
一个方法你可以试试，先把这种酶和其他配体的结晶复合物下载下来，用sybyl打开，再定义配体所在位置为活性位点，然后将配体从复合物中拿出来，这样活性位点就找到了
赞一下(2人) 回复此楼
科研能够开心吗？
20楼2013-02-27 21:51:11
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-09-29 10:25:20
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-25 20:03:05:

楼上的回答让我觉得孤陋寡闻了~一直以为GOLD是CCDC的~DS的是CDOCKER和zdock以及ligandfit.....

楼主的问题不在软件上，而在于你对你的体系不是太了解：
1. 你的酶是否确定能和黄酮类物质结合~不能结合的话就不要谈活性位点了
2. 有没有相关文献报道类似的酶和黄酮类物质的结合？别人提及的活性位点为何？
3. 有没有相关文献报道这类酶结合其它底物的活性位点？这也可以作为参考
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2010-09-25 20:58:35
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★ ★ ★
arong9368(金币+5): 2010-09-26 11:31:33
ghcacj(金币+4):谢谢 2010-09-29 10:25:32
引用回帖:
Originally posted by arong9368 at 2010-09-25 22:54:45:

谢谢你，回答的真细心。我查过了，没有找到相关的文章，但是老师让我分析0pose的原因，我刚接触，怎么整也没整明白，所以就上来求助了。我想问一下，你觉不觉的DS好像比较适合那种具有球形的结合空腔的蛋白质的 ...

呵呵~就是个人的一点意见而已，如果有条件的话
1利用实验验证黄酮类物质能否与酶反应.
2.如果你不确定酶的结合位点，你可以利用诸如Autodock和MVD之类的软件，将对接区域设定成整个蛋白，然后查看对接后的构象.
3.如果你的底物结构是自己绘制的，可以在PRODRG或是CHEM3D中优化一下.
赞一下(2人) 回复此楼
10楼2010-09-26 07:38:41
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

britney137803

至尊木虫 (著名写手)
★ ★
arong9368(金币+1):谢谢参与
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-09-26 19:35:55
又见ZH，不过分析的真是很细
我也劝楼主先证明可以结合
对接只是一种验证手段，不能拿对接的结果当你的实验结果
赞一下(3人) 回复此楼
14楼2010-09-26 12:47:28
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

iovvoi

金虫 (小有名气)
★
arong9368(金币+1): 谢谢参与
1，先看一下配体是否进行能量最小化，结构是否合理？
2，是否受体和配体都添加立场
3，是否产生多构象
赞一下(1人) 回复此楼
21楼2013-03-14 15:35:26
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

arong9368

金虫 (正式写手)
没人回答呢，沉下去了？自己顶起来！
赞一下 回复此楼
想自己所想，做自己该做！知道满足，学会放弃！不再拖延……
2楼2010-09-25 12:17:34
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ts2009

木虫 (著名写手)

无业游民
★ ★
arong9368(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢 2010-09-25 16:20:43
arong9368(金币+1):谢谢你，第一个帮我顶起帖子的 2010-09-26 11:36:04
你确定此种酶和黄酮类小分子能够作用的么？，可以的话肯定能找到活性口袋进行相互对接的。再试试吧
赞一下(2人) 回复此楼
√：寂寞无边蔓延,触到无边伤感!
3楼2010-09-25 14:49:49
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nh13

木虫 (正式写手)
★ ★
arong9368(金币+1):谢谢参与
zh1987hs(金币+1):谢谢~ 2010-09-25 19:50:47
用DS里面的Gold试试，精度高些。
赞一下(2人) 回复此楼
4楼2010-09-25 16:31:26
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zh1987hs

金虫 (著名写手)

分子模拟新手
★ ★
arong9368(金币+1):谢谢参与
arong9368(金币+3):你比较熟悉这个软件吧，能否帮我分析下状况出在哪里，该怎么弄呢？谢谢谢谢谢 2010-09-25 20:42:56
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-09-29 10:25:11
引用回帖:
Originally posted by nh13 at 2010-09-25 16:31:26:
用DS里面的Gold试试，精度高些。

楼上的回答让我觉得孤陋寡闻了~一直以为GOLD是CCDC的~DS的是CDOCKER和zdock以及ligandfit.....
赞一下(2人) 回复此楼
5楼2010-09-25 20:03:05
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

arong9368

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-25 20:58:35:

楼主的问题不在软件上，而在于你对你的体系不是太了解：
1. 你的酶是否确定能和黄酮类物质结合~不能结合的话就不要谈活性位点了
2. 有没有相关文献报道类似的酶和黄酮类物质的结合？别人提及的活性位点为何？ ...

谢谢你，回答的真细心。我查过了，没有找到相关的文章，但是老师让我分析0pose的原因，我刚接触，怎么整也没整明白，所以就上来求助了。我想问一下，你觉不觉的DS好像比较适合那种具有球形的结合空腔的蛋白质的分子对接呢？
赞一下 回复此楼
想自己所想，做自己该做！知道满足，学会放弃！不再拖延……
7楼2010-09-25 22:54:45
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★
arong9368(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
Originally posted by zh1987hs at 2010-09-25 20:58:35:

楼主的问题不在软件上，而在于你对你的体系不是太了解：
1. 你的酶是否确定能和黄酮类物质结合~不能结合的话就不要谈活性位点了
2. 有没有相关文献报道类似的酶和黄酮类物质的结合？别人提及的活性位点为何？ ...

嗯，考虑的很细。赞一个。
赞一下(1人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
8楼2010-09-25 23:05:53
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zhzimi_2007

木虫 (职业作家)
★
arong9368(金币+1):谢谢参与
帮顶！！
回复此楼
9楼2010-09-25 23:11:50
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 arong9368 的主题更新
241/3返回列表123下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件) 先丰纳米推出定制服务，满足个性化材料需求
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 材料与化工284求调剂 +20 冰沙糕 2024-04-09 23/1150 2024-04-16 11:36 by 华北刘兵
[考研] 广州大学光电信息工程专业调剂，招收物理学专业学生 +5 txhx4010 2024-04-14 7/350 2024-04-16 10:52 by domax
[基金申请] 今年面上增加了49%。这个问题怎么解决？ +13 nxdaiSCAU 2024-04-09 15/750 2024-04-16 10:40 by wolfgangHugh
[考研] 352求调剂 +6 歪比歪比888 2024-04-10 6/300 2024-04-15 23:05 by 可怜下孩子吧
[考研] 329求调剂 +18 王郁洁哈哈哈 2024-04-14 26/1300 2024-04-15 19:10 by mumin1990
[论文投稿] with efitor 越久是不是越容易拒稿。我的已经一个多月了 +5 lizhengke06 2024-04-14 5/250 2024-04-15 18:33 by jonewore
[考研] 347求调剂 +4 安谷先生 2024-04-15 4/200 2024-04-15 18:27 by huao连
[考研] 275求调剂 +7 调剂0856 2024-04-14 9/450 2024-04-15 13:09 by complicat
[考研] 300求调剂 +5 @Xqy668800 2024-04-14 6/300 2024-04-14 23:03 by lincunhui
[考博] 24申博-一篇AEM一作，一篇二作求带走 +3 与光共尘 2024-04-10 5/250 2024-04-14 10:36 by -王阿伟
[考研] 338求调剂 +3 18280338551 2024-04-14 5/250 2024-04-14 10:03 by tcni
[考研] 材料与化工293求调剂本科211 +19 清梅雪霁 2024-04-10 22/1100 2024-04-13 15:42 by jiangnanhero
[考博] 博士申请 +3 今年求上岸 2024-04-09 3/150 2024-04-12 16:14 by 北大王晓鹏
[考研] 272求调剂 +4 24考研要上岸 2024-04-10 9/450 2024-04-11 22:06 by 狗多米
[考研] 327求调剂 +5 某十七 2024-04-11 5/250 2024-04-11 18:48 by shangxh
[考研] 085600 材料与化工 求调剂 总分 310 +22 a1845052693 2024-04-10 24/1200 2024-04-11 11:12 by houyaoxu
[考研] 第二轮调剂招收08工科-生物与医药，名额充足，江西科技师范大学 +8 许某人呀 2024-04-10 10/500 2024-04-11 10:11 by 许某人呀
[硕博家园] 导师选择 +3 任晓霖 2024-04-10 3/150 2024-04-10 21:32 by 欢乐颂叶蓁
[考研] 273求调剂 +6 Shihouei 2024-04-10 6/300 2024-04-10 21:13 by a370226218
[考研] 306求调剂 +5 inno08 2024-04-09 5/250 2024-04-09 17:38 by wxg...
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭