应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜     石溪大学接受考研调剂申请>

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » 【求助】高人指点DS2.5CDOCKER
【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
141/2返回列表12下一页
查看: 2041  |  回复: 13
只看楼主@他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

asd1zxc

金虫 (正式写手)

[交流] 【求助】高人指点DS2.5CDOCKER已有3人参与

我在做CDOCKER分子对接，总感觉结果中的10个poses奇奇怪怪的，肯定不是优势构想，请问在做对接之前，小分子除了加氢之外还要经过其他手段处理啊？  请解释一下，小弟菜鸟。
回复此楼

» 收录本帖的淘贴专辑推荐

Discovery Studio 常见问题及使用教程 分子对接问题锦集

» 本帖已获得的红花（最新10朵）

你为什么这牛

» 猜你喜欢

» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼2010-08-18 15:43:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

克罗米虎

金虫 (小有名气)
★
ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-18 18:20:24
asd1zxc(金币+1):谢谢了，能详细点吗 2010-08-18 19:52:39
还可以Energy Minimize一下~
赞一下(1人) 回复此楼
专业的计算模拟服务：http://www.wecomput.com
2楼2010-08-18 16:01:28
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asd1zxc

金虫 (正式写手)
^^
3楼2010-08-19 09:44:18
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asd1zxc

金虫 (正式写手)
大家帮帮忙啦，小弟菜鸟，指导一下
赞一下 回复此楼
4楼2010-08-19 15:29:12
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asd1zxc

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 克罗米虎 at 2010-08-18 16:01:28:
还可以Energy Minimize一下~

请问用哪个protocol进行Energy Minimize啊，谢谢了，是不是prepare ligands啊？
赞一下 回复此楼
5楼2010-08-19 15:30:30
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tjegg

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★
asd1zxc(金币+2): 2010-08-19 15:47:13
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-19 16:28:21
引用回帖:
Originally posted by asd1zxc at 2010-08-18 15:43:46:
我在做CDOCKER分子对接，总感觉结果中的10个poses奇奇怪怪的，肯定不是优势构想，请问在做对接之前，小分子除了加氢之外还要经过其他手段处理啊？  请解释一下，小弟菜鸟。

要做的工作：加氢，加力场，附电荷，简单500-1000部的优化。
赞一下(1人) 回复此楼
除了你的亲人，没有人应该对你好，对你好的人，一定要珍惜。
6楼2010-08-19 15:42:36
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

asd1zxc

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by tjegg at 2010-08-19 15:42:36:

要做的工作：加氢，加力场，附电荷，简单500-1000部的优化。

500-1000步优化怎么做？
赞一下 回复此楼
7楼2010-08-19 15:47:03
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ostril

金虫 (正式写手)
★ ★ ★
asd1zxc(金币+5):非常感谢，你真是热心的人啊，这方面好多都不懂，一头雾水，大哥能介绍个好的学习方法吗，分子模拟论坛的人太少了，发了帖子都没人理 2010-08-19 22:55:04
ghcacj(金币+3):谢谢 2010-08-20 14:58:00
其实画完后直接加立场就可以，在加力场同时就会加氢了，然后在simulation里有minimization,设置为2000步， 0.05步长优化一下，基本就可以了.
另外，活性位点的球半径要设置适合你的化合物，太小或者太大对于你最后的结果也是有影响的。 希望对你有点帮助。
赞一下(1人) 回复此楼
8楼2010-08-19 22:10:01
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ostril

金虫 (正式写手)
★ ★
ghcacj(金币+2):谢谢 2010-08-20 14:58:07
asd1zxc(金币+2): 2010-08-21 11:03:26
其实很多问题特别是比较初级的问题，你利用help里的手册都可以解决的。多练习多看help，相信你很快就可以脱离菜鸟行列
赞一下(1人) 回复此楼
9楼2010-08-20 14:46:26
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

chemozhang

木虫 (正式写手)
帖子真精彩!
已经收录到淘贴专辑《Discovery Studio 常见问题及使用教程》
赞一下 回复此楼
故地如重游月圆更寂寞
10楼2011-09-05 20:16:56
 已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 asd1zxc 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复(可上传附件) 论文翻译-EnPapers美助理教授团队-SCI英文润色
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[博后之家] 博后换方向可行吗？ +3 越越不暴躁 2024-04-15 3/150 2024-04-18 10:58 by ciompman
[找工作] 家乡二本高校/沿海传统私企，如何抉择？ 10+4 化学巷 2024-04-15 12/600 2024-04-18 10:51 by sayuri0712
[考研] 298求调剂 +5 孙大大@ 2024-04-17 5/250 2024-04-18 10:21 by 648590014
[博后之家] 博后进站年龄可以超过35岁？ +8 suesong0818 2024-04-14 8/400 2024-04-18 08:38 by charles-c
[基金申请] 颜宁：基础研究应该“立地”,即从需求端作为问题的出发点，立项背景就是面向真实需求 +12 zju2000 2024-04-16 15/750 2024-04-17 22:29 by margaretphd
[无机/物化] H3PO2在130度附近分解为磷化氢（剧毒），怎样防护，求指点。 1(金币+5) +3 大力2010 2024-04-13 9/450 2024-04-17 21:55 by 大力2010
[教师之家] 调动考察遇到问题。 +7 ZHONGWU_U 2024-04-12 9/450 2024-04-17 15:00 by shl2112501
[考博] 25年申博求助，射频方向 +4 SherlockAH 2024-04-15 10/500 2024-04-16 18:06 by ljysudaee
[考研] 广州大学光电信息工程专业调剂，招收物理学专业学生 +5 txhx4010 2024-04-14 7/350 2024-04-16 10:52 by domax
[考研] 306求调剂 +15 上岸有缘人 2024-04-12 16/800 2024-04-15 18:25 by huao连
[考研] 322求调剂 +6 本己上岸 2024-04-15 7/350 2024-04-15 14:19 by mthwyj
[论文投稿] Journal of The Science of Food and Agriculture投稿遇到格式问题 5+3 tongtongco 2024-04-12 3/150 2024-04-15 09:19 by shuoyi
[考研] 化学、材料类最后调剂机会！！！ +3 加油努力就好 2024-04-14 10/500 2024-04-15 09:05 by 任pen
[考研] 一志愿厦门大学329分材料工程专硕求调剂 +10 Kaylawander 2024-04-13 11/550 2024-04-14 22:39 by liu823948201
[考研] 309求调剂 +3 留不住放不下 2024-04-14 6/300 2024-04-14 15:28 by 19902169
[考研] 求调剂 +3 y1234567890. 2024-04-12 4/200 2024-04-13 11:24 by y1234567890.
[考博] 现在申博很晚了吗 +3 熙风慕寒 2024-04-13 3/150 2024-04-13 11:08 by Nanamiwww
[硕博家园] 生物炭采购 +3 锦鲤附体@ 2024-04-12 3/150 2024-04-12 22:10 by Danny614
[考研] 343求调剂 +3 好好爱蓝宝 2024-04-12 3/150 2024-04-12 16:44 by 阿杰鲁呀
[考研] 材料与化工求调剂 5+4 矢志不渝上岸 2024-04-11 21/1050 2024-04-12 15:57 by 刻记牛杂
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭