【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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2274162

捐助贵宾 (著名写手)

[交流] 【求助】请求帮助:测得一个晶体数据有这么多错误!怎么办?

测得一个晶体数据有这么多错误:
8 个 A    1 个B   10个 C    5 个G
这样的数据还能不能发表?
怎么才能把8 个 A类错误解决。

Alert level A
SYMMG01_ALERT_1_A          Unrecognised _symmetry_space_group_name_H-M
            International Tables space group number is not in the CIF
           From the CIF: _symmetry_space_group_name_H-M      P(-1)
           Int. Tables space group number for P(-1) is   0
SYMMG02_ALERT_1_A        Supplied _symmetry_space_group_name_H-M not recognised
           From the CIF: _symmetry_equiv_pos_as_xyz
                                             x, y, z
                                             -x, -y, -z
           These symops generate the Hall space group symbol   -p_1
            which is equivalent to the H-M space group symbol  p_-1
PLAT417_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-D       H1     ..  H2B     ..       1.36 Ang.
PLAT431_ALERT_2_A Short Inter HL..A Contact  Cl1    ..  O4      ..       2.32 Ang.
PLAT431_ALERT_2_A Short Inter HL..A Contact  Cl1    ..  O6      ..       2.46 Ang.
PLAT093_ALERT_1_A No su's on H-atoms, but refinement reported as .      mixed     
PLAT761_ALERT_1_A CIF Contains no X-H Bonds ......................          ?
PLAT762_ALERT_1_A CIF Contains no X-Y-H or H-Y-H Angles ..........          ?

[ Last edited by 2274162 on 2010-8-16 at 16:10 ]
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novelname

木虫 (正式写手)

2274162(金币+5):谢谢,怎么修改? 2010-08-16 17:30:07
问题不是很大的 有些不需要理会的
有些还是要修改一下cif文件的
2楼2010-08-16 16:24:37
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linhua0402313

版主 (文坛精英)

★ ★
eeqeeq0002(金币+2):谢谢 参与 2010-08-17 08:14:58
2274162(金币+3):谢谢帮助 2010-08-18 08:12:14
首先你要确定下你的结构解析是不是已经是合理的,比如空间群是不是正确的,可以用platon检查下,还有就是所有指标是不是达到一般基本的要求了,比如漂移值是不是为0了,数据是否收敛,还有R1,WR2值等等参数,从你的错误看,好像是结构还没有解析清楚,这样check出来的结果是没有意义的
身在高山独抚琴,心随流水会知音
3楼2010-08-16 19:12:51
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fmopily

铁杆木虫 (正式写手)

★ ★
eeqeeq0002(金币+2):谢谢 参与 2010-08-17 08:15:10
2274162(金币+5):很有道理,能否帮我解析一下,消息告我你的联系方式! 2010-08-18 08:13:56
2274162(金币+6):谢谢。辛苦你了。 2010-08-26 09:53:12
这些错误都可以解决,并且不难
第1和2 个问题  把_symmetry_space_group_name_H-M中的 P(-1)  改为 'P -1'
第3个问题  H2B上的氢加的不对,删除重新加氢
第4,5个问题没有关系,结构中本来就存在Cl .. O Short Inter Contact
第6个问题   把_refine_ls_hydrogen_treatment    mixed 改为  constr
第7和8个问题   把ins文件中的 BOND  改为 BOND $H,再精修一次重新得到新的cif就解决了。
4楼2010-08-16 19:46:49
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jiangqibai

木虫 (正式写手)

看你的a类错误觉得你解的差不多了 都是小问题

2274162(金币+1):谢谢 2010-08-18 08:14:07
看你的a类错误觉得你解的差不多了 都是小问题
5楼2010-08-16 20:08:06
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