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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

[交流] 【讨论】读懂split_dos，学会linux shell编脚本处理数据

下面是处理VASP输出数据得到态密度的脚本文件split_dos,与它配合的vp没有贴出来。学习vasp如果会一些shell编程，对vasp的运用会更灵活方便。这个程序听说比较老，有些问题，不能直接用来处理vasp4.6及以上版本的数据，也不能处理f电子。有兴趣的可以关注一下，看看语法本身，或者提出修改意见，都有BB鼓励。
:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D:D


#!/bin/ksh


# Script to break the VASP DOSCAR file into segments for
# each atomic site.
# JMS NRL 5/0/02

# Modified to also align the Fermi level from the ground state
# to E=0.0
# JMS NRL 6/19/02


# Executables reside here
BIN=~/bin                      #把这里修改为vp保存的路径。然后把split_dos的路径添加到PATH中。


if [ $# -ne 0 ]; then       #直接在shell提示符下输入split_dos运行，否则提醒Usage: split_dos,返回信息2.
        echo "Usage: split_dos"
        exit 2
fi

# Script to split the DOSCAR file into the atomic
# projections labeled by atom number
dosfile=DOSCAR
outfile=OUTCAR
infile=INCAR


# Token for splitting the files
token=$(sed -n '6 p' $dosfile | awk '{print $1}')   #这个token后面好像没有用到，有什么用呢？

# Number of points
nl=$(sed -n '6 p' $dosfile | awk '{print $3}')

# Number of atoms
natom=$(sed -n '1 p' $dosfile | awk '{print $1}')


# Get the Fermi level if the OUTCAR file is present,
# else we set it to zero.
if [ -a $outfile ]; then
    echo "The" $outfile "exists, we use it to get the Fermi level,"
    echo "the RWIGS tag and the number of spins."
    efermi=$(grep "E-fermi" $outfile | tail -1 | awk '{print $3}')
    echo "Fermi level:" $efermi
    nspin=$(grep "ISPIN" $outfile | tail -1 | awk '{print $3}')
    if [ $nspin -eq 2 ]; then
        echo "Spin polarized calculation"
    else
        echo "Unpolarized calculation"
    fi

# 2.a
# JMS 2/3/03 Modified to accept specification by LORBIT token.
#
    lorbit=$(grep "LORBIT" $outfile | tail -1 | awk '{print $3}')
    if [ $lorbit -ge 10 ]; then
        echo "LORBIT > 10"
        echo "WARNING: not completely test for vasp.4.*"
        echo "Use at your own risk. Please check results for consistency."
        form=1
    else
# 2.a
        rwigs=$(grep "RWIGS" $outfile | tail -1 | awk '{print $3}' | sed 's/\.//g')
        if [ $rwigs -eq -100 ]; then
            echo "RWIGS token not set"
            form=0
        else
            echo "RWIGS token set"
            form=1
        fi
# 2.a
    fi
# 2.a

else
    echo "The" $outfile "does not exist, we set the Fermi level to 0"
    echo "assume an unpolarized calculation, and RWIGS not set"
    form=0
    nspin=1
    efermi=0.0
fi

# If the outcar file is not present and you wish to set something by hand
# you should do it here. Uncomment the tokens below and set them by hand.

#efermi=2.255
#form=
#nspin=

# Get the atomic coordinates
$BIN/vp >| tmp.dat
tail -$natom tmp.dat | awk '{printf "%s %12.8f %12.8f %12.8f \n", "#", $2, $3, $4}' >| tmp.dat2

# Total is first DOS
if [ $form -eq 0 ]; then   #这个很怪，为什么不直接i=0呢？
i=0
else
i=0
fi               

start=7
end=$((start+nl-1))
#echo $start $end
#exit 0
rm -f DOS0
if [ $form -eq 1 ]; then

    while [ $i -le $natom ]; do

            #echo $i $start $end

        if [ $i -gt 0 ]; then
            sed -n ''$i' p' tmp.dat2 >| DOS$i #读入对应原子位置坐标到DOSi第一行
        fi

        if [ $i -gt 0 ]; then

# Atomic projected DOS
            if [ $nspin -eq 2 ]; then
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5, $6, -1*$7}' >> DOS$i
            else
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3, $4 }' >> DOS$i
            fi               

        else

# Total DOS
            if [ $nspin -eq 2 ]; then
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5 }' >> DOS$i
            else
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3 }' >> DOS$i
            fi

        fi

        start=$((end+2))
        end=$((start+nl-1))
        i=$((i+1))
    done

else

    while [ $i -le 0 ]; do    #这个奇怪，为什么要讨论i<0呢？不是只需考虑i>=0吗？前面已经全部包含了的呀？

            #echo $i $start $end

        if [ $i -gt 0 ]; then
            sed -n ''$i' p' tmp.dat2 >| DOS$i
        fi

        if [ $i -gt 0 ]; then

# Atomic projected DOS
            if [ $nspin -eq 2 ]; then
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5, $6, -1*$7}' >> DOS$i
            else
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3, $4 }' >> DOS$i
            fi               

        else

# Total DOS
            if [ $nspin -eq 2 ]; then
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5 }' >> DOS$i
            else
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3 }' >> DOS$i
            fi

        fi

        start=$((end+2))
        end=$((start+nl-1))
        i=$((i+1))
    done

fi

exit 0

[ Last edited by cenwanglai on 2010-8-13 at 20:30 ]
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1楼2010-08-13 19:18:07
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bingmou

金虫 (著名写手)
★ ★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1):谢谢交流 2010-09-23 12:01:20
cenwanglai(金币+5):看看先，呵呵。谢谢分享！ 2010-09-24 09:39:44
cenwanglai(金币+2):谢谢回复！ 2010-09-29 11:13:12
我的输入法不是很好所以经常有错别字，抱歉，发现请告知


下面开始了：
#!/bin/ksh
#ksh是linux下面的一种shell，指定shell类型。另一个常用的shell是bash。有些系统默认是bash而没有安装ksh，运行这个脚本就会出错。


# Script to break the VASP DOSCAR file into segments for
# each atomic site.
# JMS NRL 5/0/02

# Modified to also align the Fermi level from the ground state
# to E=0.0
# JMS NRL 6/19/02
#注释信息。split_dos是JMS NRL发布的处理VASP输入输出文件的脚本包中的一个。

# Executables reside here
#BIN=~/bin
#这里可以通过设置执行文件的位置，也可以设置PATH环境变量，例如：
#export PATH=$PATH: (vp和split_dos所在的文件夹)
# GH: replace this so that it looks for vp in the same directory as this script
EXE=$0
#$0即这个脚本split_dos，是完整路径
BIN=${EXE%/*}
#变量替换，获得split_dos所在的文件夹。%表示从后往前处理字符串EXE,删除匹配"/*"正则表达式的部分,在bash下面试试你就知道了。

if [ $# -ne 0 ]; then
        echo "Usage: split_dos"
        exit 2
fi
#$#表示跟在split_dos的参数个数。split_dos是不带参数的，所以如果$#!=0说明输入错误，停止程序。

# Script to split the DOSCAR file into the atomic
# projections labeled by atom number
dosfile=DOSCAR
outfile=OUTCAR
infile=INCAR
#定义输入文件


# Token for splitting the files
token=$(sed -n '6 p' $dosfile | awk '{print $1}')
#这样得到的是DOSCAR中的最高能量值
#|是管道，把左边的命令的输出输出给右边的命令作为输入。
#sed的作用是输入第六行，p表示答应,-n选项是不输出其他行（默认会打印整个文件）。
#awk就是把文件分割成很多列，$1表示第一列，print就是输出第一列。可以通过数学表达式对输出的列进行计算，例如:print $1^2，表示输出平方。
#sed 和awk是很强大的文本和字符串处理工具，功能没有perl强大但是方便快捷，适合在shellscript中用。强烈建议学习一下基本用法。

# Number of points
nl=$(sed -n '6 p' $dosfile | awk '{print $3}')
#得到DOSCAR中的分立能量值，即最高到最低中多少个能量，也就是有多少行要处理。

# Number of atoms
natom=$(sed -n '1 p' $dosfile | awk '{print $1}')
#原子个数，最后会得到多少DOS文件取决于这个数。

# Get the Fermi level if the OUTCAR file is present,
# else we set it to zero.
if [ -a $outfile ]; then
#如果存在OUTCAR，如下处理
    echo "The" $outfile "exists, we use it to get the Fermi level,"
    echo "the RWIGS tag and the number of spins."
    efermi=$(grep "E-fermi" $outfile | tail -1 | awk '{print $3}')
#获取Fermi能
#grep是一个基本而强大的搜索文本的工具（不是shell自带），可以输出文本中匹配正则表达式的行。
#tail表示输出文件的末尾。-1表示最后一行，-10就表示最后10行（默认）。
    echo "Fermi level:" $efermi
    nspin=$(grep "ISPIN" $outfile | tail -1 | awk '{print $3}')
#判断是否有自旋
    if [ $nspin -eq 2 ]; then
        echo "Spin polarized calculation"
    else
        echo "Unpolarized calculation"
    fi

# 2.a
# JMS 2/3/03 Modified to accept specification by LORBIT token.
#
    lorbit=$(grep "LORBIT" $outfile | tail -1 | awk '{print $3}')
#获取LORBIT的值
    if [ $lorbit -eq 10 ]; then
        echo "LORBIT = 10"
        echo "WARNING: not completely test for vasp.4.*"
        echo "Use at your own risk. Please check results for consistency."
        form=1
    elif [ $lorbit -eq 11 ];then
        echo "LORBIT = 11"
        echo "WARNING: not completely test for vasp.4.*"
        echo "Use at your own risk. Please check results for consistency."
        form=2
    else
#不同的LORBIT采用不同的处理,有form这个变量标志。
# 2.a
    rwigs=$(grep "RWIGS" $outfile | tail -1 | awk '{print $3}' | sed 's/\.//g')
#获取所谓的wig半径
        if [ $rwigs -eq -100 ]; then
            echo "RWIGS token not set"
            form=0
        else
            echo "RWIGS token set"
            form=1
        fi
    fi
# 2.a

else
#如果没有OUTCAR，那就自己设置一些参数：非自旋极化计算，费米能为0.
    echo "The" $outfile "does not exist, we set the Fermi level to 0"
    echo "assume an unpolarized calculation, and RWIGS not set"
    form=0
    nspin=1
    efermi=0.0
fi

# If the outcar file is not present and you wish to set something by hand
# you should do it here. Uncomment the tokens below and set them by hand.
#这里是如果你要多次处理一些文件，同时又没有OUTCAR文件那么可以在这里设置费米能。
#efermi=2.255
#form=
#nspin=



# Get the atomic coordinates
$BIN/vp >| tmp.dat
tail -$natom tmp.dat | awk '{printf "%s %12.8f %12.8f %12.8f \n", "#", $2, $3, $4}' >| tmp.dat2
#调用vp从POSCAR中获得原子的位置,然后用tail和awk获得具体的原子坐标，并且前面加上#，方便后面gnuplot画图。
#>表示重新定向，把本来vp输出到终端的结果输出到文件tmp.dat中
#使用>要注意，如果只是附加而不是新建那么必须用>>而非>
#除此之外，>是这样的工作的，它会左右两边的命令同时运行（只是一个直接运行而一个等待输入）而不是等一个运行完之后才运行第二个。所以不要执行这种命令：cat a.txt > a.txt，这样你只会得到一个空白文件，因为>在cat的时候同时创建了a.txt空白文件等待输入同时就把原来的a.txt覆盖掉了，所以cat a.txt就只是空白,重新定向输入到a.txt也就是空白。

# Total is first DOS
i=0
#之前的if语句没有用，是因为之前的修改而留下的冗余语句。
#这个i是标记第几个原子的变量。

start=7
end=$((start+nl-1))
#从第7行到第end行开始输出DOS
echo $start $end
#exit 0
rm -f DOS0
if [ $form -eq 1 ]; then
#LORBIT=10
    while [ $i -le $natom ]; do
#输入所有的原子，用while语句实现：i小于原子数，那么输出
        echo $i $start $end

        if [ $i -gt 0 ]; then
#并非totalDOS，那么在第一行中加入原子位置，输出到DOS$i文件
                        sed -n ''$i' p' tmp.dat2 >| DOS$i
        fi

        if [ $i -gt 0 ]; then

# Atomic projected DOS
            if [ $nspin -eq 2 ]; then
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5, $6, -1*$7}' >> DOS$i
#如果是自旋计算，那么就按格式输出，并且把自旋朝下的乘以-1,方便后面画图。
#sed指定输出从start到end的行，awk指定输出格式并且做能量的处理（平移费米能到零点）
            else
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3, $4 }' >> DOS$i
#没有自旋就简单多了，只需要平移就可以了。
fi

        else

# Total DOS
            if [ $nspin -eq 2 ]; then
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5 }' >> DOS$i
            else
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3 }' >> DOS$i
            fi
#对totaldos的处理
        fi

        start=$((end+2))
        end=$((start+nl-1))
        i=$((i+1))
移动到下一个原子的输出，只需要控制start和end就可以了，并且修改i的大小。
    done

elif [ $form -eq 0 ];then
# the form=0 is an unkown code!
    while [ $i -le 0 ]; do
#这里-le应该换成-eq也可以,也即是说等于0就是totaldos就不输出原子坐标了。
        echo $i $start $end

        if [ $i -gt 0 ]; then
            sed -n ''$i' p' tmp.dat2 >| DOS$i
        fi

        if [ $i -gt 0 ]; then

# Atomic projected DOS
            if [ $nspin -eq 2 ]; then
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5, $6, -1*$7}' >> DOS$i
            else
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3, $4 }' >> DOS$i
            fi

        else

# Total DOS
            if [ $nspin -eq 2 ]; then
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5 }' >> DOS$i
            else
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3 }' >> DOS$i
            fi

        fi

        start=$((end+2))
        end=$((start+nl-1))
        i=$((i+1))
    done
#以上都是和form=1是一样的
elif [ $form -eq 2 ];then
#这里是我处理的LORBIT=11的时候加入的。主要是修改awk的输出格式
    while [ $i -le $natom ]; do

        echo $i $start $end

        if [ $i -gt 0 ]; then
            sed -n ''$i' p' tmp.dat2 >| DOS$i
        fi

        if [ $i -gt 0 ]; then

# Atomic projected DOS
            if [ $nspin -eq 2 ]; then
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5, $6, -1*$7,$8,-1*$9,$10,-1*$11,$12,-1*$13,$14,-1*$15,$16,-1*$17,$18,-1*$19}' >> DOS$i
#这里是要命的awk输出，其实就长一点，格式没有什么困难。
#这里的问题是不论是原子，都会输出这么长的一串，即使没有d，f轨道，但都是0.这是VASP的问题，不是这个脚本的问题。
            else
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3, $4,$5,$6,$7,$8,$9,$10 }' >> DOS$i
            fi

        else

# Total DOS
            if [ $nspin -eq 2 ]; then
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5 }' >> DOS$i
            else
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3 }' >> DOS$i
            fi

        fi

        start=$((end+2))
        end=$((start+nl-1))
        i=$((i+1))
    done
#其他的都没有什么需要改的了
fi

exit 0
#这里停止程序并给出一个0的状态符，是个好的习惯，方便别人调用的脚本的时候判断这个脚本是否正常运行结束了。

#最后是shellscript和python,perl的对比
#不得不说perl,python的功能更加强大，但是shellscript更容易学和容易编写
#因为shellscipt就是把我们在命令行下面的输入的命令直接合在一起就可以了，而不需要调用库文件和编译之类；同时我们很多时候都用shell命令，对这些命令更加熟悉，在编写的时候也容易把握。
#有很多命令都可以在shell下面直接尝试，调好之后就直接放在shellscript就可以了。（我经常是这么干的……）
#shellscript就像把我们日常的话整理一下放在一起就发表的文章，而python,perl有专门的语法而要求，就像规范的文章.所以前者要容易写的多，后者如果不是经常写容易出错。
#由于shellscipt是没有编译的和优化的，所以效率会低；同时由于没有编译，所以没有整体的检查，所以bug会隐蔽（当然语法错误在运行的时候还是会提醒的）。而且由于很多管道和正则，所以shellscript的可读性并不是很好。而且shellscript的依赖性很强，不好移植。所以不要用shellscript写大程序，特别是计算量很大的程序。很多时候，shellscript是方便快捷的"dirty"处理。
#计算量大的程序，用fortran；处理大量文档和文本，用python或perl。

我的输入法不是很好所以经常有错别字，抱歉，发现请告知

[ Last edited by bingmou on 2010-9-23 at 19:20 ]
赞一下(7人) 回复此楼
13楼2010-09-22 23:12:52
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hedaors

禁虫 (正式写手)
★ ★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1):python也很不错 2010-09-23 12:01:54
新手学 shell 编程，不如学 python
赞一下(3人) 回复此楼
14楼2010-09-23 09:53:58
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sjzxbe

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2459262楼: Originally posted by butterflyyh at 2012-06-20 19:52:25
版主你好，我刚开始是按照您说的做的。后来发现生成的各个DOS文件中没有将对应的原子位置给出。
谢谢您的答复...

看看你的POSCAR, 是不是多了一行元素符号
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27楼2012-06-21 15:43:16
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普通回帖

condensed

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
好....复杂啊....

你自己用fortran写个都比这个简单多了.

于其搞明白别人的程序不如自己写个了.还有自己的版权!
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2楼2010-08-13 19:26:55
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
★ ★
zzy870720z(金币+2):兄弟总是能搞出好的讨论出来，呵呵，辛苦了，也对linux编程很感兴趣，最近有点忙了，等过阵子好好研究研究，呵呵 2010-09-01 17:24:20
引用回帖:
Originally posted by condensed at 2010-08-13 19:26:55:
好....复杂啊....

你自己用fortran写个都比这个简单多了.

于其搞明白别人的程序不如自己写个了.还有自己的版权!

呵呵，想学学linux的shell编程，觉得shell编程比fortran好用呢。

不过我不是反对fortran编程。

而是想通过这个来看看它处理数据的思路，这样用改用fortran也容易些。

这个split_dos不包括f电子。而且看起来比较古老，跟真实的DOSCAR的格式有出入。

比如我的DOSCAR,
(1)ISPIN=2, LORBIT=11,对于不含f电子的体系，
DOSCAR site projected DOS有19列数字，分别是
energy, s(+/-),Px(+/-),Py(+/-),Pz(+/-),D1(+/-),D2(+/-).D3(+/-).D4(+/-),D5(+/-);

(2)ISPIN=2,LORBIT=11,含有f电子的体系有33列数字。在以上19列数字后再添加7个f的上下选（14个）。

(3)ISPIN=1,LORBIT=11,则上下旋合并，不含f电子的体系有10列数字,分别是：
energy,s,Px,Py,Pz,D1,D2,D3,D4,D5.

(4)ISPIN=1,LORBIT=11，含有f电子的体系，增加7f电子，共17列数组。

这四种情况，没有一种是现在列出的split_dos可以处理的。
不知道用它的人都走了哪些修改。

比如，对于情况（1），要得到sLDOS的O2p上旋态密度,是不是要把Px+Py+pz；而下旋态密度为 Px(-)+Py(-)+Pz(-)？

[ Last edited by cenwanglai on 2010-8-13 at 20:17 ]
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3楼2010-08-13 19:57:01
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condensed

木虫 (著名写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2):谢谢讨论交流 2010-08-13 20:43:51
是的,需要都加起来.但是vasp提供了一个参数可以直接给出s,p,d而不是px,py...值.
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4楼2010-08-13 20:40:29
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
Originally posted by condensed at 2010-08-13 20:40:29:
是的,需要都加起来.但是vasp提供了一个参数可以直接给出s,p,d而不是px,py...值.

什么参数呢？我没找到呢。
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5楼2010-08-13 20:49:51
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hlzya

木虫 (小有名气)
★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
搬个凳子  一起学习
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6楼2010-08-13 22:49:20
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condensed

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-08-13 20:49:51:



什么参数呢？我没找到呢。

等我回去找找,我记不得了...好久不用vasp来算PDOS了.
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7楼2010-08-13 23:23:41
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sunyang1988

至尊木虫 (著名写手)
★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
进来学习一下，收藏了
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8楼2010-08-14 01:47:23
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ztwang

铜虫 (小有名气)
★ ★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1):谢谢提示 2010-08-14 20:22:37
cenwanglai(金币+2):确实。LORBIT = 10 就可以。只有s, p,d,f。没有px,py,pz. 2010-08-19 13:45:03
引用回帖:
Originally posted by condensed at 2010-08-13 20:40:29:
是的,需要都加起来.但是vasp提供了一个参数可以直接给出s,p,d而不是px,py...值.

LORBIT=10，就可以实现。
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9楼2010-08-14 16:02:17
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nkleof

银虫 (正式写手)
★ ★ ★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+2):谢谢讨论 2010-09-01 17:24:46
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2010-08-13 19:18:07:
下面是处理VASP输出数据得到态密度的脚本文件split_dos,与它配合的vp没有贴出来。学习vasp如果会一些shell编程，对vasp的运用会更灵活方便。这个程序听说比较老，有些问题，不能直接用来处理vasp4.6及以上版本的数 ...

顶！
我也是改的这个脚本，把其中处理数据列的部分增加后用于提取包含20列数据，即到d电子所有轨道的DOSCAR，要处理f电子的话，增加提取并输出的列数就可以了。
shell编程的优势我认为在于格式化读入和输出，语句很简洁而且功能强大，但是不适合用来做运算。我原来试过用shell写态密度相加的程序，但是运行起来非常非常的慢，所以后来我用C语言写了处理态密度的程序。
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10楼2010-08-17 10:12:48
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calos818

木虫 (著名写手)
★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
哪位牛牛提供下改良款的split——dos
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11楼2010-08-17 10:16:46
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xijinyang

金虫 (小有名气)
★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
本人也是在学习DOSCAR的处理。学习一下！呵呵
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12楼2010-09-20 16:50:36
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augusta810

新虫 (初入文坛)
★
cenwanglai(金币+1):谢谢参与
多谢各位前辈指教, 请问一下DOSCAR 和 PROCAR 处理的数据哪个比较精确?
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15楼2010-09-24 09:50:45
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bingmou

金虫 (著名写手)
cenwanglai(金币+2):谢谢回复！ 2010-09-29 11:12:55
引用回帖:
Originally posted by augusta810 at 2010-09-24 09:50:45:
多谢各位前辈指教, 请问一下DOSCAR 和 PROCAR 处理的数据哪个比较精确?

PROCAR给出的信息非常多，但是和DOSCAR不一样，没有可比性。DOSCAR是给出态密度，而PROCAR是给出每个K点上面的每个能级的组合成分
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16楼2010-09-24 16:48:59
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burwoad

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
可以用一下awk的循环语句，我想楼主的问题都能够得到解决了：
if [ $form -eq 0 ];then        # the form=0 is an unkown code!
    echo "XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX"
elif [ $form -eq 1 ]; then
    while [ $i -le $natom ]; do
        echo $i $start $end
        if [ $i -gt 0 ]; then
            sed -n ''$i' p' tmp.dat2 >| DOS$i
            if [ $nspin -eq 2 ]; then
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f ", $1+(-1)*'$efermi'
                    indice=1
                    for (j=2; j <= NF; j++)
                        { printf "%12.8f ", indice*$j
                          indice = -1*indice }
                    print "" }' >> DOS$i
            else
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f ", $1+(-1)*'$efermi'
                    for (j=2; j <= NF; j++)
                        { printf "%12.8f ", $j }
                    print "" }' >> DOS$i                  
            fi
        else                        # Total DOS
            if [ $nspin -eq 2 ]; then
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5 }' >> DOS$i
            else
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3 }' >> DOS$i
            fi
        fi

        start=$((end+2))
        end=$((start+nl-1))
        i=$((i+1))
    done
elif [ $form -eq 2 ];then
    while [ $i -le $natom ]; do
        echo $i $start $end
        if [ $i -gt 0 ]; then
            sed -n ''$i' p' tmp.dat2 >| DOS$i
            if [ $nspin -eq 2 ]; then
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f ", $1+(-1)*'$efermi'
                    indice=1
                    for (j=2; j <= NF; j++)
                        { printf "%12.8f ", indice*$j
                          indice = -1*indice }
                    print "" }' >> DOS$i
            else
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f ", $1+(-1)*'$efermi'
                    for (j=2; j <= NF; j++)
                        { printf "%12.8f ", $j }
                    print "" }' >> DOS$i                  
            fi
        else
            if [ $nspin -eq 2 ]; then
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, -1*$3, $4, -1*$5 }' >> DOS$i
            else
                sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f %12.8f %12.8f \n", $1+(-1)*'$efermi', $2, $3 }' >> DOS$i
            fi
        fi

        start=$((end+2))
        end=$((start+nl-1))
        i=$((i+1))
    done
fi

另，最后两段判断form=1 or 2（即LORBIT=10 或 11）的代码有很大重复，是不是可以写个函数来简化下？
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cenwanglai
17楼2012-04-16 00:56:47
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
送鲜花一朵
引用回帖:
2453184楼: Originally posted by burwoad at 2012-04-16 00:56:47:
可以用一下awk的循环语句，我想楼主的问题都能够得到解决了：
if ;then        # the form=0 is an unkown code!
    echo "XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX"
elif ; then
    while ; do
     ...

已经解决了。解决的也不是很方便。对不同的体系都需要手动修改一下，适应性有问题。很有必要再讨论改进一下~
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18楼2012-04-16 08:26:24
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burwoad

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2453193楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-04-16 08:26:24:
已经解决了。解决的也不是很方便。对不同的体系都需要手动修改一下，适应性有问题。很有必要再讨论改进一下~

我说的就是适应性问题的解决
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19楼2012-04-16 09:02:37
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burwoad

银虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
cenwanglai: 金币+5, 非常感谢。能不能上传文件供大家下载使用？ 2012-04-16 10:12:49
再改简便些：
i=0
start=7
end=$((start+nl-1))
fileoutprocess () {
    while [ $i -le $natom ]; do
        echo $i $start $end
        if [ $i -gt 0 ]; then
            sed -n ''$i' p' tmp.dat2 > DOS$i
        else
            printf "# total\n" > DOS$i
        fi
        if [ $nspin -eq 2 ]; then
            sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f ", $1+(-1)*'$efermi'
                indice=1
                for (j=2; j <= NF; j++)
                    { printf "%12.8f ", indice*$j
                      indice = -1*indice }
                print "" }' >> DOS$i
        else       
            sed -n ''$start','$end' p' $dosfile | awk '{printf "%12.8f ", $1+(-1)*'$efermi'
                for (j=2; j <= NF; j++)
                    { printf "%12.8f ", $j }
                print "" }' >> DOS$i                  
        fi
              start=$((end+2))
        end=$((start+nl-1))
        i=$((i+1))
    done
}

if [ $form -eq 0 ];then        # the form=0 is an unkown code!
    echo "The RWIGS information was uncorrected."
elif [ $form -eq 1 ]; then
    fileoutprocess
elif [ $form -eq 2 ];then
    fileoutprocess
fi
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20楼2012-04-16 09:36:21
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butterflyyh

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2453201楼: Originally posted by burwoad at 2012-04-16 09:36:21
再改简便些：
i=0
start=7
end=$((start+nl-1))
fileoutprocess () {
    while ; do
        echo $i $start $end
        if ; then
            sed -n ''$i' p' tmp.dat2 > DOS$i
        else
            printf &quo ...

前辈们好，我最近在学习处理VASP的DOS数据，用split_dos和vp脚本，可是得到的DOSi文件的第一行都是0 0 0， 也就是没有提取到正确的原子位置。
我现在把vp和split_dos放在同一个目录下了。
请问：是不是vp没有设置好造成的？
       vp的路径和具体设置应该怎么处理呢？

split_dos 的路径设置



[ Last edited by butterflyyh on 2012-6-20 at 17:42 ]
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21楼2012-06-20 17:24:27
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
2459253楼: Originally posted by butterflyyh at 2012-06-20 17:24:27
前辈们好，我最近在学习处理VASP的DOS数据，用split_dos和vp脚本，可是得到的DOSi文件的第一行都是0 0 0， 也就是没有提取到正确的原子位置。
我现在把vp和split_dos放在同一个目录下了。
请问：是不是vp没 ...

好像根本不用设置。只需要解压缩后，保持所有文件都按照原有相对路径存放就可以了。

当然，要把脚本的整体路径都添加到系统路径中~
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22楼2012-06-20 18:47:37
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butterflyyh

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2459255楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-06-20 18:47:37
好像根本不用设置。只需要解压缩后，保持所有文件都按照原有相对路径存放就可以了。

当然，要把脚本的整体路径都添加到系统路径中~...

版主你好，我刚开始是按照您说的做的。后来发现生成的各个DOS文件中没有将对应的原子位置给出。
谢谢您的答复
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23楼2012-06-20 19:52:25
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
2459262楼: Originally posted by butterflyyh at 2012-06-20 19:52:25
版主你好，我刚开始是按照您说的做的。后来发现生成的各个DOS文件中没有将对应的原子位置给出。
谢谢您的答复...

那可能跟你的INCAR设置有关。
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24楼2012-06-20 20:50:14
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
引用回帖:
2459262楼: Originally posted by butterflyyh at 2012-06-20 19:52:25
版主你好，我刚开始是按照您说的做的。后来发现生成的各个DOS文件中没有将对应的原子位置给出。
谢谢您的答复...

你是不是已经清楚了，怎样设置INCAR可以按原子分解DOS?
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25楼2012-06-20 20:50:54
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butterflyyh

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
2459267楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-06-20 20:50:54
你是不是已经清楚了，怎样设置INCAR可以按原子分解DOS?...

我用的PAW方法，这是我的INCAR中DOS相关部分


[ Last edited by butterflyyh on 2012-6-20 at 21:08 ]
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26楼2012-06-20 21:07:34
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mousekingadv

金虫 (小有名气)
非常好，学习了
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28楼2012-06-23 13:30:24
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流年水

金虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
10楼: Originally posted by nkleof at 2010-08-17 10:12:48
顶！
我也是改的这个脚本，把其中处理数据列的部分增加后用于提取包含20列数据，即到d电子所有轨道的DOSCAR，要处理f电子的话，增加提取并输出的列数就可以了。
shell编程的优势我认为在于格式化读入和输出，语 ...

您好，请问如何修改才可以处理f点子呢？在修改的时候vp是否需要修改？我增加了输出的列数，还是会报错，能否把您修改的处理f电子的脚本发给我一下呢？我的邮箱787730167@qq.com。十分感谢
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30楼2014-12-24 12:16:37
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tsglss

铁杆木虫 (著名写手)
学习

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
回复此楼
31楼2014-12-24 13:23:47
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简单回复
sg1840892629楼
2012-07-25 16:42   回复  
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[考博] 现在申博很晚了吗 +3 熙风慕寒 2024-04-13 3/150 2024-04-13 11:08 by Nanamiwww
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