【在线答疑】关于NAMD/VMD (v2) - 分子模拟 - 其他 - 第4页小木虫论坛-学术科研互动平台

31楼2010-08-12 07:58:32

bay__gulf

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ghcacj(金币+4):谢谢 2010-08-13 08:57:25

引用回帖:

Originally posted by astringent at 2010-08-11 23:45:22:
我是一步一步做的，因为是别人帮我按了一些东西，我不是很懂，他告诉我按算例进行就可以。可是就遇到了上面的问题，请问这是什么原因造成的？该如何解决？先谢谢了

算例有很多个，不是每个都是正确而详细的
即使正确详细，也需要你一步一步来
任何地方都有可能出问题，你不说清楚谁也猜不到
有人帮你装，你也可以再找他帮你这一次
如果你真想走得远，建议先花两周时间学一下linux 最最基础的原理和操作

32楼2010-08-12 08:00:26

574384607

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引用回帖:

Originally posted by bay__gulf at 2010-05-04 18:50:59:
在线答疑关于NAMD/VMD 第一版 (地址) 自开贴来运行不错,
但最近因超过1年无法回复, 特重开一贴, 希望能和大家多多交流

很多问题在上一版中已有 ...

版主，我想问一下，在一台电脑或一个节点下同时运行两个namd2，会不会存在冲突啊，这几天我运行了两个，经常那个后算得会停止，查看生成的日志文件，并没有出错信息提示，能量最小化还没进行完

33楼2010-08-12 09:47:10

bay__gulf

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ghcacj(金币+5):谢谢 2010-08-13 08:57:37

引用回帖:

Originally posted by 574384607 at 2010-08-12 09:47:10:

版主，我想问一下，在一台电脑或一个节点下同时运行两个namd2，会不会存在冲突啊，这几天我运行了两个，经常那个后算得会停止，查看生成的日志文件，并没有出错信息提示，能量最小化还没进行完

我没有遇到过这个情况，但收到有不少报告
应该在某个地方出了问题
为结果的安全起见，建议不要以这种方式运行
如果出了你没有发觉的错误，问题更大
namd 的优势之一就是其并行能力

34楼2010-08-12 11:28:09

574384607

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引用回帖:

Originally posted by bay__gulf at 2010-08-12 11:28:09:

我没有遇到过这个情况，但收到有不少报告
应该在某个地方出了问题
为结果的安全起见，建议不要以这种方式运行
如果出了你没有发觉的错误，问题更大
namd 的优势之一就是其并行能力

停了之后，我新建一个conf文件打算接着算
但是总是提示FATAL ERROR: Unable to open extended system file.
接着算的步数应该没弄错，不知道怎么回事

35楼2010-08-13 09:31:01

bay__gulf

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ghcacj(金币+1):谢谢 2010-08-16 13:08:41

引用回帖:

Originally posted by 574384607 at 2010-08-13 09:31:01:

停了之后，我新建一个conf文件打算接着算
但是总是提示FATAL ERROR: Unable to open extended system file.
接着算的步数应该没弄错，不知道怎么回事

xsc 文件出了问题

36楼2010-08-13 12:21:32

574384607

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引用回帖:

Originally posted by bay__gulf at 2010-08-13 12:21:32:

xsc 文件出了问题

版主，我看了看.xsc和.restart.xsc文件，里面没有提示出错。
# NAMD extended system configuration restart file
#$LABELS step a_x a_y a_z b_x b_y b_z c_x c_y c_z o_x o_y o_z s_x s_y s_z s_u s_v s_w
101000 38 0 0 0 38 0 0 0 70 0.303279 0.1111 12.7719 0 0 0 0 0 0
你估计，应该从哪里着手找错误啊和修改啊，我现在直接没招啊

37楼2010-08-13 17:06:16

luokei

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版主，我看到你有个帖子上的这个网站怎么打不开啊
“http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html 一些脚本，或许对你有用”

还需要用户名和密码吗？

逆水行舟，不进则退

38楼2010-08-15 10:09:31

luokei

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版主，我看到你有个帖子上的这个网站怎么打不开啊
“http://biocore.ks.uiuc.edu/bioco ... ips/tclscripts.html 一些脚本，或许对你有用”

谢谢

逆水行舟，不进则退

39楼2010-08-16 11:33:54

574384607

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引用回帖:

版主，账号我已经申请到了
我想问个问题，在压强控制项设置处margin有什么作用啊？设置了margin比如1.5吧，是不是就是说最外缘的1.5A范围的分子层就不用考虑压强啊
不过我的npt系综下的体系，设置了margin仍然不行，还是模拟一会出线Periodic cell has become too small for original patch grid!

40楼2010-08-18 11:20:01