【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
查看: 3622  |  回复: 98
本帖产生 1 个 模拟EPI ,点击这里进行查看

tpp001

金虫 (著名写手)

[交流] 【求助】DL_POLY的config文件如何生成??已有9人参与

我想模拟聚合物在金属团簇表面的吸附,想请教大家这样的体系的config文件如何生成?
另外我把手册已经看了一遍,但是希望运行一下.有么有人根据手册的算例给写一个模拟过程,给传一个谢谢!!
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

迷茫在知识的海洋里,需要你的指导。thankyou
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 1-25 10:29
难处在于,谁肯费这个时间教你呢?你多少也应该自己学一些,然后就某一点难以解决之处来提问。如果叫人家给你写个通盘的教程,给你个完整的例子,换了你,你愿意干么?就算你愿意,你有那个时间么?大家都很忙啊。

Config文件如何生成,手册上讲得非常之详细,你自己试着下手弄一下,哪里不懂可以提问,这样好一些,也学得比较快。关键是要动手啊。
4楼2010-01-25 09:45:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-01-26 08:02:29:
jobtime和closetime,单位是秒。这个时间是真实的时间,就是你计算机运行的时间。这两个命令控制的是你计算机的作业时间。就是说你打算用多少机时来搞这个计算。

[ Last edited by 老虎大王 on 2010-1-26 at 0 ...

不好意思,又有问题麻烦你了.
我用ms建立我的体系以后生成了一个带有xyz坐标的文件*.pdb
我想通过编程把里面的格式给修改成config格式.
config中原子的坐标的格式是下面这样的.
CT               1
    -5.367652772        -4.974650238        -5.990217152   
    -3.753414027        -2.997453843         4.469020573   
    -4347.618322         785.7157385         1473.633382  
我想问: 在编程的输出,对于config 第一行 CT 和 1 之间的空格应该有几个合适,随便多少都合适吗?
在第二行的开头这里的空格要不要?如果要,留几个空格合适,谢谢!

还有一个疑问就是在config开头有一个变量natoms是定义原子的数目,我查看了几个例子发现这个natoms的数目和config中包含的数目不一致..有的config文件中这个变量都没有设定?这是怎么一回事?

[ Last edited by tpp001 on 2010-1-27 at 22:07 ]
迷茫在知识的海洋里,需要你的指导。thankyou
11楼2010-01-27 21:58:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
TPP001,你是在MS里面生成盒子,然后使用哪个程序生成的输入文件吧?但是如果不在MS里面生成盒子,就是画一个分子,不知道编程能否也能自己生成盒子?
好好学习,天天向上。
79楼2010-04-16 08:44:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyj8119

木虫 (著名写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
再来问一下,如果做得是整个盒子的CONFIG,但是FIELD却是单个分子的,是不是就跑步起来?怎么样才能把整个的盒子的FIELD文件生成出来?
好好学习,天天向上。
80楼2010-04-16 17:03:18
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+1):谢谢 1-24 17:38
ghcacj(模拟EPI+1):这个答疑帖全靠老虎支撑,授予EPI 1个 2010-05-24 16:58:36
这个,大概很难有人能帮上你的忙,除非你自己的导师。
2楼2010-01-24 16:53:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-1-24 16:53:
这个,大概很难有人能帮上你的忙,除非你自己的导师。

不知道难处在哪里呢?能不能具体说一下?
迷茫在知识的海洋里,需要你的指导。thankyou
3楼2010-01-24 20:21:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-01-25 09:45:24:
难处在于,谁肯费这个时间教你呢?你多少也应该自己学一些,然后就某一点难以解决之处来提问。如果叫人家给你写个通盘的教程,给你个完整的例子,换了你,你愿意干么?就算你愿意,你有那个时间么?大家都很忙啊。 ...

呵呵,你说的不错....我就是想运行一下软件中的例子,因为从来没有用过dl_poly, 想知道什么命令能让软件运行起来..我不清楚我这个请求是不是很麻烦,谢谢...
我以为是我体系的技术问题呢...
具体问题我想问一下,大家的config文件都是怎么生成的....看了其他帖子,有的说自己编程,有的说用ms生成xyz坐标...
另外,有帖子说 config要求盒子的中心是坐标的原点,可是我在manual上没有看到,这个是必须的吗?
还有就是在config文件中的开头:
Lennard-Jones Argon
             2               3            255            -176595.066855
这行中  -176595.066855,手册说  engcfg    real  configuration energy in DL_poly units 我想知道这个 configuration energy 一般都是怎么得到的,单位是j/mol把?因为可能要自己写config文件,所以想知道清楚些,谢谢.
迷茫在知识的海洋里,需要你的指导。thankyou
5楼2010-01-25 11:06:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+3):谢谢 1-25 11:36
1. 自己编程,按它的格式生成。
2. 中心应该是坐标原点。也就是原子位于[-a/2,a/2]之内。如果不再此范围,也许程序会自己变成这个样,我没有试过。建议你还是一开始就弄好。
3. engcfg不是必须的。可以不写。
6楼2010-01-25 11:30:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-01-25 11:30:31:
1. 自己编程,按它的格式生成。
2. 中心应该是坐标原点。也就是原子位于[-a/2,a/2]之内。如果不再此范围,也许程序会自己变成这个样,我没有试过。建议你还是一开始就弄好。
3. engcfg不是必须的。可以不写。

非常感谢你的回复,我这里又有几个问题请教
1.对于体系的config 文件的生成,我打算这样来做:
   用ms来建立我的体系的初试结构.然后导出一个xyz坐标的文件, 既然dl_poly要求盒子的中心是体系的原点,而ms中原点在盒子的一个顶点0上,我如果把ms导出的xyz坐标,都减去盒子长度的一半就是体系的原点就在盒子的中心了,不知道这样行吗?
2. 因为建立体系,在进行动力学模拟以前,要对体系进行relaxation。可是我不知道应该怎么样写进行optimising的control 文件,能不能给我传一个进行optimising的control模板。如果有的话,能不能顺便再给我传一个进行MD模拟的control文件。谢谢。
3. 在control文件中的 jobtime 应该怎么设定,有没有什么经验来确定一下。
迷茫在知识的海洋里,需要你的指导。thankyou
7楼2010-01-25 16:13:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+4):谢谢 1-25 20:38
1.可行。
2.DLPOLY提供的有一些例子,请自行下载。relaxation的方法很多,你要先确定自己想怎么搞,然后考虑怎样把它写成Control文件。DLPOLY的Control文件提供的命令也就那么几条,反复阅读一下自然会懂。
3.jobtime跟你的模拟体系的大小、模拟时间的长程以及CPU的快慢有关。尽量搞大一些就是了。你做过几次,有经验了,就可以自己定。这个参数什么也不影响,可以尽量搞大一些。
8楼2010-01-25 18:45:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tpp001

金虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by 老虎大王 at 2010-01-25 18:45:53:
1.可行。
2.DLPOLY提供的有一些例子,请自行下载。relaxation的方法很多,你要先确定自己想怎么搞,然后考虑怎样把它写成Control文件。DLPOLY的Control文件提供的命令也就那么几条,反复阅读一下自然会懂。
3.j ...

有一个疑问:
在control文件中
timestep 单位是 ps,一般设定大小为 0.001ps
jobtime和closetime, 手册中例子设定的数据是1200, 100。 单位是什么?看了手册上面有这样的语句 set job time to f second.  它的单位是 s吗,如果是s,这跑MD的步数是不是有点多啦。那这实际上恐怕要费很长的时间把?
迷茫在知识的海洋里,需要你的指导。thankyou
9楼2010-01-25 22:18:42
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

老虎大王

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
lei0736(金币+2):谢谢 1-26 09:04
jobtime和closetime,单位是秒。这个时间是真实的时间,就是你计算机运行的时间。这两个命令控制的是你计算机的作业时间。就是说你打算用多少机时来搞这个计算。

[ Last edited by 老虎大王 on 2010-1-26 at 08:03 ]
10楼2010-01-26 08:02:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 tpp001 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[教师之家] 发现督导在听课,需要跟TA招呼示意吗?有同学看手机、课件有疏漏算大问题吗? +10 河西夜郎 2024-04-19 10/500 2024-04-23 10:44 by Quakerbird
[电化学] 有偿收购废弃锂硫电池 +3 汤圆喵 2024-04-19 5/250 2024-04-23 10:41 by Happy C
[基金申请] 前同事拿我以前未中的国自然标书申请今年的国自然,现在基金委发来调查函 +26 bjdxyxy 2024-04-19 40/2000 2024-04-23 09:38 by bjdlqz
[博后之家] 南京大学-广州大学联合招聘博士后 欢迎广大优秀人才!!! +3 黑魔变身啾 2024-04-20 6/300 2024-04-23 08:01 by dodonaomi
[教师之家] 河海大学常州校区新进的讲师待遇如何?考核要求如何? +3 德国小球迷 2024-04-19 18/900 2024-04-22 19:23 by ZHONGWU_U
[考博] 25申博记录贴 +6 我属驴核动力驴 2024-04-18 12/600 2024-04-22 15:50 by 诩雾
[公派出国] 東京大学 应用化学专业柳田研究室 招收修士/博士生 +4 蝶梦123 2024-04-19 4/200 2024-04-22 15:10 by liukang88j
[教师之家] 期末给学生划重点都是什么话术啊 +13 luokereng 2024-04-20 14/700 2024-04-22 14:58 by luokereng
[找工作] 化工专业 10+3 xiao太阳94 2024-04-18 7/350 2024-04-22 13:48 by mlnjut
[基金申请] 国社科项目,你们学校都限额申报吗? +5 屡战屡败 2024-04-21 7/350 2024-04-22 13:03 by 屡战屡败
[考博] 博士申请 +4 zhangxm0525 2024-04-17 11/550 2024-04-22 12:00 by zhangxm0525
[找工作] 工作问题求助 +3 向前?@ 2024-04-18 4/200 2024-04-22 09:40 by zhaojiang427
[考博] 重庆大学计算机学院2024博士招生 +3 y_y_y_yyy 2024-04-18 5/250 2024-04-21 08:29 by LYS1200
[公派出国] CSC在职申请求问 +8 Amber0919 2024-04-16 8/400 2024-04-20 18:33 by 371122gyd
[考研] 312求调剂 +3 Leroic000 2024-04-19 3/150 2024-04-20 18:19 by xinaishan
[考研] 本科211 277分求调剂 +3 0854通信工程 2024-04-18 5/250 2024-04-20 17:55 by 0854通信工程
[论文投稿] 最近遇到这样一个问题 +4 asd123gfa689 2024-04-18 10/500 2024-04-19 18:57 by asd123gfa689
[论文投稿] CCS Chemistry投稿求助 30+3 wfqtriumph 2024-04-17 4/200 2024-04-19 08:56 by Bletilla
[论文投稿] 发个文章,结果被某学报请的外审PUA了 +3 ziniu168 2024-04-18 8/400 2024-04-18 21:40 by xli1984
[论文投稿] 投稿求助 5+3 我是洲洲啊 2024-04-17 5/250 2024-04-18 17:13 by topedit
信息提示
请填处理意见