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neweroica

木虫 (著名写手)


[资源] 【neweroica个人文集】GaussView对VASP的接口程序—— vout2gout (v0.0)

GaussView是个我一直比较喜欢的软件,用起来很舒服。但一般它只能配合Gaussian使用,如果想要可视化其他程序的计算结果,就需要转换文件格式为Gaussian的输出格式。在此我就奉献一下我写的GaussView对VASP的接口程序——vout2gout,用它你就可以用GaussView查看VASP的结构优化过程和结果。


一  程序描述:

1. 名称:vout2gout

2. 版本:v0.0

3. 编写语言:Shell通用脚本(awk)。

4. 运行环境:Linux, Unix以及Windows下的cygwin等。


二  功能:

1. 将OUTCAR文件转成GaussView可识别的*.out文件。

2. 显示晶胞。

3. 可视化几何构型的优化过程。

4. 查看优化过程中体系总能量和力(RMS平均)的变化曲线。

5. 可视化各个步骤中的各原子的受力情况以及预测下一步各原子的位移。

6. 导出优化过程的动画。


三  使用方法:

1. 在Unix下(如果用Windows,则需要装cygwin)把vout2gout脚本文件增加可执行属性:

chmod a+x vout2gout


2. 在命令行执行:

./vout2gout  输入文件名

其中,输入文件名就是VASP计算所得的OUTCAR文件名。vout2gout转换后的文件是“输入文件名.out”

如果输入文件名缺省:

./vout2gout

那么vout2gout就会将当前目录下的OUTCAR文件转为OUTCAR.out文件。

建议将vout2gout放在一个固定目录下(如/home/username/bin),再将这个目录的路径包含在环境变量PATH里。这样在任何目录下你就可以直接调用本程序:

vout2gout  [ 输入文件名 ]


3. 用GaussView打开转好的*.out文件。在打开“Open Files”对话框选取文件时,记得勾选最下方的“Read intermediate Geomoetries (Gaussian Optimizations only)”复选框。 这时你就能看到并选取各个优化步骤的结构了。(附图1)

4. 查看优化过程中体系总能量和平均力的变化曲线:

菜单Results | Optimization... (附图2)

*注意:图中能量和力的单位分别是:eV和eV/Agstrom

5.  可视化各个步骤中的各原子的受力情况以及预测下一步各原子的位移:

菜单Results | Vibration... |  Show displacement vectors(附图3)

如果箭头太小,可以拖动Scale滑条放大。

6. 导出动画:

菜单File| Save Movie


四  测试版本:

VASP 4.6,VASP 5.2

GaussView 4.1.2

欢迎大家在其他版本的VASP和GaussView上测试(如有问题请联系我)。


五 下载:

直接点附件下载,解压后即得本程序。


六  附图:

1. 显示晶胞和优化各步的结构。

2. 优化过程中体系总能量和RMS平均力的变化曲线。

3. 可视化各原子的受力方向和大小。

[ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:42 ]
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  • 附件 3 : 附图2.jpg
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  • 附件 4 : 附图3.jpg
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zdhlover

荣誉版主 (职业作家)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

强烈支持原创
2楼2010-01-13 09:22:07
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ustc

金虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

关注一下! 作者强!
3楼2010-01-13 09:26:53
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happyjwx

木虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

如果能在WINDOWS下面直接运行就更好了呵呵
不过转完再导出来也很方便!
强烈支持!
4楼2010-01-13 09:31:47
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zhuly

银虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

★★★★★ 五星级
5楼2010-01-13 10:07:49
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abbott

金虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

学习
awk用得这么好! 佩服!
6楼2010-01-13 10:23:13
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lindlar0078

木虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

高手就是高手,学习啦
9楼2010-01-13 12:38:22
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★★★ 三星级,支持鼓励

Good
10楼2010-01-13 12:47:31
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zhangfan2192

金虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

bucuo ~~
11楼2010-01-13 14:34:30
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cooltokill

银虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

高手就是高手,学习啦
12楼2010-01-13 16:29:52
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erylingjet

新虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

太有才啦
13楼2010-01-13 17:53:39
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neweroica

木虫 (著名写手)


引用回帖:
Originally posted by happyjwx at 2010-1-13 09:31:
如果能在WINDOWS下面直接运行就更好了呵呵
不过转完再导出来也很方便!
强烈支持!

其实你也可以将这个脚本用C或VC++语言改写一下。
14楼2010-01-13 18:43:39
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★★★★★ 五星级,优秀推荐

两位发奖的版主有点太抠了,怎么发50个金币!!!
好东西,没的说
15楼2010-01-13 19:24:13
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yunml

铜虫 (小有名气)


楼主好样的!
17楼2010-01-13 21:03:58
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fanchen021

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

支持~~~~~~~~~~~·
19楼2010-01-13 23:50:22
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stoneyww

铁杆木虫 (正式写手)


谢谢分享!★★★★★ (五星级,优秀推荐)
20楼2010-01-13 23:51:13
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xujc1983

木虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

牛人啊,太厉害了
21楼2010-01-14 07:13:59
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minglei288

金虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

楼主不错,顶起
22楼2010-01-14 09:53:50
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苹果落地

金虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

厉害!
23楼2010-01-14 10:27:32
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maomao6972

木虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

支持原创
24楼2010-01-14 11:13:30
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manman17m

金虫 (小有名气)



楼主强人,不顶不行啊
26楼2010-01-14 11:36:28
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好好生活

木虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

特意来崇拜!
27楼2010-01-14 13:17:41
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fanchen021

木虫 (正式写手)


我用的是GaussView-4.1.2
点save movie 保存成gif 文件后,出现Capturing movie frames, 显示进度,每次都是到接近100%时,就直接退出了。
不知为何,恳请各位指点。
28楼2010-01-14 13:35:40
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longchang

金虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

没得说 ,佩服的就是这种高手!
30楼2010-01-14 20:08:56
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jimsmart

捐助贵宾 (职业作家)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

支持楼主
31楼2010-01-14 21:19:37
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wanlichuan

木虫 (著名写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢。
32楼2010-01-15 07:40:15
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九层楼

木虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐


优秀的资源要顶!
33楼2010-01-16 06:15:04
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lindongcheng

金虫 (小有名气)


★ 一星级,一般

高手支持
34楼2010-01-16 10:19:38
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allawwp

金虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

good
35楼2010-01-18 19:30:26
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westmonster

金虫 (正式写手)


要顶要顶~
36楼2010-01-18 20:22:19
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yling10

金虫 (小有名气)


TD-DFT

发射光谱怎么算,用什么基组
38楼2010-01-19 11:36:24
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nyoxd

银虫 (小有名气)


楼主,你好,为什么我无法得到(附图2)和(附图3)只能得到附图一,results|下的optimization是灰色不可用状态,而且得到的OUTCAR.out文件的信息很少,只有坐标信息·····有可能是Gaussianview3.07的版本低吗?希望楼主指点·····
41楼2010-03-30 10:06:43
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nyoxd

银虫 (小有名气)


我的用的是VASP4.6的
42楼2010-03-30 10:11:15
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zengxiangm

木虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢楼主,但我没有Gaussianview啊,楼主或者其他兄弟能发个给我不,万分感谢!
邮箱 zengxm1988@hotmail.com
43楼2010-04-09 10:08:33
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neweroica

木虫 (著名写手)


引用回帖:
Originally posted by nyoxd at 2010-03-30 10:06:43:
楼主,你好,为什么我无法得到(附图2)和(附图3)只能得到附图一,results|下的optimization是灰色不可用状态,而且得到的OUTCAR.out文件的信息很少,只有坐标信息·····有可能是Gaussianview3.07的版本低吗 ...

打开时,勾选对话框下方的读入所有优化结构选项。
44楼2010-04-10 04:00:29
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ljx2006

金虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

谢谢!好贴。
45楼2010-04-12 19:30:14
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yuling985

银虫 (小有名气)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

强顶
46楼2010-04-24 20:12:44
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xiaowandouer

木虫 (正式写手)


★★★★★ 五星级,优秀推荐

需要啥就编个啥,太佩服楼主了。
47楼2010-04-25 08:43:37
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lugang911


这个真牛 除了gview 还能用什么来可视化vasp?
48楼2010-05-13 15:37:04
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vasp001

金虫 (正式写手)


用Gaussian view5.0 的,那个result/optmization 按钮不能用啊。我计算用的是VASP 5.2 。其他的显示原子运动方向的可以。
49楼2010-05-14 13:58:18
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neweroica

木虫 (著名写手)


引用回帖:
Originally posted by vasp001 at 2010-05-14 13:58:18:
用Gaussian view5.0 的,那个result/optmization 按钮不能用啊。我计算用的是VASP 5.2 。其他的显示原子运动方向的可以。

能否给个GV5.0?
50楼2010-05-14 19:43:00
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简单回复
czyzsu7楼
2010-01-13 10:31   回复  
 谢谢分享!
fox-fox8楼
2010-01-13 11:34   回复  
 
le-le122116楼
2010-01-13 19:54   回复  
 感谢分享!
lerel1234518楼
2010-01-13 23:22   回复  
 
2010-01-14 11:23   回复  
 
pllyf200629楼
2010-01-14 14:48   回复  
 谢谢分享!
yling1037楼
2010-01-19 11:35   回复  
 
rfvuhb39楼
2010-01-27 09:13   回复  
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tangbaowei40楼
2010-03-15 21:19   回复  
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