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qasd

木虫 (著名写手)

[交流] 【其他】在线答疑:MS-discover问题已有130人参与

本帖旨在邀请各位朋友集中提问和回答discover的问题,欢迎每位虫子都来提问与回答问题。而我会每天来看此帖且尽我所能回答疑问
注意:
1. 请回答问题的虫子务必回帖时注明:【回复__楼】;
2. 提问的虫子们得到答案后应该重新编辑自己的提问帖,在下面附上:【已解决,答案见__楼】
旧版帖子地址:http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1094264,供大家参考
附:
1.discover的官方介绍:http://accelrys.com/products/mat ... dules/discover.html
2.tcl/tk介绍:http://www.tcl.tk/

在线答疑已达200层,总奖励在194层

[ Last edited by aylayl08 on 2010-4-21 at 10:31 ]
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sn6526

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-12-23

20:06:
MS经典动力学部分所有的计算都是以discover为引擎的,其他的只是它的扩展。
你的体系有多少原子?cpu主频多少?优化一般先sd后cg,而且不需要达到收敛。粗粒化的书国内很少,有兴趣的话建议你看一下JCTC06年第

...

我优化的是20个重复单元组成的聚丙烯分子的无定型晶胞,一共是182个原子。cpu主频2.0,先用sd后用cg优化的。我的问题是,按楼主所说MS经典动力学部分所有的计算都是以discover为引擎的,其他的只是它的扩展。那为什么我用AC
里的优化出错,错误信息如下:
Warning: Energy: The CMM may not work for systems

with less than 200 atoms.
Warning: Energy: If so, the Ewald method is suggested.
Error: Energy - nonbond: Currently periodic CMM does not work on slanted cells.
    while executing
"energy"
    invoked from within
"if {![$ee exists Atom.Gradient]} {
    energy
  }"
    (procedure "vdWTailCorrection" line 55)
    invoked from within
"vdWTailCorrection 8.50"

但是用discover里的sd+cg就不出错呢?或者请问,我建完无定型格子,自己手动优化的话,用AC和disvocer都可以呢?还是用哪个更好些?
  

呵呵,真是不好意思,这么多问题,辛苦楼主了
10楼2009-12-24 12:24:58
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sn6526

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
楼主,您好,在计算聚丙烯分子链和一个表面的相互作用时,提示下面的错误:
Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION, 5000.000
    invoked from within
"dynamics \
    time = 100000.00 \
    timestep = 1.00 \
    initial_temperature = 300.00 \
    ensemble = NVT \
    temperature_control_method = ander ..."

Total time used by DISCOVER: 8.14 secs

Completion date: Mon May 10 17:45:24 2010
Exiting Discover: An ERROR has occurred!


其中5000是在300K使用NVT系综进行动力学计算时的energy deviation,提示好像是这个数值设置不正确,不知怎么设置这个数值好?请指教,谢谢楼主!!!
265楼2010-05-10 17:49:46
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qasd

木虫 (著名写手)

引用回帖:
1704楼: Originally posted by qq364085265 at 2013-05-05 13:10:01
请问楼主:我用discover选择cvff力场进行能量最小化聚乙烯分子链,然后用Dmol3做分子动力学模拟,那么这时Dmol3是基于DFT计算的还是基于cvff力场计算的?照理说Dmol3属于量子模块,应该是基于DFT计算的,所以计算速 ...

1.DFT,有影响,因为不同力场优化出来的初态对于体系计算是有影响的,但可能不大
2.我并没有看见能量不同,其中有些之所以为零是因为力场中没有描述那种相互作用的项,这个不必纠结,看你侧重于计算PE的哪种性质,由此来选择力场

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1707楼2013-05-06 09:36:27
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qasd

木虫 (著名写手)

引用回帖:
1714楼: Originally posted by zxn761 at 2013-06-18 10:49:05
我建立聚合物的晶格,用的是COMPASS力场,但失败提示”找不到键参数”,如果仍坚持用COMPASS或CVFF力场,有什么解决的办法,希望你能帮忙解答一下,不胜感激!

请手动分配,不要让MS自动寻找
1716楼2013-06-18 11:03:33
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长大小慧慧

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
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引用回帖:
3楼: Originally posted by sn6526 at 2009-12-21 15:28:10
很高兴又看到这个帖子,辛苦楼主百忙之中抽出时间帮我解决一下问题,问题如下:
问题1.我按照MS初级教程中“聚合物与金属氧化物表面的相互作用”进行练习时没有发现什么问题。我把体系换成自己的,粘土和聚丙烯时, ...

你好,我也出现了此类问题,但是我是MS新手,不知道可否给个联系方式,然后我想请教下您。谢谢了
1784楼2014-03-29 17:41:29
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普通回帖
!
2楼2009-12-19 12:43:24
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sn6526

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
aylayl08(金币+1,VIP+0):鼓励这样的发问,问题很详细,封面奖励:) 12-22 10:16
很高兴又看到这个帖子,辛苦楼主百忙之中抽出时间帮我解决一下问题,问题如下:
问题1.我按照MS初级教程中“聚合物与金属氧化物表面的相互作用”进行练习时没有发现什么问题。我把体系换成自己的,粘土和聚丙烯时,超胞2*2时也没问题,但当我把表面改成较大的,超胞4*4时(a=21.02,b=21.02,c=9.26.alpha=90,beta=90,gama=119.94229),此时建立聚丙烯的无定形晶胞会提示任务失败,失败的提示是
Error: Dynamics: Energy difference between successive steps in dynamics is greater than the user defined variable DEVIATION,  5000.000
  ..."   invoked from within
"dynamics  time = 1000 timestep = 1.0  initial_temperature = 298.00 +boltzmann  ensemble = NVT temperature_control_method = velocity_scaling  integrati ..."
    ("while" body line 10)
    invoked from within
"while {[readFile archive frame = $iframe filename = $arcname] != ""} {
          echo "\n******************************"
          echo "Processing fr
请问这个应该时哪里的问题,应该怎么解决?

问题2.我本想按照polymer上一篇文章练习一下,文章为2002(43):541-543,但是我看不出文章中的高分子时怎样加到表面上的,楼主可否帮忙指点下?

3 上次楼主说应该将粘土粗理化一下,这样做MD可能会好些,推荐的文章我也看了,但是我还是无法得知应该怎样将粘土粗理化合适,这方面有没有比较基础的东西可以推荐给我看下的。
辛苦楼主了!!!

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3楼2009-12-21 15:28:10
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whb2477

新虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
我在虚拟的windows中,新装的MS4.0版本,打开结构文件很慢,资询一下可能是什么原因

[ Last edited by whb2477 on 2009-12-21 at 18:51 ]
4楼2009-12-21 18:43:33
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qasd

木虫 (著名写手)

★ ★ ★
aylayl08(金币+3,VIP+0):谢谢q版解答 12-22 10:15
1,AC模块construction时下面不要选refine,后期自己手动优化
3,粗粒化一句两句还说不清,就是把一个晶体变成一个dummy粒子,这个要实际做的话要自己做参数,还是比较复杂的,比做吸附要复杂得多
2,build layer时注意高分子那层分子的取向和距离就行了
引用回帖:
Originally posted by sn6526 at 2009-12-21 15:28:
很高兴又看到这个帖子,辛苦楼主百忙之中抽出时间帮我解决一下问题,问题如下:
问题1.我按照MS初级教程中“聚合物与金属氧化物表面的相互作用”进行练习时没有发现什么问题。我把体系换成自己的,粘土和聚丙烯时 ...

[ Last edited by qasd on 2009-12-22 at 19:57 ]
5楼2009-12-21 19:19:29
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qasd

木虫 (著名写手)

虚拟机内存有多大?结构文件中有多少原子?
引用回帖:
Originally posted by whb2477 at 2009-12-21 18:43:
我在虚拟的windows中,新装的MS4.0版本,打开结构文件很慢,资询一下可能是什么原因

[ Last edited by whb2477 on 2009-12-21 at 18:51 ]

6楼2009-12-21 19:20:14
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sn6526

木虫 (正式写手)

★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
aylayl08(金币+1,VIP+0):感谢回帖交流 12-23 15:37
引用回帖:
Originally posted by qasd at 2009-12-21 19:19:
1,AC模块construction时下面不要选refine,后期自己手动优化
3,粗粒化一句两句还说不清,就是把一个晶体变成一个dummy粒子,这个要实际做的话要自己做参数,还是比较复杂的,比做吸附要复杂得多
2,build lay ...

谢谢楼主,不选refine时,可以建立无定形格子了。楼主说的后期手动优化,是选用AC里的minimize中的steepest descent和conjugate gradient吗?还是选用discover里的这两个,AC模块与discover里的这两个优化方法有区别吗?感觉是一样的。但我用AC优化时报错,我要是用DISCOVER里的优化聚丙烯分子时(20个重复单元),没有提示错误,但优化速度很慢。请问这是为什么啊?

关于粗粒化,有没有什么入门的书籍可以推荐看一下的,不怕复杂,就怕不知从何入手。呵呵。

  辛苦楼主了。
7楼2009-12-23 09:30:49
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qasd

木虫 (著名写手)


ice_rain(金币+1,VIP+0):谢谢交流 12-24 23:49
MS经典动力学部分所有的计算都是以discover为引擎的,其他的只是它的扩展。
你的体系有多少原子?cpu主频多少?优化一般先sd后cg,而且不需要达到收敛。
粗粒化的书国内很少,有兴趣的话建议你看一下JCTC06年第2期和PCCP09年第11期,都是粗粒化专题
8楼2009-12-23 20:06:28
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chuchu6816

金虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
请问我用几个水分子吸附在一个已知的晶胞中。算扩散系数。需要不要把水分子和晶体单独优化一下啊?还有怎么把水分子放里面啊?一般放几个啊?呵呵!谢谢啊!对这个领域不是很熟悉!
9楼2009-12-23 20:17:26
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