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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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wangyujia

木虫 (正式写手)

[交流] 【求助】用Bader计算磁矩的困惑已有13人参与

最近在本论坛上看到了用Bader计算磁矩的方法，我试过之后发现有些东西很奇怪。不知道是我的理解有误不是其它什么原因。
下面这个网页就简单的介绍了怎么用Bader计算磁矩。
http://theory.cm.utexas.edu/forum/viewtopic.php?f=1&t=529
我的理解就是把CHGCAR划分为两个文件，一个包括自旋向上的部分CHGCAR-1，一个包括自旋向下的部分CHGCAR-2。再用bader CHGCAR-2 -ref CHGCAR，就算出了各个原子的磁矩（算出来的值比较像磁矩）。按理来说，自旋向上的电子数和自旋向下的电子数之和等于总电子数。可是我发现用bader CHGCAR-1 -ref CHGCAR算出来的电子数，也就是自旋向上的电子数却等于总的电子数？？？
所以我觉得这种方法可能不对，想请教一下大家，谢谢！
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1楼2009-10-25 09:25:37
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

wangyujia

木虫 (正式写手)
★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢提供 2011-03-17 20:29:18
以前写总结时没有把脚本传上去，现在把脚本传上去。

用vtstscripts中的split_chg.sh脚本（split_chg.sh CHGCAR）把CHGCAR分成Total spin部分（file cf1）和Magnetization部分（file cf2），然后用bader cf2 -ref cf1（或bader cf2 -ref CHGCAR），得到的ACF.dat文件中的charge一栏就是每个原子的磁矩。
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11楼2011-03-17 16:20:59
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wangyujia

木虫 (正式写手)

总结

★ ★
wuchenwf(金币+2,VIP+0):谢谢回帖交流 12-3 21:44
总结：
用vtstscripts中的split_chg.sh脚本（split_chg.sh CHGCAR）把CHGCAR分成Total spin部分（file cf1）和Magnetization部分（file cf2），然后用bader cf2 -ref cf1（或CHGCAR），得到的ACF.dat中的charge栏就是每个原子的磁矩。



[ Last edited by wangyujia on 2011-3-17 at 15:59 ]
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7楼2009-12-03 15:17:56
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wangyujia

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by maliangcai at 2011-05-20 11:42:40:
file cf1给出了原子总的电子分布，我想问一下，怎么才能算出来每个原子分别的up 和 down的电子数。

我想bader cf1可以得到每个原子的Nup+Ndown，bader cf2 -ref cf1可以得到每个原子的Nup-Ndown，从这两个量就可以得到你要的数据。
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17楼2011-05-21 10:08:04
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行侠仗义

铁虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
25楼: Originally posted by wangyujia at 2012-04-11 08:46:18
bader是需要编译的。另外应该使用bader cf2 -ref CHGCAR...

> split_chg.sh CHGCAR
提示：

Input file :: "CHGCAR"
(standard_in) 1: illegal character: N
(standard_in) 1: syntax error
(standard_in) 1: syntax error
(standard_in) 1: illegal character: M
Total spin (file "cf1"
sed: -e expression #1, char 4: unexpected `,'
Magneticzatition (file "cf2"


请问这是什么原因？
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27楼2014-12-07 16:18:11
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uuv2010

荣誉版主 (职业作家)

优秀版主
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
zzy870720z(金币+1): 谢谢指教 2011-03-21 16:37:42
引用回帖:
Originally posted by wangyujia at 2011-03-21 10:17:14:
OUTCAR里面有吗？我怎么没看到啊！能否告知在哪里找？谢谢！

设置LORBIT=11，在OUTCAR的最后面有磁性数据，不过每个原子的磁矩相加与总磁矩往往对应不起来。
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啊洪江
14楼2011-03-21 13:56:33
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wangyujia

木虫 (正式写手)
引用回帖:
17613010楼: Originally posted by liuqun at 2012-04-09 17:12:12:
你好，我先用split程序作用CHGCAR，得到cf1和cf2两个文件，然后bader cf1 -ref CHGCAR，就不行了，一直出现

Image              PC                Routine            Line        Source            
bad ...

bader是需要编译的。另外应该使用bader cf2 -ref CHGCAR
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» 本帖已获得的红花（最新10朵）

liuqun
25楼2012-04-11 08:46:18
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普通回帖

huangyc

木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
qasd(金币+2,VIP+0):谢谢~ 10-25 12:47
wangyujia(金币+5,VIP+0):谢谢你的回帖，激发了我的一个想法。 10-25 14:02
这个-ref我也用不好，哪位解释一下
我觉得你分三次不就好了嘛，bader CHGCAR-1, bader CHGCAR-2, bader CHGCAR.这样前两次之和应该基本等于总电子数

很好奇LZ的金币数目 穷成这样也不容易啊，金币免了吧

[ Last edited by huangyc on 2009-10-25 at 09:46 ]
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2楼2009-10-25 09:44:31
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wangyujia

木虫 (正式写手)
★ ★ ★
aylayl08(金币+3,VIP+0):感谢分享你的经验，鼓励新虫 10-25 15:00
aylayl08(金币+0,VIP+0):提示楼主，未求助到书的话可以向所在版的版主反应，可以返还金币，没有打水漂一说：）欢迎讨论 10-25 15:03
引用回帖:
Originally posted by huangyc at 2009-10-25 09:44:
这个-ref我也用不好，哪位解释一下
我觉得你分三次不就好了嘛，bader CHGCAR-1, bader CHGCAR-2, bader CHGCAR.这样前两次之和应该基本等于总电子数

很好奇LZ的金币数目 穷成这样也不容易啊，金币免了吧

[ ...

谢谢你啊！但是用bader CHGCAR-1得到的电子数和bader CHGCAR得到的电子数是一样的。
不过你的回帖给了我一个想法。有可能CHGCAR-1，也就是CHGCAR的上半部分其实是up+down，CHGCAR-2其实是up-down。按照磁性的定义，up-down部分才是系统的磁性。只有这样才能解释我用bader CHGCAR-2 -ref CHGCAR算出来的值比较像磁矩，这样也能解释用bader CHGCAR-1得到的电子数和bader CHGCAR得到的电子数是一样的。
至于-ref，我发现用不用都没有关系。
金币我是从来不在乎的，最近求了一本书，花了100，没求到，打了水漂，呵呵！先给你5个，等高人确认了我的想法我再把剩下的5个给那个人。
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3楼2009-10-25 14:02:27
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ice_rain

铁杆木虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
wangyujia(金币+5,VIP+0):谢谢指出错误！！ 11-18 08:57
你们算bader电荷么，我算了一个用-ref 和不用时有很大差距的。不知道原因是啥
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4楼2009-11-17 11:55:36
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wangyujia

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by ice_rain at 2009-11-17 11:55:
你们算bader电荷么，我算了一个用-ref 和不用时有很大差距的。不知道原因是啥

呵呵！你说的对。我以前测试-ref的时候就算了bader CHGCAR-1 -ref CHGCAR，没有算bader CHGCAR-2 -ref CHGCAR。导致了我得出错误的结论。谢谢你给我指出！剩下5个金币都给你了。
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5楼2009-11-18 08:57:19
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wangyujia

木虫 (正式写手)
★ ★
yjmaxpayne(金币+2,VIP+0):谢谢 11-18 14:56
引用回帖:
Originally posted by ice_rain at 2009-11-17 11:55:
你们算bader电荷么，我算了一个用-ref 和不用时有很大差距的。不知道原因是啥

我现在觉得-ref的作用是先按照总的电子密度对每个原子划分区域，再对磁矩部分的电子密度按照这种划分区域来求每个原子的磁矩。如果不用-ref，直接按照磁矩部分的电子密度来对原子进行划分的话，则会产生误差。原因可能是bader这个划分原子区域的方法对总的电子密度还比较准确，但是原子的磁矩电子密度的分布就不那么规则，不是大体以球状分布在原子核的周围，bader在这种情况下就处理不好了。
个人意见，欢迎大家批评。
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6楼2009-11-18 10:51:04
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)
8楼2011-03-15 11:35:46
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
bader的用处还是不少呢，看来需要做一下总结。谁来呢？
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9楼2011-03-15 12:27:24
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wangyujia

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by cenwanglai at 2011-03-15 12:27:24:
bader的用处还是不少呢，看来需要做一下总结。谁来呢？

我就是有一段时间对磁矩比较感兴趣，研究了一下bader，目前知道的仍然是这么多，呵呵！
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10楼2011-03-17 14:09:53
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