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【zhou2009个人文集】前言
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当我由以前多年算半经验量子化学程序作应用，转向昔日曾认为高不可攀的gaussian 时，下载了几本手册，在小木虫论坛注册，开始学用gaussian 03了。首先将小木虫论坛从头到尾扫了一遍，得到了基础知识，他人的求助不也是我可能会遇到的问题吗？ 但我深感如今的量子化学计算，输出大量的数据，特别是MO中的基组众多，面对这成千上万的数据，人们常会感到茫然、不得要领，常常只好根本不去看它，可惜了这最有用的第一手原生态信息！ 必须将这些数据图形化，以便于我们识别、应用。人们对一目了然的图形感知比较敏感，些微的差异就会发现。 当我们看了图形之后，有了总体的概念，然后再从图形去查找MO系数及相位，这时MO反倒能看明了，又反过来可以更好地指认图形。 当我在考虑如何学用量化图形时，除了彷徨在大家已经在使用的Gaussview、Molden等外，幸运地见到GsGrid，并得到GsGrid的原创者Sobereva 博士每问必答的电邮指导，走通了Gaussian-Gsgrid-Sigmaplot的路。因此这里说的图形，也专指这条路线的。 我本是从事合成实验的，从用量化到喜欢量化，关注量化应用。 我是个自由人，没有课题、出论文的压力，“量化应用基础研究”也是我自命的、自认的。所以我的工作可以自由地贴出来。 于是我便单刀直入，主要攻量化图形及其应用，以量化图形作为可视观察方法，来考察一些量化应用的基础问题，因为我也深感量化应用的基础研究还作得不够。 这样便算了一些小分子，用图形（特别是电子密度差Δρ）来试着考察一些量化应用的基础问题，除了在论坛上跟帖外，还形成了一组帖子。 正象我在关于二聚水氢键帖子中说的：“如其说是研究了一下氢键，不如说是意在试一下量化图形如何应用。”这一组帖子大体都是这样的，在于试着用量化图形。 当然，也必须有新的视角、概念和想法，人云亦云有什么意思！且试着说一说传统、正统量化较少涉及的内容。 这些知识本是从网上来的，便又准备将这些帖子和今后的帖子一一贴在网上，以期和网友交流、讨论。 由于帖子较长、其中插图较多，在论坛上贴出会弄得支离破碎，特在纳米盘上传Word文稿版本。 已写帖子： 前言 作为基础的概念 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1594708&fpage=1 共价键与分子中原子电负性 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1594742&fpage=1 关于分子中原子电负性与电荷 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1594771&fpage=1 从量子化学图形解读二聚水氢键 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1594789&fpage=1 Pauling电负性的本质 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1600782 关于电子密度差Δρ http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1653436&fpage=3 MSN、Emil：zhougy2009@live.cn “前言”word文稿： http://d.namipan.com/d/10cf7606b ... 578601d16b000860000 http://d.namipan.com/d/10cf7606b63bd20aee78626ff611c578601d16b000860000 [ Last edited by yjcmwgk on 2010-6-16 at 21:28 ] |
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世界上有三种错误：错误、该死的错误，还有可视化图形
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+4,VIP+0):呵呵 老汉总是高屋建瓴啊 10-13 08:56
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lei0736(金币+4,VIP+0):呵呵 老汉总是高屋建瓴啊 10-13 08:56
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科学可视化的确回肠重要。 但是，可视化的前提，是清晰、准确，不应该造成误解。 世界上有三种谎言：谎言、该死的谎言，还有统计数据 ----本杰明·迪斯累里(Benjamin Disraelis) 在此，老汉推荐几本书 （1）《统计数字会撒谎》 (最隐蔽的数据造假方法全曝光，美国畅销50年的商科经典必读书) 作 者：(美)达莱尔.哈夫 译 者：廖颖林 出版日期：2009-3-1 出 版 社：中国城市出版社 I S B N ：9787507420852 市 场 价：￥28 （2）《统计数据的真相》 作 者：(德)瓦尔特.克莱默 译 者：隋学礼 出版日期：2008-12-1 出 版 社：机械工业出版社 I S B N ：9787111255116 市 场 价：￥32 （3）《可视化数据》 【原 书 名】 Visualizing Data: Exploring and Explaining Data with the Processing Environment 【原出版社】 O'Reilly Media, Inc. 【作 者】Ben Fry 【译 者】 张羽 【出 版 社】 电子工业出版社 【书 号】 9787121082795 【出版日期】 2009 年3月 另外，关于数据可视化的期刊： IEEE TRANSACTIONS ON VISUALIZATION AND COMPUTER GRAPHICS [ Last edited by yalefield on 2009-10-13 at 09:04 ] |
2楼2009-10-13 08:55:39
图形化是老虎，漂亮得要命！
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小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 10-13 09:28
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lei0736(金币+3,VIP+0):谢谢 10-13 09:28
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例如，对于几率、几率密度、径向分布函数等，都是容易误会的地方。 1982：原子轨道径向分布函数的两种定义及其相互关系 1984：对于原子轨道和电子云图形的常见误解的辨析 1987：谈波函数的径向分布函数 1993：波函数的径向分布函数、环分布函数和平面分布函数 1995：几率，几率密度和径向分布函数 1998：几种原子轨道波函数图形的意义 2002：径向分布函数D(r)的概念及讨论 （以上这些都是国内论文） 在J Chem Edu上，还有对电负性概念的澄清。 总之，对概念的表达，特特特特别容易被误解。 因此，俺现在对图形，总有戒心。越是漂亮的图形，戒心越强。 |
3楼2009-10-13 09:14:19
4楼2009-10-13 09:31:42
5楼2009-10-13 09:45:55
6楼2009-10-13 10:20:39
7楼2009-10-13 14:29:23
8楼2009-10-13 15:37:14
9楼2009-10-13 21:40:09
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18楼2009-10-15 09:48:43
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erylingjet(金币+3,VIP+0):感谢交流 10-20 15:38
erylingjet(金币+3,VIP+0):感谢交流 10-20 15:38
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yalefield在上面的两个跟帖，对可视化图形提出警告、警惕是完全必要的。 1、因为由于量化波函数的复杂性，没有一个可视化图形能将波函数完整表达出来的，因此图形总是某种近似，需要知道某种图形存在的局限性，不可超越这个局限去发挥。 2、另外，我们可能作出并不正确的图形，并因此得出推论，自然会走向错误。 3、将成千上万的数据整合成图形，自然我们观察起来很方便，如果天气预报不是指着表示着天气图示的地图来讲解，我们不会有清晰的概念，否则我们脑海中还会想象出一幅地图来，可见图形在我们思考、认识事物中的重要。 4、但是量化图形有时是很复杂的，特别是Δρ，因是分子与组成它的分子片的电子密度差，是前后ρ的净变化，对每一处的或增或减，意味着什么，要谨慎分析，否则也导致该死的错误。 如我算二聚水的电子密度差Δρ，计算了二聚水整体的ρ后，再分别计算两个水分子整体的ρ，求Δρ，这个图早在数月前就作出了，但并不能解释，只能时时看它一眼，经过了几个月，后来一个网友发帖问氢键导致极化，才写了现在的理解。 5、图形方法给我们带来直观、方便，用之不当又会产生该死的错误，但不可因噎废食。 [ Last edited by zhou2009 on 2009-10-15 at 10:58 ] |
19楼2009-10-15 09:54:22
20楼2009-10-16 22:12:14
21楼2009-10-20 08:49:21
23楼2009-10-22 00:40:18
25楼2009-11-01 22:04:01
26楼2009-11-02 20:20:28
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LS请见：【资源】《量子化学图形显示手册》已发布 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1616092&fpage=1 《量子化学图形显示》 Gaussian-Gsgrid-Sigmaplot （操作手册1.00版） http://d.namipan.com/d/8c3fc9728 ... 218115ad36900a00100 作图具体操作中的问题，可以发电邮给我，探索解决。 [ Last edited by zhou2009 on 2009-11-2 at 20:31 ] |
27楼2009-11-02 20:24:47
28楼2009-11-04 09:04:47
29楼2009-12-22 22:09:51
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简单回复
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