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hjsjs

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】gaussian ONIOM 求助

Hi everyone,

I am trying to run an ONIOM calculation with B3LYP/6-31+G(d,p) as a high layer
and Amber as my low layer.  The error at the end of the file says I am missing
atomic parameters (see below for the last part of the calc file).  What are
these atomic parameters and where would I obtain them to get my calculation to
work?

Thanking You in Advance,
Sarah Whittleton
Mount Allison University

Th calcaultion dies almost immediatley and ends with:

I=  105 IAn= 15 Valence= 4.
          JB=  1 J=  106 IAn=  8 IBT= 1 Dist= 1.80D+00
          JB=  2 J=  107 IAn=  8 IBT= 2 Dist= 1.48D+00
          JB=  3 J=  171 IAn=  8 IBT= 1 Dist= 1.80D+00
          JB=  4 J=  104 IAn=  8 IBT= 2 Dist= 1.58D+00
Missing atomic parameters for atom   207 IAtTyp=    20000000
Missing atomic parameters.
Error termination via Lnk1e in /var/local/g03/l101.exe at Fri Nov  7 15:18:04
2003.
Job cpu time:  0 days  0 hours  0 minutes  0.6 seconds.
File lengths (MBytes):  RWF=      7 Int=      0 D2E=      0 Chk=      1
Scr=      1

我的问题与这个人的相同,这个人在某个论坛上发的求助贴,但是,没有人回应,我又碰到相同的问题了  哎, gjf文件是gaussview产生的,应该不会有问题吧,不知道问题出在哪里?
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erylingjet

新虫 (著名写手)


hjsjs(金币+1,VIP+0): 9-10 17:40
难道是分层没分好?猜的
2楼2009-09-10 09:14:12
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yytsnake

至尊木虫 (职业作家)

★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+2,VIP+0):呵呵,我同意的的说法——你猜的对! 9-10 12:27
hjsjs(金币+1,VIP+0): 9-10 17:40
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-10 19:02
MM方法一般没有通用性(指元素原子),不同的MM方法是针对特定体系制定的,也许你的计算体系包含了 Amber 不支持的元素原子(比如金属),乱猜的。
3楼2009-09-10 09:30:41
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hjsjs

铜虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+4,VIP+0):感谢您的辛劳 9-10 19:02
我查了不支持的原子是氢原子,就是DNA上的磷酸的-OH的氢原子,我又查了MM的原始论文,会不会是atom type有问题,比如氢原子的atom type有,H,HW,HO,HS,HA等等
4楼2009-09-10 17:49:33
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yongleli

木虫 (正式写手)

★ ★ ★ ★ ★ ★
loovfnd(金币+2,VIP+0):感谢答案! 9-10 20:40
hjsjs(金币+4,VIP+0): 9-11 23:26
Gview产生的也会有问题的。
你好好看看你这个原子,根据AMBER手册,把它的参数手动写到.gjf文件里边去就得了。

记住AMBER力场的参数在Gaussian里边是不全的。通常要自己加。
增加的方法有三种,以自己给的参数优先、默认参数优先、只读gjf文件里的参数
。方法在Gaussian手册里。
5楼2009-09-10 18:57:55
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ferlich

金虫 (小有名气)

★ ★ ★ ★
yjcmwgk(金币+1,VIP+0): 9-10 21:49
hjsjs(金币+3,VIP+0): 9-11 23:26
引用回帖:
Originally posted by hjsjs at 2009-9-10 17:49:
我查了不支持的原子是氢原子,就是DNA上的磷酸的-OH的氢原子,我又查了MM的原始论文,会不会是atom type有问题,比如氢原子的atom type有,H,HW,HO,HS,HA等等

从amber自带的gaff.dat或parm*.dat中找找也许会有相应的原子参数
6楼2009-09-10 21:02:42
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