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【调剂】北京石油化工学院2024年16个专业接受调剂
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MS分子筛

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用MS修改分子筛的硅铝比
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希望各位大神  能够指教    实在没办法了   怎样用MS调整分子筛的硅铝比

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1楼2022-01-22 09:39:18
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天天进步啊

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选中Si原子，修改元素为Al，为平衡电荷，一般再加个H,或者Na

但这里最大的问题有2个：

1、一个MFI素晶胞里面有96个Si，你要加几个Al

2、MFI素晶胞里面有12种不同的Si，你要改哪种Si，这个问题又叫Al落位问题(英文是 Al distribution)
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MS分子筛
7楼2022-01-31 21:48:54
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MS分子筛

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7楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2022-01-31 21:48:54
选中Si原子，修改元素为Al，为平衡电荷，一般再加个H,或者Na

但这里最大的问题有2个：

1、一个MFI素晶胞里面有96个Si，你要加几个Al

2、MFI素晶胞里面有12种不同的Si，你要改哪种Si，这个问题又叫Al落位问 ...

老哥，我通过MS自带的脚本解决这个问题了。脚本写了L规则和原子替换。我是用的FAU型分子筛。 关于修改Al以后的向您说的阳离子添加（交换问题）是怎么解决的

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8楼2022-02-14 11:31:42
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天天进步啊

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8楼: Originally posted by MS分子筛 at 2022-02-14 11:31:42
老哥，我通过MS自带的脚本解决这个问题了。脚本写了L规则和原子替换。我是用的FAU型分子筛。 关于修改Al以后的向您说的阳离子添加（交换问题）是怎么解决的
...

MS有自带的脚本？我居然不知道。你把脚本贴上来看看。

当你修改的Al比较少的时候，可以手动加阳离子，如果你知道怎么新建一个甲烷分子，就应该知道怎么加阳离子
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9楼2022-02-14 23:14:12
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MS分子筛

新虫 (初入文坛)
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9楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2022-02-14 23:14:12
MS有自带的脚本？我居然不知道。你把脚本贴上来看看。

当你修改的Al比较少的时候，可以手动加阳离子，如果你知道怎么新建一个甲烷分子，就应该知道怎么加阳离子...

文献上写的是用sorption将阳离子搞上去，是一个研究生论文

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10楼2022-02-15 00:36:35
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MS分子筛

新虫 (初入文坛)
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9楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2022-02-14 23:14:12
MS有自带的脚本？我居然不知道。你把脚本贴上来看看。

当你修改的Al比较少的时候，可以手动加阳离子，如果你知道怎么新建一个甲烷分子，就应该知道怎么加阳离子...

#
# Purpose: Introduces substitutional disorder by replacing a percentage of atoms with another element.
#          If this is a zeolite, Lowenstein's rule can be used to avoid too many substitutions.
#          Note. When calculating the number of atoms to change, this number is rounded up. This can
#          be changed by modifing the line containing $numToChange.

use strict;
use warnings;
use List::Util qw(shuffle);         # Allows randomizing of the atoms in an array
use POSIX;                         # Allows use of ceil to round-up numbers
use MaterialsScript qw(:all);

# Lowenstein's rule applies to substitution of Aluminium in zeolite and states that no two
# Al atoms can share a common oxygen.

sub CheckLowenstein {
        my ($atom) = @_;
       
        #Rule states that Al-O-Al linkages are forbidden
        my $attached = $atom->AttachedAtoms;
       
        foreach my $firstAtom (@$attached) {
                #Only care about oxygens
                if($firstAtom->ElementSymbol eq "O" {
                        my $oxyAttached = $firstAtom->AttachedAtoms;
                        foreach my $secondAtom (@$oxyAttached) {
                                if($secondAtom->ElementSymbol eq "Al" {
                                       
                                        return 0; #Lowenstein broken
                                       
                                }
                        }
                }
        }
        return 1; #Lowenstein satisfied
}

# Main routine to substitute atoms

sub SubstituteAtoms {

        my ($doc, $pcChange, $original, $new, $lowenstein)= @_;
       
        # Change the symmetry to P1
       
        $doc->MakeP1;
       
        srand;
       
        # Grab the collection of atoms in the unit cell
       
        my $atoms = $doc->UnitCell->Atoms;
       
        # Store the original atoms in an array
       
        my @originalAtoms;
       
        foreach my $atom (@$atoms) {
                if($atom->ElementSymbol eq "$original" {push(@originalAtoms, $atom);}
        }
       

        # Check to see if there are any atoms to modify
       
        if (scalar @originalAtoms == 0) {die "There are no atoms of element $original to modify\n";}

        # Randomize the atom positions in the array
       
        my @shuffledOriginalAtoms = shuffle(@originalAtoms);
       
       
        # calculate the number of atoms to change. The ceil commanound rounds up. If you wish to
        # round down, use int instead of ceil.
       
        my $numToChange = ceil (($pcChange/100) * scalar @shuffledOriginalAtoms);
       
        # Iterate through a counter and search for an atom to change
       
        for(my $i=0; $i<$numToChange; ++$i) {
               
                # Check to see if there are any atoms to modify
       
                if (scalar @shuffledOriginalAtoms == 0) {die "Modified $i atoms. There are no atoms of element $original to modify\n";}

                my $attempts = 0;
       
                # Look for an atom to modify
               
                my $atom=undef;
               
                while(!$atom && scalar @shuffledOriginalAtoms > 0) {
       
                        my $index = int rand( scalar @shuffledOriginalAtoms);
       
                        $atom = $shuffledOriginalAtoms[$index];
       
                        # Check we haven't already changed it and it satisfies Lowenstein rule (optionally)
       
                        if($atom->ElementSymbol eq "$new" {
       
                                splice @shuffledOriginalAtoms, $index, 1; $atom = undef;
                                                               
                        } elsif ($lowenstein eq "Yes" {
                       
                                if (!CheckLowenstein($atom)) {
       
                                        splice @shuffledOriginalAtoms, $index, 1; $atom = undef;       
                                }       
                        }
               
                        ++$attempts;
                       
                }
       
                # Stop if atom is still undefined as this means Lowensteins rule has been broken
               
                if(!$atom) {
                        print "Unable to satisfy Lowenstein's rule\n";
                       
                        # Count the number of atoms changed and report this.
                       
                        my $modAtoms = 0;
                       
                        foreach my $at (@{$doc->UnitCell->Atoms}) {
                       
                                if ($at->ElementSymbol eq "$new" { ++$modAtoms;}
                       
                        }
                       
                        print "$modAtoms atoms have been modified to $new element\n";       
                       
                        return;
                } else {
       
                        #Change the element and display style
                        $atom->ElementSymbol = "$new";
                        $atom->Style         = "Ball and Stick";
       
                }
       
        }

}

# Specify the input document and percentage number of silicons to change

my $xsd = $Documents{"FAU.xsd"};# Structure name
my $percentChange = 11;                # Percentage of atoms of original element to change
my $originalElement = "Si";        # Original element to change to new element
my $newElement = "Al";                # New element
my $obeyLowenstein = "Yes";        # Whether to obey Lowenstein's for zeolites

SubstituteAtoms($xsd, $percentChange,$originalElement, $newElement, $obeyLowenstein);

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11楼2022-02-15 10:35:23
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天天进步啊

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10楼: Originally posted by MS分子筛 at 2022-02-15 00:36:35
文献上写的是用sorption将阳离子搞上去，是一个研究生论文
...

不用管文献，手动添加即可
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12楼2022-02-15 15:18:48
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天天进步啊

木虫 (著名写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by MS分子筛 at 2022-02-15 10:35:23
#
# Purpose: Introduces substitutional disorder by replacing a percentage of atoms with another element.
#          If this is a zeolite, Lowenstein's rule can be used to avoid too many substitutio ...

这个脚本里的一些用法我还没见过，学到了，谢谢楼主
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13楼2022-02-15 15:19:54
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MS分子筛

新虫 (初入文坛)
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13楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2022-02-15 15:19:54
这个脚本里的一些用法我还没见过，学到了，谢谢楼主...

老哥  就是手动在Al的旁边落位阳离子   落位之前还要对分子筛和落位原子加电荷吗

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14楼2022-02-15 17:30:06
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天天进步啊

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14楼: Originally posted by MS分子筛 at 2022-02-15 17:30:06
老哥  就是手动在Al的旁边落位阳离子   落位之前还要对分子筛和落位原子加电荷吗
...

不用，compass力场优化结构时选择系统自动分配电荷即可
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MS分子筛
15楼2022-02-15 19:19:52
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15楼: Originally posted by 天天进步啊 at 2022-02-15 19:19:52
不用，compass力场优化结构时选择系统自动分配电荷即可...

好的，老哥。非常感谢

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16楼2022-02-17 13:33:13
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tzynew2楼
2022-01-22 09:45   回复  
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wybyq3楼
2022-01-22 09:47   回复  
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ylc63514楼
2022-01-22 09:47   回复  
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longwave5楼
2022-01-22 09:48   回复  
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supertnt6楼
2022-01-22 09:50   回复  
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